「你是否和我一樣孑然孤寂？」海邊挑選著卵石的女人，形單影隻的背影散發著孤寂，偶然瞥見了山坡上的石頭，她懷抱著希望伸手攀爬向上，卻因踩不穩不慎失足摔落，那顆上好的菊石化石也一同摔碎。
電影的第一場戲就暗示了全片的劇情走向。一份愛情宛若珍貴的化石，它必須經過多年的沉積才能成形，只需一雙真摯的眼看見，這顆石頭(這份愛情)才有它的價值。高冷的古生物學家安寧小姐與倫敦學者的妻子夏洛特，兩人從一開始冷言冷語到沉默以對，慢慢敞開心房去相愛，儘管相處的時光短暫，卻難以抹去相擁時的溫暖。
「我的石頭值得你研究多日。」夏洛特所發現的頸椎骨化石，成了兩人的定情物，兩人靠著船板合力搬運回家，在微弱的燈火裡研究著石頭，再用高價賣出作為愛情的印證。安寧小姐則帶著夏洛特步入海水，兩人在冰冷的水中擁抱，在床上翻騰，直到夏綠蒂的丈夫寄了封來信，打斷了她們幸福的時刻。
而安寧小姐11歲發現的第一尊「魚龍」化石，是她成為古生物學家的契機，卻沒能將之留在身邊，最終被賣到了大英博物館作展示品。這尊「魚龍」化石是她心中最崇高神聖的存在，是兒時回憶裡的純真紀念，也是對愛情的美好嚮往。時隔多年她終於來到了博物館，看著魚龍化石旁不再是自己的名字，那是已被掩藏的純真，而眼前出現的愛人，則是昨日爭執裡破滅的真愛，兩人隔著玻璃窗的定睛凝視，安寧沒能做出選擇，全都化作了沉默。
《默愛》鑿刻著兩名女子的愛情紋理，落下的碎石研磨成了黑墨，寫進了文字、畫進了圖紙，情感如泥濘陷入了指縫難以洗淨，她們也不願洗淨，仍掩蓋不了刻得不夠深的力道，緊握手心的成品由冰冷變得溫熱，沉默愛情的餘韻則隨著時間的海水沖淡。男性角色則是全片的敗筆，呆板的演出如糞化石般地讓人苦笑，幸好有鋼琴鍵彈奏的音符，讓情感如行舟繼續航行，流向了大海。
