「乙未戰爭」是1895年臺灣反抗日本的一場衝突，當年適逢農曆乙未年，才有這一稱呼在《馬關條約》簽訂之後，清朝將台灣、澎湖割讓給日本，引發台灣人的強烈反抗，在短暫的台灣民主國時期，組織武裝力量對抗日本軍隊。最終以台灣戰敗告終，開始長達50年的日本時代，但後續仍有一些零星的抗日活動，尤其原住民持續將近了20年。如霧社事件
早在1874年，法裔美國人「李仙得」就向日本建議，要將北至庫頁島、南至台灣的一系列島嶼佔領，再以朝鮮與滿州作為立足點，把大清用半月形勢包圍，才能保證日本安全，進而控制南洋，1894年甲午戰爭開打，清廷戰敗，雙方隔年在日本簽訂馬關條約，日本深知臺灣島嶼的重要性，所以之前早就研議，一定要拿下遼東半島、臺灣以及澎湖群島，而這也成了合約的條件之一，但其實在和談之前，1895年的3月15日，日軍就派兵攻打澎湖，視為澎湖之役，事後才告知中方代表李鴻章，果不其然日方要求割讓這三地。4月17日簽下合約後李鴻章感概道：「日本將成為終世之患」。
李仙得
5月20日，清廷要求臺灣末代巡撫「唐景崧」與其他官員內渡晉見。就是叫你回來了。得知台灣被割讓後，民眾激憤上書說，「萬民誓不服倭，割亦死，拒亦死，寧先死於亂民之手，不願死於倭人手」。部分官員與士紳合作，在5月25日成立「臺灣民主國」，年號「永清」代表向著清朝，國旗黃虎旗與大清的龍旗有「龍兄虎弟」之意，「唐景崧」為首任大總統，「丘逢甲」為副總統，「劉永福」任大將軍，但同時也有許多官員求去，劉永福擁有身經百戰的「黑旗軍」，主要由廣西的壯族組成，用北斗七星黑旗為戰旗，因以得名，曾參與越南對法國的反殖民戰爭，在甲午戰爭期間被派駐台灣防守，算是一批有實力的私人部隊
黑旗軍
時間拉回5月22日，日本近衛師團在白川義久的帶領下，搭乘運輸船離開旅順港，前往沖繩會師臺灣總督「樺山資紀」，消息指出臺灣方面全島戒備中，看來沒有和平接收的可能，樺山資紀避免夜長夢多，當日就下令前往臺灣。5月29日，日本登陸澳底，守軍還沒看到日軍就已經潰逃，隔日續攻三貂嶺，守軍依舊未見敵軍就潰散，6月1日，義軍與日軍在瑞芳相遇，雙方大戰三天三夜，義軍不敵，瑞芳為日軍佔領
「北白川宮能久親王」在澳底紮營
6日3日，日軍三方進攻基隆，在海軍松島號、浪速號、高千穗號、千代田號進行轟炸後，陸軍開始進攻基隆，義軍不敵退往獅球嶺砲臺，下午三點，守軍起內鬨，日方趁機進攻，三個小時後基隆制高點獅球嶺炮臺淪陷，此役日本以2人陣亡為代價佔領基隆，日軍攻陷基隆之後，唐景崧逃到淡水的「得忌利士洋行」，之後搭乘德國輪船前往廈門，副總統「丘逢甲」隔日也攜家帶眷逃往廣東，留下一首離臺詩「宰相有權能割地，孤臣無力可回天；扁舟去作鴟夷子，回首河山意黯然」
日軍佔領基隆砲台
此時官員盡去，留下沒大人的臺北城，仕紳寫書請日軍進城維持秩序，由辜顯榮前往水返腳遞送請願書，6月7日，日本和平進入台北城，6月14日，臺灣總督「樺山資紀」抵達台北，設立相關行政機構，此時北部已經牢牢控制在手中，美國戰地記者「達飛聲」評論:「黃色的共和老虎收起長尾巴，因為缺乏營養而倒地身亡。the yellow Republican Tiger gathered in his long tail and laid down and died for lack of nourishment.」
