行政院組改新設三級機關擬推動部分首長「常務及政務雙軌制」，除了由常任文官擔任以外，也可允許政治任命。
然而，近年來關於行政機關酬庸首長過多人數的討論持續不斷，其中最引人注目的是三級機關雙首長制度。此制度的實施，讓基層公務員的員額進行了過度的壓縮稀釋，進而讓基層公務員的工作業務量暴增，面臨嚴重過勞長時間工作問題。
實施政府三級機關雙首長制度，導致基層公務員的工作壓力急劇惡化，當中基層公務員的工作內容包括：民代索資、處理陳情、公文庶務、監督工程、採購、驗收、管考、政策規劃與行銷、預算規劃……等等；但由於基層公務員的員額遭受過度壓縮，加上台灣朝民主化狀態發展，政治任命首長及民選公職人員為符合更多的民眾期待，必需不斷提升對基層公務員的工作要求與業務內容，基層公務員與事務官不得不承擔更多的業務工作量，以滿足民眾、社會的需求。這樣的壓力，對於基層公務員的身心健康，以及公共系統的運作，都帶來了嚴重的後果。長期而言，這樣的制度會導致公務員工作上缺乏進一步的動力，進而讓公務員的工作態度和效率逐漸下降。
為解決此問題，我們需要對於三級機關雙首長制進行反思。這個制度需要更多的改進，以平衡酬庸人事的比例，進而減輕基層公務員的工作壓力。
此外，《中央政府機關總員額法》也需要進行調整，以保證基層公務員的人數和工作量之間的平衡。唯有如此，才能夠維護公務系統的運作，確保公眾利益得到妥善的維護。
首先，可以將政府的高階文官層級進行簡化，減少管理層級，避免過多的管理層級導致政府財政成本增加和公務系統效率下降。其次，可以對行政機關首長的薪酬進行合理調整，平衡酬庸過多的情況，並要求加強專業素養，讓首長具備相應的專業能力，提高政府的專業水平。
另外，可以將總員額進行分配，讓不同機關之間的員額有所差異，以符合不同機關的實際需求。其次，可以設立基層公務員人力保障措施，保障基層公務員的工作量和工作環境符合標準。最重要的是，必需對基層公務員的薪資進行相應調整，提高基層公務員的工資水平，增加其工作的積極性和投入程度。
除此之外，我們還需要重視基層公務員的職業安全和心理健康。
基層公務員需要面對大量的工作壓力，這對於他們的身心健康都會帶來極大的影響。因此，我們需要提供更多的支持和幫助，讓基層公務員能夠更好地應對工作壓力和身心健康問題。
另外，我們也需要加強基層公務員的培訓和提高專業能力，讓他們能夠更好地應對各種工作挑戰，提高工作效率和工作品質。
為提供更好的服務予台灣民眾，我們需要重新審視三級機關雙首長制度的問題，並採取相應的改革措施，以平衡酬庸人事比例、增加基層公務員的員額、提高專業能力和保護其職業健康，確保公務系統能夠有效運作。
