一、六科(各科都給事中一人，正七品；左、右都給事中各一人，從七品；給事中若干人，亦為從七品)
1.沿革和任官
六科自太祖朝設立後，變動不大，但權力逐漸擴大，與都察院的各道御史合稱「科道」具有極大的影響力，但官階僅為七品，是官微言重的典型職位。
由於六科在明代政治運作中之重要性，其選拔極為嚴苛，取用的標準和程序亦多次於吏治整頓中受到關注。給事中多半不逕由新進進士考選，其成員可能源於庶吉士、御史、各清吏司低階官員，甚至在嘉靖初年和晚明的考選中，出現給事中應有地方行政經歷的意見，以降低他們年少輕狂的意氣之舉。
2.職掌
(一)公文程序:
皇帝對於章奏的批示稱為「旨意」，但下達各部執行前必須先至六科，待六科抄出送各部後，政令方能執行。
對於有問題的旨意，如果六科認為不妥，可以退還皇帝並表示其意見，稱為封還執奏。或是覆奏，確認皇帝的旨意正確無誤，尤其是由內官傳達的皇帝口諭，必須由六科紙本覆奏請旨後，方能抄出執行。
(二)建言和廷議:
為六科給事中們最重要的職責，揭露各種弊端，且不限於該科掌管事項，而且連學術、私德和家庭都能批判，範圍越來越擴大。部分重要的廷議亦可能要求各科掌科都給事中必須參與，以增加公信力和廣納意見。
(三)差事:
由於六科給事中為言官，同樣具有監察和揭弊性質，因此有些事物會指定特定給事中協助處理，如萬曆時的兵科給事中楊東明就被派與整頓京營軍籍的任務，就是希望借用給事中的監察之權整頓糜爛不堪的京營行伍。
中央部會除以上機構尚有太常(祭祀)、光錄(宴飲)和太僕(馬政)等機關，但職能重要性不高，亦僅為晉升高官的跳板，故不多作介紹。
二、南京六部和都察院
南京相對北京官員減少很多，畢竟並不具有實權，各部僅有尚書和右侍郎，各清吏司皆為郎中和主事各一員，須注意南京各官考察為南考功負責，北考功不干預。都察院同為右都御史、右副都御史和右僉都御史各一員。
南京各衙門皆為閑散衙門，僅南京兵部尚書為重要，通常加上參贊機務之銜，負責南京地區的軍務和防禦工事，協助內外守備官維護南京城的運作。
以上兩京的中央機構基本介紹完畢，下篇開始介紹明代的地方行政體系。