美國戰地記者「達飛聲」James W. Davidson
短暫整頓之後，日軍開始南下進攻桃園、新竹。以為會像台北一樣輕鬆拿下，卻不知受到客家人的強烈抵抗。6月24日，以姜紹祖、吳湯興為主的客家義軍，在平鎮、龍潭、湖口一帶伏擊日軍，達到一定的效果，但這時林建庸忽然開新竹城門迎日軍，讓客家軍措手不及，新竹淪陷後，客家義軍計畫反攻新竹城，但因裝備上的差距，姜紹祖被圍困在現今的新竹公園，傍晚時分已然彈盡援絕被俘，姜紹祖不願苟活，吞鴉片自盡
「邊戍孤軍自一枝，九迴腸斷事可知；男兒應為國家計，豈敢偷生降敵夷。」
姜紹祖被俘 來源:電影一八九五劇照
6月26日，在台南的劉永福繼任民主國總統，繼續抵抗日軍，這時期客家人為主要抗日力量，但在三峽也有一些閩南族群，利用後方破壞的方式影響日軍，7月12日，日本35人的運糧隊，在三角湧遭遇義軍的突襲，日軍幾乎全軍覆沒，史稱「隆恩埔戰役」，在同日，台北有一支八百多人的部隊，奉命前往新竹支援，在經過三角湧時也遭到義軍伏擊，日軍死傷兩百多人，這是日軍進駐台北後，戰鬥最慘烈的一役，為分水崙戰役
為了一勞永逸，再加上平民與義軍難以區分，日本開始一個月的無差別掃蕩，在台北到新竹之間焚燒許多村莊及殺害百姓，導致許多平民流離失所，掃蕩的差不多的時候，開始往苗栗進軍
義軍三角湧大戰日軍
8月9日抵達苗栗中港，在新港東西社的道卡斯族，因為受到山賊與義軍的騷擾，所以邀請日軍幫忙維持秩序，雙方合作圍剿新港附近的義軍，成功將他們趕往苗栗。8月13日「能久親王」率領近衛師團兵分三路，隔天進入苗栗，卻沒有受到過多的反抗，因為義軍全都撤往牛罵頭，就是現今的清水
苗栗陷落後，日軍馬不停蹄的往台中前進，這時台中的守軍以新楚軍為主，8月21日，日軍攻陷大甲，隔日左縱隊佔領豐原，但右縱隊在牛罵頭遭到義軍的伏擊，只能暫時撤退，經過修整後，日軍藉著先進的武器，慢慢將其他地方蠶食，27日已經占領台中，義軍退至彰化
道卡斯族
同日日軍兵分二路進攻彰化，右翼是川村景明部隊，左翼是山根信成部隊，彰化縣城的守軍是吳彭年的黑旗軍，以及從苗栗撤退的客家義軍，由李惟義和吳湯興率領。8月28日凌晨，日軍開始砲轟彰化縣城，不久彰化城被破，臺灣民軍撤退到八卦山繼續抵抗，，但守軍的裝備配給率極差，擁有槍枝的不足日軍三分之一。日軍集中火力砲轟八卦山，最終八卦山失手，吳湯興、吳彭年等人陣亡，為八卦山之役，是乙未戰爭最大的正面會戰，雖然未能阻擋日軍的進攻，卻也讓其付出慘痛代價。此役之後彰化被日軍控制，其他義軍則退往雲林
至此中北部幾乎淪陷，但日軍卻停下腳步，因為受到瘴癘造成的死傷，比戰場的人數還多，開始向後方大本營求支援，日本成立「南進軍司令部」，計畫一部持續南下，一部從澎湖登陸布袋，另一部從澎湖登陸枋寮，兵分三路包抄南部義軍
八卦山之役
9月30日，能久親王揮軍南下，目標劍指嘉義，開始向雲林發動攻勢，首先攻陷莿桐，10月6日在西螺跟義軍交戰，但受到強烈的抵抗，日軍不敵，放火燒西螺街，義軍只好撤退，10月6日進攻土庫，也受到黑旗軍的抵抗無法攻克，還是用火攻的方式逼迫義軍撤退，同日開始進攻斗六，義軍火力懸殊不敵，只好往大莆林撤退
