二戰結束後，國共爆發全面內戰，時局動盪，不少學人南來香港辦學。1949年，大陸易手，錢穆、唐君毅、張丕介等在香港成立「亞洲文商專科夜校」，租用九龍偉晴街華南中學三課室在夜間上課，後來改名「亞洲文商學院」，1950年3月在教育司署立案為日校，改名「新亞書院」，租用九龍深水埗桂林街六十一、六十三、六十五號三、四樓為校舍。三樓作辦公室及師生宿舍、四樓作為教室。
新亞書院成立初期，環境極度困厄，其辦學目的「在上溯宋明書院講學精神，旁採西歐大學導師制度，以人文主義之教育宗旨，溝通東西文化，為人類和平、社會幸福謀前途。」早期必修科計有錢穆的中國通史、唐君毅的哲學概論、張丕介的經濟學，崔書琴的政治學等。錢穆任校長、唐君毅任教務長、張丕介任總務長。書院共設文史、哲學教育、經濟、商學、新聞社會、農學 (中途停辦) 六系。文史系系主任由錢穆兼任，哲教系系主任由唐君毅兼任，經濟學系系主任由張丕介兼任，商學系系主任由楊汝梅擔任。
錢穆，字賓四，江蘇無錫人，史家呂思勉學生。早年發表《劉向歆父子年譜》成名，獲顧頡剛賞識，推薦為燕京大學國文講師。後執教於北京大學、清華大學、燕京大學、北平師範大學等校，先後出版《中國近三百年學術史》、《國史大綱》等鉅著，南來前已享譽中國史學界。余英時、嚴耕望、方國棟皆出其門下。唐君毅，四川宜賓人，祖籍廣東五華。早年受蒙文通啟迪，對宋明理學產生興趣，後從學於支那內學院歐陽竟無，習佛家唯識學。1926 年轉往國立中央大學哲學系。1932 年畢業後返回四川任教中學，1937 年受聘於華西大學。1940 年任教重慶中央大學，先後出版《中西哲學思想之比較研究集》、《人生之體驗》、《道德自我之建立》等書。
張丕介，字聖和，山東館陶人。早年加入中國國民黨，1928 年赴德國留學，主攻經濟學，後回國講授經濟學及農業經濟學。抗戰期間，任教育部農業教育委員會專任委員，並在國立西北農學院任教授兼訓導長及經濟學系主任。1949 年到香港定居，與徐復觀創辦《民主評論》，同時和錢穆、唐君毅等創辦「亞洲文商專科夜校」。
新亞經費不足，全賴商人王岳峰資助，方得以遷入九龍深水埗桂林街校舍。錢穆不久親赴台灣會見中華民國總統蔣介石，尋求資助。蔣介石允諾從總統府辦公費項下每月撥款港幣三千元支持新亞書院辦學。1954 年，新亞書院獲美國雅禮協會撥款，蔣介石的資助才停止。
由於錢、唐、張諸位先生皆以復興中國文化為己任，一生反共，奉中華民國為正朔，自「亞洲文商專科夜校」創校，校慶即定於 10 月 10 日中華民國國慶日，校內高掛中華民國國旗，即青天白日滿地紅旗。
又當代新儒家如徐復觀、牟宗三皆在校內任教，學校兼以中文教學、採書院制，其因此被視為中國文化的復興基地，以及宋代書院文化的延續。
新亞書院另設研究所。1956 年校舍遷入九龍土瓜灣農圃道。
唐君毅＜我所了解之新亞精神＞解釋「新亞」是什麼意思：
新亞二字即新亞洲。亞洲之範圍比世界小而比中國大。亞洲之概念可說是世界之概念與中國之概念間之一中間的概念。而新亞書院講學的精神，亦正是一方要照顧中國的國情，一方要照顧世界學術文化的潮流。新亞書院的同人，正是要在中國的國情與世界學術文化的潮流之中間，嘗試建立一教育文化的理想而加以實踐。
新亞首屆學生唐端正回憶：
那時的新亞算是難民其中一個棲身之所，不少同學都住在調景嶺，下課後趕不及乘車回家，就在炮台街的宿舍一起擠，身為老師的錢穆、唐君毅，有時亦會留宿。睡在碌架床的唐君毅，不時會在夢中呼「天呀！天呀！」是艱苦中的感歎。艱苦，既是經濟上的緊絀 - 唐君毅等不斷在其他院校兼課，向報紙雜誌投稿，以收取微薄稿費，支持新亞的開銷；也是中國文化的凋零 - 大陸政權易手，傳統文化備受打壓，儒家學說難以再在大陸傳授。興辦新亞，就是希望能保留中國文化種子。
余英時則說：
有一年的暑假，香港奇熱，他 (指錢穆) 又犯了嚴重的胃潰瘍，一個人孤零零地躺在一間空教室的地上養病。我去看他，心裏真感到為他難受。我問他：有什麼事要我幫你做嗎？他說：他想讀王陽明的文集。我便去商務印書館給他買了一部來。我回來的時候，他仍然是一個人躺在教室的地上，似乎新亞書院全是空的。
由這些文字，大概可以想見新亞書院是怎樣一間學校，重視生命的學問、人格修養的培育、中國歷史文化的傳承，老師不只是知識傳授，更是學生行為的表率，凡此種種，皆和當時香港的大專院校有根本的分別。
