漢靈帝中平元年，東漢王朝爆發了一場大規模的農民革命，史稱『黃巾之變』，這是中國有史以來第一場打著宗教名義起家的農民革命，也是這場農民革命使得原本就外強中乾的東漢王朝更加搖搖欲墜，同時更暴露出東漢王朝『金玉其外，敗絮其中』的現實。
雖然黃巾之變很快地就被東漢王朝平定，但星星之火，足以燎原，隨之而來的白波軍、黑山軍依舊打著黃巾名號盤據山頭，與地方政府形成對峙，甚至最後還成了保護漢皇室的一支力量。
中國宗教系統的建立
漢帝國自和帝以降，朝廷和地方政令混亂不堪，加上中央權力更迭頻繁，導致農民生活困苦，逐漸將心靈寄託轉向宗教，中國的宗教系統在這一段期間開始蓬勃發展。
中國本土的宗教系統發展的十分晚，主要的原因是中國在西周時期，就已經發展出成熟的人文主義思想。
先秦之前，夏代尚忠，商代尚鬼，可見商朝時期，中國已有原始的性靈宗教思想。當時占卜之事十分盛行，商人崇尚上帝，敬天法祖，發展出中國數千年的敬祖風俗，不過商朝並沒有發展出有規模的宗教系統，到了武王伐紂後出現改變。
周人有鑑於商代事事求神問卜，最後仍然滅亡，反思後認為『人』才是決定一切的本體，對於鬼神之說採取敬而遠之的態度，因此才會有『子不語，怪、力、亂、神』等說法，先秦諸子百家中，也只有墨家思想較具有宗教體系的哲學思想。
漢代陰陽家思想崛起，儒家思想參雜陰陽家思想而出現了天人學說，儒家此舉只是企圖利用災異圖讖來警示帝王，藉以約束帝王的行為，仍舊沒有發展出宗教系統。因此無論是先秦的墨家，或是漢代的儒家與陰陽家思想，基本上都是屬於哲學思想的層面，並沒有發展出一個完整的宗教思想。此時的中國僅有原始的性靈宗教，有點類似游牧民族的原始薩滿教，並沒有完整的宗旨或是思想體系，直到了東漢時期才開始有了轉變。
根據記載，佛教傳入中國最早的時間是西漢末年：「哀帝元壽元年，博士弟子景盧受大月氏使臣伊存口授《浮屠經》。」這是佛教始傳最早的說法。另一種說法則是東漢明帝永平十年，蔡愔赴西域訪求佛法返國，邀得大月氏迦葉摩騰、竺法蘭來華，並以白馬馱回佛像及經卷。其後明帝在洛陽興建了中國早期的佛寺白馬寺，作供奉佛像及佛法之用。
除了外來的佛教之外，中國本土的道教也應運而生，其中最著名的便是由張陵在蜀郡鶴鳴山創立『五斗米道』。據《後漢書》、《三國志》記載，凡入道者須出五斗米，故得此名，因又稱為『米巫』、『米賊』、『米道』。另外也有人認為，這個名稱也可能和崇拜『斗姆』有關。
所謂『斗姆』就是佛教教義中的摩利支天，也就是廣義的菩薩。摩利支天的概念被道教吸收之後，被稱為『斗姆』、『斗姥』。斗是指星斗，姥、姆即母也，斗姥即眾星之母，主宰眾星。在道教中，斗姥是個法力無邊的女神，能護持信徒吉利平安，而五斗米其實就是『五斗姆』。
另外也有一種說法是張陵將五斗崇拜和蜀地原始的彌教結合而成，即『五斗彌』教。總之當一個國家政治混亂，人民的無法在現實獲得滿足的時候，就會開始將心思轉往宗教，希望從宗教身上找到心靈的寄託。
太平道不太平
