一、刑部(員額如戶部，照省分為十三司，各司主事為三人，部分省分僅二人)
1.沿革和任用:組織變化不大。
2.職掌:
由於明代之司法權不只由刑部主掌，該部僅負責審理工作，都察院監督，由大理寺進行駁回，以上機關合稱「三法司」然而實際之司法運作中，刑部也不能完全掌管審理工作，皇權時常利用所屬之錦衣衛鎮撫司考訊重要政治犯，以至許多時侯都是刑部在向皇帝要求審理權的統一回歸該部。
由於僅負責司法工作，加上權限的分割，刑部的影響力實在不高。
二、工部(為四清吏司編制，其中都水清吏司郎中為四人)
1.沿革和任用:組織變化不大。
2.職掌:
(一)營繕清吏司:
主要負責國家重要建設，包括皇宮和各地親王殿宇和陵寢等工程。
(二)虞衡清吏司:
管理國家自然資源，礦藏、森林和漁業皆虞衡司管理和維護，亦負責各類奢侈品之取得；亦與兵部一同督造兵器。
(三)都水清吏司:
主要管理河渠、水利、道路等交通建設和維護，其中由於水利對於傳統以農立國之重要，設有五位郎中共同處理該司事務。不少工部堂上官(左右侍郎和尚書)皆由有治水實績之官員升任，可見都水司職掌所重。
(四)屯田清吏司:
明代設立衛所，皆實施軍屯，其中營房和器械由屯田司負責。同時亦管理宗室、勳貴和軍官等墓園。
三、都察院:
1.編制:
左、右都御史各一人，正二品，其中左都御史為機關首長。
左、右副都御史若干人，正三品。
左、右僉都御史若干人，正四品。
十三道監察御史一百一十人，正七品。
2.沿革和任用:
都察院本身之組織結構變化不多，但其職掌和在明朝政府中的角色却是長九發展的結果。原先之都察院只是負責糾舉和監察的機關，但隨著中央朝廷企圖加強對地方的控制，巡撫制度的出現架空了原先布政使司和按察使司之權，巡按御史對於地方的監督和監軍權力增加，都使得都察院逐漸凌駕其他部會，可與吏部和兵部等重要單位相抗衡。
都察院官員的任命更是重中之重，御史雖僅官皆七品，但其龐大的話語權遠超許多低階甚至中高階官員，因此其任用受嚴格審視，通常不會由新科進士擔任，多由已任官數年經歷的年輕官員擔任，如果御史任上能樹立聲望，日後便能升遷相對順利。
由於明代中期以後僉都御史，必定兼任巡撫，成爲一省最高軍政長官，多不會在中央都察院工作。僉都御史多由歷任資深地方官員任用，大多由布政使升遷而來。
左、右都御史為都察院之堂上官，多在都察院內主持院內事務。由於都察院地位上升，又負責糾舉之事，左、右都御史的人選必須具備高度威望、亦有豐厚地方經驗之人擔任，選拔往往受到矚目。天啟年間，左都御史往往由東林黨大老，如鄒元標、趙南星和高攀龍皆曾任左都御史可見一斑。
3.職掌
(一)巡撫(官銜為可能為左、右副都御史和左、右僉都御史不等)
巡撫原先是類似中央派駐地方監察官之角色，但隨著巡撫的軍事性質逐漸加重，在地方上的權力逐漸高過原先分權之布政使司和按察使司，成為一省之實際地方首長，但其軍區首長意味較濃。
巡撫亦不侷限於一省，可能設於重要軍區或多省份交會之處，如王陽明曾任之贛南巡撫和湖廣的鄖陽巡撫。另外由於大運河維持帝國之南北命脈，因此漕運始終受到政府重視，特設一巡撫總督漕運，管理運河沿岸事務，同時兼管明王朝龍興之地-鳳陽府。
(二)御史
御史的職掌很多，主要看其被任命的差事而定，基本上振刷文卷(調閱文書)、建言和調查各種弊端及各地突發事件(勘問)。其他有巡鹽、清軍、巡關、提督學校等。各省有一至三位巡按御史，儼然是朝廷在地方的代言人，在審判、除弊和考察官員的地位可與巡撫平起平坐。
以上六部之首長-尚書，加上都察院的首長-左都御史，合稱「七卿」，朝廷重要決策基本上皆需要他們的參與和背書。