《藥師咒》內容: 南謨薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薛琉璃。 鉢喇婆。喝囉闍也。怛他揭多也。 阿囉喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。 唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝娑訶。 《藥師咒》註解 南謨:【皈依】的意思。即依靠。 薄伽伐帝:【世尊】的意思。「薄伽梵」的另一音譯。 鞞殺社:【藥】的意思。 窶嚕:同「古魯(Guru)」。【師】的意思。 薜琉璃:【琉璃】的意思。 鉢喇婆:【光】的意思。 喝囉闍也:【王】的意思。因為藥師佛為東方七佛之首(這依世尊提及的順序而列)。 怛他揭多也:【如來】的意思。 阿囉喝帝:【應】的意思。 三藐三勃陀耶:【正等正覺】(正等覺)的意思。 怛侄他:【即是】,「即說咒曰」的意思。 唵:【三身皈命】的意思。即「身、語、意」全部皈依「佛、法、僧」三寶。 鞞殺逝、鞞殺逝、鞞殺社:【藥、藥、藥】。「逝」作連接詞用,「社」作結束詞。 三沒揭諦:【自渡渡他】的意思。即是普渡。 娑訶:【圓滿達成】;「速得成就」的意思。等如「娑婆訶」。 《藥師咒》白話解釋: 皈依世尊藥師琉璃光如來、應、正等覺。即身、語、意皆依靠身藥、語藥、意藥去自渡渡他,得功德圓滿。 依藥師佛的道而修行,即可身心清淨、了脫生死、超越輪回。