除了張陵的五斗米道之外，創立太平道的張角、張梁、張寶兄弟三人則是在冀州魏郡一帶用法術、咒語到處為人醫病。據說許多生病的百姓喝下他的符水後都不藥而癒，被當地百姓奉為活神仙。
略有成就之後的張角，不久派出八名弟子到外地傳教，使得追隨與信奉太平道的信徒愈來愈多，甚至高達數十萬人。許多人為了投奔張角，不惜變賣家產，千里迢迢，爭先恐後，沿途擠得水洩不通，據說半途被踩死就有萬餘人。張角見信徒漸多，便以《太平清領書》為理論依據，自稱『大賢良師』，建立『太平道』組織並管理信徒。
《太平清領書》是集合西漢末年到東漢中葉各種關於老莊之道、鬼神信仰與陰陽五行方術學說，創造出一套複雜的神學體系。書中繼承了老子「道生一，一生二，二生三，三生萬物」的宇宙觀，並結合了《周易》和漢代流行的元氣說來闡述宇宙生成理論，認為宇宙的本原是元氣。同時提出了一套政治設想來描述理想的太平世界，提出君明、臣良、民順是世界太平的根本條件。
《太平清領書》也有一套自己的長生不老的修道理論和方法。它認為所有人都有成仙的可能性，認為人的生命是精、氣、神的結合。不僅要養性與積德並重，還要通過『守一』、『食氣』、『胎息』等方法進行修煉。同時在神學的思想上，《太平清領書》認為人類世界中存在著無數的神靈，『天』是最高神，其他的神靈都要受到『天』的支配，將中國長期以來的性靈思想作出了有系統的整理。
除此之外，《太平清領書》還延續了西漢陰陽家的『天人感應』理論，進一步將善惡報應作出論述，認為報應不僅要應在自身，而且會影響到後世，所以除了自身行為的善惡報應外，也會承受過去祖先的善惡報應，這種思想也成為了太平道立教的一個根據。
由於『太平道』信徒持續增加，張角便仿效張陵為五斗米道創設了二十四治的方法，分成三十六個教區，稱為『方』，大方一萬多人，小方六、七千人，每『方』推舉一個領袖，各方的領袖則全由張角直接控制。
靈帝中平元年，張角以『蒼天已死，黃天當立，歲在甲子，天下大吉』為口號，企圖進行武裝暴動，推翻東漢王朝。依照五德終始說，東漢為火德，火生土，所以土德必定會取代火德的漢朝。這種論述一直成為當時有心者造反的理論依據，例如袁術就以「代漢者，當塗高也」認為自己乃真命天子；此外侍中陳腢、尚書桓階也曾經以『漢行氣盡，黃家當興』來勸曹操稱帝。
不過作為造反集團的領導人，若是擺明車馬的說自己要取代漢王朝，那也太過明目張膽。張角為了不露痕跡地進行政治宣傳，就以『蒼天』暗比東漢，以『黃天』暗比太平道，所以眾信徒都頭綁黃巾為記號，象徵要取代腐敗的東漢。
張角一面派人在政府機關大門上寫上『甲子』二字為記號，另一方面派遣馬元義到荊州、揚州召集數萬人到鄴郡準備，又數次到洛陽勾結宦官封胥、徐奉，想要裡應外合。
歷史的教訓告訴我們，越多人知道的祕密就不會是秘密。在起義前一個月，一名被派去洛陽聯絡的門徒唐周，居然自行前往官署告發張角，同時供出京師的內應馬元義等人，東漢王朝這才開始正視這股潛在的力量。結果馬元義與封胥、徐奉等人遭到逮捕，並且被判處車裂之刑，同時大力補殺太平道信徒，誅連千餘人，並且下令冀州追捕張角。
