北斗南門萬應佰姓公建立年代不詳,據北斗鎮志載,為祭祀1896年義軍反攻北斗東、南門之戰中,犧牲之18名抗日烈士。
此役由猛將陳發領導,趁天色未明之時,先襲擊南門,北斗之日軍守備隊築壘以待,然陳發無懼彈如雨下,一馬當先,衝鋒在前,率一百多人逼近日軍防禦工事,展開肉搏戰。
後陳發之援軍陸續趕到,攻擊東門,日軍兩面受敵,陸續敗走,總計擊斃日軍守備隊長步兵大尉宮永計太、中尉田島憲藏及其他憲兵多人,日軍退出北斗,狼狽返回彰化。
可惜陳發在追擊之過程中,亦不幸中槍成仁。
洪棄生之「瀛海偕亡記」忠這樣評價陳發:
「自大坪起事,惟陳發出七日,連攻三要地,如破竹。蓋不獨勇敢,亦善審勢,得眾心。既死,全軍解體歸大坪,繼之者烏合,無驍桀矣。」
可見陳發之死,是臺灣抗日義軍一重大損失。
此廟因曾擋住巷子出入口,後移往民族路,但舊廟仍保留,只是廟體稍稍往旁邊移動,讓出巷道而已,形成新舊兩廟雙胞的狀況,和石門十八王公廟有些類似。