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1517年奧圖曼征服後，埃及成為奧圖曼帝國的一個重要行省（eyalet），由伊斯坦堡任命的總督（pasha）負責治理。行政結構保持高度連續性：馬木魯克貝伊與軍官繼續掌控大部分地方軍事與財政權力，奧圖曼中央主要通過總督徵收稅收並維持名義上的主權。
尼羅河的年度氾濫記錄仍被詳細保存，用於計算土地稅（kharaj或iltizam制度），灌溉渠道、水車與運河網絡得到定期維護，確保埃及繼續作為帝國主要的糧食供應地。村社組織與地方稅務管理基本沿用馬木魯克時期的框架，本地長老與稅務官參與基層運作。
1525年，奧圖曼蘇丹蘇萊曼一世頒布《埃及法典》（Kanunname-i Misir），正式確認馬木魯克在埃及的軍事與經濟特權，同時規定稅收上繳比例。這一法典強化了行政連續性，允許馬木魯克貝伊實際管理土地與稅收，奧圖曼總督則負責監督與軍事防禦。開羅作為行政中心，人口與商業活動持續增長，亞歷山大港仍是地中海貿易的重要樞紐。
16世紀後期至17世紀，奧圖曼帝國陷入長期衰落，埃及的實際權力逐漸轉移到馬木魯克手中。總督更迭頻繁，但地方行政與農業管理未受重大影響。尼羅河季節性節律繼續主導農業生產，小麥、大麥、稻米與棉花是主要作物。科普特基督徒與猶太人繼續作為有經者繳納人頭稅，並在金融、稅收記錄與翻譯工作中發揮作用，宗教自治基本維持。
1700年代初，馬木魯克派系之間的內鬥加劇。1760年，阿里貝伊·卡比爾（Ali Bey al-Kabir）崛起，控制開羅與大部分埃及地區。他於1768–1772年短暫宣佈獨立，停止向伊斯坦堡繳納稅收，並試圖擴張勢力至敘利亞與阿拉伯半島。行政上，他繼續使用原有的稅收與灌溉管理體系，僅更換部分高級官員。
1772年，阿里貝伊被其部將穆罕默德·貝伊·阿布·達哈布（Muhammad Bey Abu al-Dhahab）擊敗，埃及重新恢復向奧圖曼帝國納貢，但馬木魯克對地方的實際控制並未改變。
1780年代，穆拉德貝伊與易卜拉欣貝伊兩大馬木魯克派系主導埃及事務。他們共同掌控稅收與軍事，奧圖曼總督僅具象徵意義。尼羅河管理與農業生產繼續按傳統方式進行，運河與水壩得到維護，村落稅收分配系統保持穩定。
1798年7月，法國將軍拿破崙·波拿巴率領遠征軍入侵埃及，登陸亞歷山大港。法軍迅速推進，7月21日在金字塔戰役（Battle of the Pyramids）擊敗馬木魯克軍隊，進入開羅。拿破崙宣佈尊重伊斯蘭教與當地習俗，並成立由本地學者與馬木魯克組成的行政委員會，試圖維持治理連續性。
但法國統治僅持續三年，期間引入法國式的行政改革、測量與科學考察（埃及記述，Description de l'Égypte）。尼羅河灌溉系統與稅收記錄工作繼續進行，但法軍的糧食徵用與軍事行動對農業造成一定破壞。
1801年，英國與奧圖曼聯軍將法軍逐出埃及。法國撤離後，埃及重新處於奧圖曼名義統治之下，但馬木魯克派系再次恢復對地方的控制。1801–1805年，權力真空期出現，多派系爭鬥不斷。