由於事出突然，張角被迫提前在二月發難。因為起義者頭綁黃巾，所以被稱為『黃巾賊』或『蛾賊』，史稱『黃巾之亂』。
張角自稱『天公將軍』，張寶、張梁則分別為『地公將軍』、『人公將軍』，在北方冀州一帶起事。他們燒毀官府、殺害吏士、四處劫掠，一個月內，全國七州二十八郡相繼發生戰事，黃巾軍勢如破竹，州郡失守、吏士逃亡，甘陵王劉忠與安平王劉續相繼遭到變民俘虜，震動京師。
壓倒漢王朝的稻草
由於東漢王朝長期政治腐敗，加上張角有計畫的長期經營，黃巾軍雖然倉卒起事，仍然猶如燎原之勢。漢靈帝先以何進為大將軍，率左右羽林五營軍士屯於都亭，整點軍備，鎮守京師。同時自函谷關、大谷、廣城、伊闕、轘轅、旋門、孟津、小平津等關口，設置都尉駐防。
為了爭取支持，在議政會議上，中常侍呂彊趁機替那些因黨錮之禍而遭到罪責的士子們求情，以『黨錮久積，若與黃巾合謀，悔之無救』為理由，與皇甫嵩建議漢靈帝解除黨禁，同時建議靈帝拿出皇宮錢財及西園良馬贈給軍士，提升士氣。漢靈帝接納提案，除張角外大赦天下，讓所有遭到流放的罪犯返回家鄉，同時要求各公卿捐出馬匹、弓弩，推舉眾將領的子孫及民間有深明戰略的人到公車署接受面試。
另外一方面，左中郎將皇甫嵩及右中郎將朱儶各領一軍，控制五校、三河騎士及剛募來的精兵勇士共計四萬多人，討伐穎川一帶的黃巾軍；北中郎將盧植以烏桓中郎將宗員為副手，率領北軍五校士負責北方戰線，與張角主力周旋，劉備就是這個時候在中山大商張世平、蘇雙的資助下，率領義勇軍隨同校尉鄒靖抵禦黃巾軍，而踏入了歷史的舞台。
漢軍在首戰並未得利，朱儶軍先因遭到波才所率領的穎川黃巾軍擊退，皇甫嵩與朱儶一起退守長社，結果被波才率大軍包圍，漢軍人少，士氣低落。同一時間，在汝南黃巾軍在邵陵打敗太守趙謙，廣陽黃巾軍殺死幽州刺史郭勳及太守劉衛，顯見黃巾軍聲勢並未因漢室的全面動員而有敗退的跡象。
困守長社一個多月的皇甫嵩，因援軍遲遲未到，趁夜率領軍士以火攻突圍。成功突圍而出的皇甫嵩於途中正巧遇上曹操所率領的援軍，於是皇甫嵩以及朱儶與曹操合兵反攻長社，大敗波才軍。至此，漢軍與黃巾軍的局勢開始出現扭轉的局面。
擊敗波才軍的皇甫嵩與朱儶兩人，乘勝進討汝南、陳國等地的黃巾軍，分別在陽翟與西華擊敗波才與彭脫，平定穎川、汝南、陳國三郡。盧植所率領的北路軍則是大破張角主力，將張角困於廣宗。
由於廣宗城池牢固，盧植建築攔擋、挖掘壕溝將張角困於城中，同時製造雲梯，準備進行攻城。這時候卻發生盧植因為不肯賄賂前來督軍的宦官左豐，左豐懷恨便向漢靈帝誣告盧植有意挾兵自重事件。漢靈帝聽信左豐的讒言，盧植遭到免官，並以囚車送回京師，改由東中郎將董卓負責廣宗戰事。
困守廣宗的張角在盧植被調離不久後病死，餘黨由張梁繼續帶領，接手廣宗戰事的董卓卻始終無法獲得決定性的勝利而撤退，因此漢室只好將在東郡一帶大獲全勝的皇甫嵩調往廣宗。
