但納稅義務人、配偶或受扶養直系親屬在我國境內有房屋者，不得扣除。
房產示意圖。圖／5168實價登錄比價王 資料庫
財政部說明，考量實務上部分特殊情形，納稅義務人、配偶及受扶養直系親屬雖有房屋，惟仍有另行租屋居住需求，爰該部核釋下列5種特殊情形之房屋，可視為非其自有房屋，其另行租屋居住仍得申報房屋租金支出特別扣除額，以落實照顧民眾租屋需求之政策意旨：
- 經政府公告拆遷或依災害後危險建築物緊急評估辦法張貼危險標誌之房屋。
- 已毀損面積占整棟面積達5成，經直轄市、縣（市）主管機關認定必須修復始能使用之房屋。
- 繼承取得共有房屋且納稅義務人、配偶及受扶養直系親屬持分合計非全部。
- 納稅義務人、配偶或受扶養直系親屬因就業、就學、就醫因素而需異地租屋，且合計僅有前3點以外之1屋（含共有房屋），供其自住且非供營業或執行業務使用。
- 納稅義務人符合「納稅義務人與配偶分居得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額之認定標準」第2條規定，與配偶各自辦理結算申報，其配偶之自有房屋。
財政部進一步說明，納稅義務人之房屋符合上開視為「非自有房屋」認定原則者，於申報113年度綜合所得稅結算申報時，可檢附相關證明文件，供國稅局核認。
財政部提醒，房屋租金支出特別扣除額訂有排富規定，當年度綜合所得稅申報適用稅率20%以上、股利按28%稅率分開計稅，或依所得基本稅額條例計算之基本所得額超過規定之扣除金額（113年度為750萬元）者，不適用之，以使政府資源有效運用。
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