上篇文章介紹了先天免疫系統中的成員與組成，先天免疫的核心就是偵測到病源入侵時會引起發炎反應以召集白血球群聚吞噬殺滅病原體，絕大多數的感染靠表層屏障與先天免疫系統都可以解決，但如果病原毒性太強或數量太多導致第一與第二道防線無法應付時，此時便需要第三道防線—後天免疫系統幫忙了。
樹突細胞
樹突細胞（英語：dendritic cell，簡稱DC）又稱樹狀細胞、樹突狀細胞，是一種存在於哺乳動物的一種白血球。它存在於血液和暴露於環境中的組織中，如皮膚和鼻子、肺、胃和小腸的上皮組織。它們的作用是調節對當前環境刺激的先天和後天免疫反應。它最重要的功能是將抗原處理後呈遞給免疫系統的T細胞，故是一種抗原呈現細胞。DC可說是連接第二道與第三道防線的橋樑。
後天免疫系統
後天性免疫（英語：adaptive immunity）也稱為獲得性免疫、適應性免疫、特異性免疫、專一性防禦，是一種經由與特定病原體接觸後，產生能識別並針對特定病原體啟動的免疫反應。和後天性免疫相對的是先天性免疫。後天免疫系統主要存在於有頜下門的脊椎動物中，脊椎動物的後天免疫系統可粗略分為體液免疫和細胞免疫。與先天免疫系統不同，後天免疫系統對特定的病原體做出特異性的反應。後天免疫系統可以在初次感染某種病原體後產生免疫記憶，並在下一次感染這種病原體時產生更強的抵抗力。這一特徵是疫苗接種的理論基礎。這樣的免疫記憶有時可以為機體提供長時間的保護，例如，感染麻疹後痊癒的人終身都會具有對麻疹的抵抗力；對其他一些病原體而言，這種記憶並不會持續終身，例如水痘。
後天免疫系統會消滅外來的病原體以及它們分泌的有毒物質，但有時，後天免疫系統無法區分外來物質是否有害，這就是枯草熱、哮喘和任何其他過敏症狀的原因。無論是無害的花粉，還是使人染病的流感病毒，任何可以引發後天免疫系統反應的物質都可以稱為抗原。
執行後天免疫系統功能的細胞就是白血球中的淋巴細胞。體液免疫和細胞免疫機能分別由兩類淋巴細胞——B細胞和T細胞負責。B細胞負責分泌抗體（也就是免疫球蛋白）。抗體在血液中流動，結合外來的抗原並使其失活。
後天免疫系統之所以也稱為「獲得性」免疫，是因為機體對病原體特異性的免疫力是後天「獲得」的，反之，先天免疫系統對病原體一般性的抵抗力是編碼在遺傳基因中而先天「固有」的。「適應性」免疫的說法則是因為它的最終目的是對不同環境的適應。
後天免疫系統的「適應性」來自於體細胞超突變（快速的體細胞突變過程）和V（D）J重組（不可逆的抗原受體基因重組）。這兩個過程使得少量的基因可以產生大量不同的抗原受體，並各自表達於不同的淋巴細胞表面。由於基因重組是不可逆的，這些淋巴細胞的子代（包括記憶細胞）都會繼承同樣特異性的抗原受體基因。
當病原體穿過了固有免疫的屏障，且符合以下兩個條件：（1）產生了一定量的抗原；（2）產生了活化樹突狀細胞的「異己」或者「危險」信號時，獲得性免疫系統就會被激活。其只針對特定的抗原，且具有四種特性：識別性（self/nonself recognition）、多樣性（diversity）、專一性（specificity）、記憶性（memory）。
獲得性免疫系統的主要功能包括：
- 從接觸到的大量抗原中識別出「異己」的抗原，並呈遞給淋巴細胞。
- 有「多樣化」的抗原接受器，以識別多種抗原，且能辨認同一抗原上的不同的或多樣的表位。
- 產生能最大化消滅「特定專一」病原體或感染細胞的免疫反應。
- 將感染過的病原體的信息以記憶B細胞和記憶T細胞的形式保存，也就是免疫記憶。
在人體內，獲得性免疫系統需要4-7天來產生足夠明顯的免疫反應。