初到廣宗的皇甫嵩因張梁軍強，於首戰不能攻克。皇甫嵩第二日閉營與士兵休息，另一方面派人觀察敵軍舉動。皇甫嵩見黃巾軍戰意稍為出現鬆懈的情況，便乘夜率兵，在黎明時份突襲敵陣。兩軍戰至下午，皇甫嵩成功大破敵軍，斬殺張梁及三萬多人，敗軍於逃走到河堤時被溺死的也多達五萬餘人，焚燒車輜三萬多輛，虜獲人數甚多。罪魁禍首張角則是被破棺戮屍，運首級回京師。緊接著，皇甫嵩與鉅鹿太守郭典會合，在曲陽擊敗成功斬殺張寶，俘虜十多萬人。幾乎動搖國本的黃巾之亂自此獲得初步的平息。
平定黃巾之亂中，皇甫嵩功勞最大，拜為左車騎將軍，領冀州牧，封槐里侯。朱儶則拜為右車騎將軍，增邑五千戶，封錢塘侯。因拒絕賄賂而獲罪的盧植，則在皇甫嵩的表奏之下恢復原有官職。至於劉備，也在這一波的獎勵名單中被派任到安喜縣擔任縣尉一職。
遍地民變，野火燒不盡
黃巾之亂從起事到結束，雖然為時僅十個月左右，卻是中國歷史上規模最大的一次宗教形式起義。亂事雖然很快遭到平息，但是東漢王朝卻因此遭到嚴重的打擊，並且顯露出衰敗之象。即便如此，漢靈帝並未因此有所覺悟，反而變本加厲。不但在西園建造萬金堂，同時還修築玉堂殿，鑄造銅人、黃鐘。由於黃巾之亂遍及各地，農田因戰亂大多荒蕪，造成通貨膨脹，人民生活更加困苦。為了修建宮室，漢靈帝於中平三年改鑄『四出五銖錢』，藉以搜刮人民的財富，嚴重破壞經濟體系。
黃巾軍主力雖然被擊敗，漢室政府軍並未徹底剿滅各地的黃巾軍，反而因張角兄弟的敗亡而鬆懈對黃巾軍的征剿。各地方的黃巾軍趁機化整為零，各據山頭。如張牛角與張燕的黑山軍以常山一帶為根據地；胡才、郭太的白波軍則攻略河東、太原等郡；另外五斗米道的張修則在巴郡，各地勢力大者有萬餘人，小者也有數千人。
中平五年，郭太的白波軍與葛陂黃巾相繼起事，聲勢浩大，青、徐兩州的黃巾軍也遙相呼應，形成第二次黃巾之亂。除了黃巾軍之外，北方的鮮卑、西方的先零羌、南方的武陵蠻也先後宣布脫離東漢王朝的控制，並侵擾漢朝邊郡。另外，漁陽人張純與張舉則是舉兵攻殺右北平太守劉政、遼東太守楊終、護烏桓校尉公綦稠等，張舉甚至自稱天子，入寇幽、冀二州。益州黃巾馬相攻殺刺史郗儉，自稱天子，攻擊巴郡，殺郡守趙部。其餘零星的地方叛亂，多不勝數。
二次黃巾之亂雖然聲勢不比第一次，但是因為第一次黃巾之亂雖以張角為主體，但是張角卻只在冀州轉戰，加上太平道因機密外洩被逼倉卒起事，主力與其他軍團並未相互聲援，加上當友方有難時，各軍都不會相救，漢軍只需針對張氏兄弟進行重點攻擊，即可迅速平定。
第二次黃巾之亂卻是猶如遍地開花，再加上邊境不穩，使得漢室出現了左支右絀的窘境。太常劉焉主張『刺史威輕，既不能禁，且用非其人，輒增暴亂』，於是建議漢靈帝『改置牧伯，鎮安方夏，清選重臣，以居其任』。於是漢靈帝接受建議，將部份刺史改為州牧，加強地方政權的實力，以求有效進剿黃巾餘部。
在漢靈帝的主持之下，東漢王朝幾乎已是遍地烽火，形成燎原之勢。然而漢靈帝卻尚未來得及為自己荒淫昏庸的所作所為付出代價，就在隔年病死於南宮嘉德殿，年僅三十四歲。
