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中王國結束後，埃及再次陷入分裂，進入第二中間期（Second Intermediate Period，約前1786–1550年）。這段時期中央權力大幅衰弱，地方州長各自為政，經濟與社會秩序受到嚴重衝擊。第十三王朝與第十四王朝在北方與南方同時存在，但統治力薄弱，法老更迭頻繁，許多統治者僅在位數年甚至數月。尼羅河谷的統一局面再次瓦解，南北對立加劇。
這一時期的轉折點是喜克索斯人（Hyksos）的崛起。他們是來自黎凡特地區的閃米特語族遊牧或半遊牧民族，約在公元前1650年左右逐漸滲透並控制埃及東三角洲，建立第十五王朝（Hyksos王朝），首都設於Avaris（今日Tell el-Dab’a）。喜克索斯人並非大規模軍事入侵，而是透過移民、貿易與政治聯姻逐步取得控制權。
他們帶來了重要的軍事技術革新：馬匹、輕型戰車、複合弓與改進的青銅武器。這些技術雖然最初用於征服，但也加速了埃及軍事現代化。喜克索斯統治者採用埃及的王室頭銜與行政體系，尊崇埃及神祇（特別是塞特神），並與本地精英通婚，顯示出一定程度的文化融合。
然而，埃及本土勢力並未完全屈服。在南方底比斯，第十七王朝（Theban Dynasty 17）逐漸壯大，成為抵抗喜克索斯的核心力量。Seqenenre Tao與Kamose兩位法老發動了一系列對北方的征戰。Kamose的戰爭記錄（Kamose Stelae）生動描述了與喜克索斯人的衝突，他稱喜克索斯統治者為「亞洲人」，並強調恢復埃及統一與Ma’at秩序的使命。
最終，第十七王朝的Ahmose I（雅赫摩斯一世）在約公元前1550年左右徹底驅逐喜克索斯人，攻克Avaris，並追擊至巴勒斯坦地區。這一勝利不僅結束了第二中間期，也開創了第十八王朝（Dynasty 18），標誌著新王國時期（New Kingdom，約前1550–1070年）的開始。
Ahmose I被尊為新王國的開國君主。他重建中央行政體系，修復被戰爭破壞的神廟與基礎設施，強化對努比亞與黎凡特的控制。新王國的法老們不再滿足於防禦，而是積極推行帝國擴張政策。
阿蒙神崇拜在這時期達到新高度，底比斯成為宗教首都，卡納克神廟（Karnak Temple）開始大規模擴建。Ahmose I的繼任者Amenhotep I與Thutmose I繼續鞏固王權，Thutmose I的軍事遠征深入努比亞與敘利亞，首次將埃及勢力擴展到幼發拉底河地區。
第十八王朝的巔峰出現在Thutmose III（圖特摩斯三世）統治時期（約前1479–1425年）。他被譽為「古埃及的拿破崙」，一生進行了至少17次軍事遠征，征服了從努比亞到敘利亞的廣大地區，建立起埃及史上最大的帝國。
著名的Megiddo戰役（Battle of Megiddo）是其軍事傑作，他以巧妙的策略擊敗反埃及聯盟，擴大了埃及在黎凡特的影響力。戰利品與貢賦源源不斷流入埃及，帶來黃金、奴隸、木材與奢侈品，極大豐富了王室與神廟的財富。Thutmose III還大力興建神廟與紀念物，強化法老作為阿蒙-拉神之子的神聖形象。
然而，第十八王朝也出現了戲劇性的宗教與政治轉折——阿肯那頓（Akhenaten，原名Amenhotep IV）改革。約公元前1353年，阿肯那頓登基後，推行激進的一神教改革。他廢除傳統多神崇拜，獨尊阿吞神（Aten，太陽圓盤），將首都遷至新城Akhetaten（今日Amarna）。
這場改革被稱為「阿馬爾納時期」（Amarna Period）。阿肯那頓與王后娜芙蒂蒂（Nefertiti）在藝術上推動「阿馬爾納風格」：人物形象更自然、寫實，甚至帶有誇張的家庭親密場面，打破了傳統的理想化王室肖像。這時期還留下了豐富的外交檔案——阿馬爾納書簡（Amarna Letters），記錄了埃及與近東各國的通信，顯示帝國外交的複雜性。
阿肯那頓的改革引起強烈反彈。傳統祭司階層（尤其是阿蒙神廟）失去權力與財富，社會動盪加劇。阿肯那頓去世後，其繼任者（包括短暫統治的Smenkhkare與著名的Tutankhamun，圖坦卡蒙）迅速恢復傳統宗教。Tutankhamun年僅9歲登基，由維齊爾Ay與將軍Horemheb輔政。
他將首都遷回底比斯，恢復阿蒙崇拜，並展開大規模的「反改革」行動，抹除阿肯那頓及其繼任者的名字與紀念物。圖坦卡蒙本人的陵墓（KV62）雖因意外保存完整而聞名於世，但其統治本身更像是新王國從宗教危機中恢復的象徵。
第十八王朝的最後一位法老是Horemheb，他原為軍人，通過整頓行政與軍隊，穩定了國家，為第十九王朝的建立奠定基礎。
第十九王朝（Dynasty 19，約前1292–1189年）由拉美西斯一世開創，但真正使王朝輝煌的是塞提一世（Seti I）與拉美西斯二世（Ramesses II）。塞提一世恢復對亞洲的控制，展開大規模神廟建造計劃。拉美西斯二世在位67年，是埃及史上最著名的法老之一。他進行了多次軍事行動，其中最著名的是與赫梯帝國的卡疊什戰役（Battle of Kadesh，約前1274年）。
雖然戰役結果實際為僵持，但拉美西斯二世將其宣傳為偉大勝利，並在神廟牆壁上刻下詳細的戰爭浮雕。他還建造了規模龐大的紀念物：阿布辛貝神廟（Abu Simbel）、拉美西姆（Ramesseum）與卡納克、盧克索神廟的大規模擴建。拉美西斯二世擁有大量妻妾與子女，王室規模空前龐大，被後世稱為「拉美西斯大帝」。
新王國時期埃及成為近東地區的超級大國，財富與文化影響力達到頂峰。國際貿易繁榮，埃及與米坦尼、赫梯、巴比倫等國維持外交與聯姻關係。藝術與建築進入黃金時代，神廟成為國家財富與權力的象徵，帝王谷（Valley of the Kings）取代金字塔，成為法老與王室成員的墓葬地，墓室內充滿精美的壁畫與陪葬品。
然而，帝國的擴張也帶來隱患：維持廣大領土需要龐大軍費與行政成本，地方貴族與神廟勢力再次增強，為後來的衰落埋下伏筆。