稍作整頓之後，日軍於隔日進攻大莆林，黑旗軍許多將領不敵陣亡，繼續往嘉義城撤退，同日進佔打貓，10月9日，日軍進逼嘉義城，城內守軍超過一萬人，但其實正規實力部隊只有三千名，與後來支援的黑旗軍六百人，其餘都是未經訓練的民兵，但還是決定與日軍決一死戰，凌晨時分，日軍三路包圍嘉義城，先用山砲轟炸後，鎖定城牆進行砲擊，中午時分，西門率先被攻破，日軍大舉進入嘉義城。城內的守軍被擊潰，沿路被追擊，殘餘往南門撤退
嘉義之役
近衛師團被奉令在嘉義等候，等待「伏見宮博恭王」的混成第四旅團登陸布袋，在與之進行會軍，在府城駐守的劉永福，因嘉義淪陷的消息而灰心喪志，向日軍提出有條件投降，要求善待台灣平民及士兵，日軍回覆10月12日在台南安平討論事宜，但劉永福擔心有詐拒絕前往，日本隨後通知只接受無條件投降。此時台南城外十八村莊推舉林崑崗出來領導，成立一支五千人的義軍，為十八堡部隊
10月10日，日軍艦隊先砲轟布袋嘴，整個村莊被摧毀殆盡，混成第四旅團開始登陸，登陸後的日軍兵分兩路，一支部隊與近衛師團圍攻鹽水港，另一路往南佔領北門渡仔頭莊，林崑崗得知後，率領十八堡部隊圍攻渡仔頭莊，但卻被日軍的火力優勢逼退，兩軍隔著急水溪對峙
10月13日，混成第四旅團分隊前往東石偵查時，被當地義勇發現包圍，日軍彈藥糧食機乎耗盡。翌日，來自布袋嘴的增援抵達東石港，義軍見大勢已去，首領侯西庚下令義勇解散。10月15日，混成第四旅團掃蕩急水溪以北、朴仔腳街以南地區，掃蕩行動持續了約三天，這一帶的村莊幾乎遭到日軍焚毀，之後日軍攻陷鐵線橋，義軍退守曾文溪，劉永福增遣劉光明帶一千支援，屯兵於麻豆，10月19日日軍南下進攻蕭壠，劉光明不戰而退。20日下午，日軍入侵蕭壠附近，林崑岡據竹篙山率義民衝殺，但自己不幸中砲，為了不拖累大家，自刃以殉國，享年45歲。
林崑崗 - 十八堡部隊領袖
同時從澎湖登陸枋寮的第二師團，也在南部與客家義軍發生衝突，10月11日，由日本乃木希典率領二師團約7,930人，從枋寮登陸往東港前進時，在茄苳腳（佳冬鄉）遇到蕭光明的左堆軍抵抗，但左堆軍不敵日軍的武力優勢，以蕭家祖屋步月樓為最後防線。翌日，日軍攻陷茄苳腳，步月樓戰役結束。步月樓戰役結束之後，二師團開始包抄臺南城計劃，沿路北上佔領東港、攻陷鳳山城（高雄市左營舊城）之後，繼續包抄台南城
蕭家祖屋 步月樓
10月20日，日軍以三面夾攻台南府城，劉永福見大勢已去棄職逃亡。城裡的人們感到震驚和難以置信。士兵和平民都在城市的街道上穿梭，討論著這突如其來的事件。台南士紳便循台北模式推舉英國牧師巴克禮及宋忠堅請日軍和平進城，以協助維持秩序。10月21日日軍順利進入台南城，
歷史學家「竹越與三郎」對台南投降場景寫下:「劉將軍逃走後，他的殘部在城裡徘徊，不知所措，直到外國人擔心他們會開始掠奪，才說服他們放下武器。最終有 七千到 八千 支步槍被安全保管。日軍於 10 月 21 日進城，福爾摩沙無論是在名義上或現實中都被我們佔有了」
日軍進入台城城
臺灣西部大致在控制之下，但仍有殘餘義軍打游擊戰，但已經無大型反抗勢力，首任臺灣總督樺山資紀在11月18日向大本營報告：「全島悉予平定」。乙未戰爭對日本的傷亡較輕，官兵陣亡164人，受傷515人，但遭到霍亂和瘧疾的傷亡要高得多。共有4,642名士兵因病死亡
雖然日軍已控制大部分地區，但各地仍有零星抗日活動，持續將近二十年之久，主要以客家人及原住民為主，少許閩南人為輔，如屏東六堆的火燒庄戰役、台東的雷公火之役，以及北部的簡大獅、中部的柯鐵虎、南部的林少貓帶領的反抗，還有那場原住民大型抗日的「霧社事件」
