由於診所的執行業務收入，如：醫師診療行為的執業報酬、藥師配藥的執業報酬...等執行業務收入，依加值型及非加值型營業稅法§3，並不是營業稅的課稅範圍，故無需開立發票，也無須申報營業稅。
一、是否需建立風險防火
由於行號的責任，與個人綁定在一起，故若需要架構營運風險的防火措施的話，則需以公司型態來經營，讓醫師的風險能限制在股東出資的限額內。
二、是否需遞延盈餘分配
由於行號的獲益，與個人綁定在一起，若直接併入醫師當年度綜合所得額內的話，可能稅率相對較高，如果需遞延盈餘時，即需以公司型態經營。
再者，部分醫師與執行業務者多會考量：既然已經成立公司經營非屬執行業務的營業收入，不如再將該公司當作是自己的控股公司，把個人的股票投資、不動產購置，甚至部分執行業務收入，全數納入該控股公司名下；然而，這樣的安排，可能會產生稅賦變數的增加，甚至有違法疑慮的風險產生，包含：
一、以營運公司持有股份股權
以營運公司持有醫師個人所投資的股份或股權時，存在以下的稅賦變數：
(一)年度營業稅須計算進項稅額不得扣抵比例，恐導致多繳的稅賦變數。
(二)可能會有股份年度評價，導致未分配盈餘增減的加徵稅賦變數。
(三)出售時的資本利得稅賦，相對高於個人出售時的稅賦。
(四)存在所得稅法§14之3：視為惡意遞延的稅賦隱憂。
二、以營運公司賺取執業收入
以營運公司賺取執行業務收入，存在以下的違法疑慮與稅賦變數：
(一)以公司賺取醫師執行業務收入，存在違反醫療法規的隱憂
(二)以公司賺取醫師執業收入，存在漏報繳印花稅的疑慮
(三)以公司賺取醫師執業收入，實質稅賦恐高於以個人綜所稅申報
三、以營運公司持有不動產
以營運公司持有不動產，存在以下的稅賦變數：
(一)以公司名義持有不動產，房屋稅與地價稅的稅賦較高
(二)以公司名義持有不動產，不利於後代受贈與繼承上的稅賦規劃
(三)以公司名義出售或出租不動產，實質稅賦恐高於以個人綜所稅申報
以上變數都是在醫師以控股公司架構，規劃個人資產佈局時，需多所考量的稅賦風險與疑慮。
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