聯合國教科文組織於2018年6月30日，將日本禁教期的「長崎與天草地方“潛伏基督教”相關遺產」登錄為世界文化遺產，其中包括位於日本長崎縣和熊本縣境內12件相關史跡及文化資產。這裡是日本史上最大規模的人民起義─《島原之亂》的舞台，並隱藏了日本國土上最壯烈的宗教悲歌。
潛伏基督教指的是幕府頒發禁教令後，表面上假意棄教，但仍秘密信仰天主教的教徒。戰國時代，西班牙傳教士從鹿兒島登陸日本，在九州、中國、近畿等地傳教，天主教傳入日本之初曾蓬勃發展，許多大名(大地域領主)都皈依天主教，並支持天主教在領土內傳播，當時對於天主教徒的稱呼是從葡萄牙文音譯「吉利支丹」。天主教的蓬勃發展，對統領政權的武家來說是個大威脅，豐臣政權和德川幕府都曾下令禁止，導致多起殉道事件。1612年，德川幕府頒布嚴苛的禁教令，雙方的對立與衝突不斷升溫，直到島原之亂達到最高點。
島原之亂的背景是島原(長崎)和天草(熊本)的基督徒起義，當地很多人信仰天主教，這是因為戰國時期的藩主有馬晴信是知名的「吉利支丹」大名，他皈依天主教後熱心推動教務，1587年豐臣秀吉發布禁教時，他不但拒絕放棄信仰且繼續庇護的轄下的信徒們。但有馬在1612年涉及行賄，由於收賄者也是教徒，引起德川家康震怒，除了處死晴明，並藉此頒布更嚴厲的禁教令，其子直純雖藉由棄教得以繼承藩主之位，但爾後被調往他處，此時島原居民迎來了新藩主松倉重政，這將他們推往水深火熱之中。
雖然一般認為島原之亂是因幕府強迫教徒棄教，但其實也跟當地民眾長期遭受過重的賦稅和勞役有關。新藩主松倉重政是個好大喜功的人，當時因江戶城改建需要各方藩主的資金支援，他為了邀功，承攬了遠超過藩內能夠負擔的費用，只好調高居民們的稅賦，若有不從則施以毒打與虐待。其子松倉勝家更是暴虐，其中最殘酷不仁的刑罰是「蓑踊り」，就是將人綁在蓑衣上然後點火，受刑人因火燒痛苦而亂動奔跑，遠遠看起來就像蓑衣在跳舞。松倉勝家後來被將軍處以斬首之刑，戰國時代，武士犯刑通常會命其自行切腹，以保全其尊嚴，而松倉勝家是江戶時代唯一被斬首的大名，可知其暴虐讓官家也無法忍受包庇。
島原之亂的導火線是一名農民交不起稅租，妻子被松倉勝家的家臣田中宗夫抓走，數百名憤怒的村民燒毀田中的家宅。爾後藩內官員藉口村民供奉天主神像，破門而入後卻被村民殺死，隨後村民群起響應，誅殺藩吏、毀壞寺廟，情勢迅速向外擴散，才數日就演變成大規模的人民起義。
一開始反抗軍的攻勢讓官兵招架不住，人在江戶城的松倉勝家緊急回藩坐鎮並討救兵。獲悉幕府援軍即將到來的反抗軍，決議要大家先回家收拾糧食財物，再到島原城集合，準備長期抗戰，根據估算，當時聚集在島原城的反抗軍人數達3萬7千名。
一開始反抗軍曾頑強抵抗，幕府軍幾次攻城失敗後改採圍城策略，斷絕城內與外界的溝通管道或糧食補給，待存糧耗盡再一舉進攻，進城後，城內的反抗軍不分男女老少全部被殲滅。唯一生還的人是山田右衛門，他因為擔任幕府軍的內應而被留下活口，成了後人了解島原城內狀況的唯一線索。
歷史上，亂世之中總會擁有不可思議力量的人物出現，以壓倒性的魅力與領導力帶領群眾。島原之亂中也有一位這樣的人物，他被稱為「天草四郎」。
天草四郎原名益田四郎時貞，父親益田好次是吉利支丹大名小西行長的家臣，很早就受洗為天主教徒，並常前往長崎學習天主教思想。他在島原之亂中被推舉為反抗軍領袖，但當時他才16歲，人們為何會服從他的領導呢？原因是他曾展現多個「神蹟」。
據說他能行走於海面、撫摸失明少女的雙眼就能使其恢復視力、施咒讓停在樹上的麻雀一動也不動、並可以讓小鳥停在他手上產卵，生出來的蛋裡出現天主教經文。加上1612年因禁教令而被驅逐的傳教士曾預言說：「二十五年後，當局勢陷入困境時，天國將派遣青年人來拯救人民。」種種神蹟讓天草四郎成為救世主。
對於四郎的長相，其實並沒有人知道，後世對他的印象來自雙方交戰時目擊者的描述，不過也僅限於衣著打扮，對於長相並未多作著墨，僅知是位16歲的美少年。也因此，幕府軍進城時寧可錯殺一萬，不可錯放一人，無論老弱婦孺一律坑殺。島原城被破後，幕府軍拿著一顆一顆的頭顱讓四郎的母親辨認，原本鎮靜的母親在看到某一顆頭顱時崩潰痛哭，眾人即認為此為四郎，並將頭顱送到長崎示人，以儆效尤。因為無法確定長相，故還有四郎實際上是藉由地下通道再轉水路，搭船逃往菲律賓的說法。菲律賓當地有條「日本街」，據說是被德川家康流放的吉利支丹大名所打造的，兩相印證讓此一說法更為世人所信。
針對幕府軍進城後一個活口也不留的舉動，另有一說是天草四郎其實是豐臣家的後裔。傳說大阪夏之陣戰敗後自殺的豐臣秀賴，其實是在家臣護送下逃到鹿兒島，而四郎就是秀賴的兒子，四郎軍旗上所使用的「葫蘆」也是豐臣家的標示，故德川幕府才會趕盡殺絕，斷其血脈。
熊本縣天草市的天草郎博物館，就以影像等淺顯易懂的方式來闡述島原之亂的背景與經過，以及受到南蠻文化影響的社會發展。可以感受到當時民眾在四郎帶領下的激昂與亢奮氛圍。
聯合國教科文組織中所登錄的長崎與天草地方潛伏基督教相關遺產共12處，包括原城遺跡，以及實踐信仰的平戶聖地與村落等的12項文化資產區塊，無論是景觀基督教相關建物都是重要文化財。而位於南島原市北有馬町的有馬のセミナリヨ跡推定地，是1580年有馬晴信在耶穌會人員協助下，建立的日本第一所歐式中等教育機構。開校當時約有22名12~18歲學生，在此學習拉丁語、葡萄牙語及日語及音樂、美術、地理和體育等，這是當時日本人所無法想像的文藝復興時期學問。學生人數最多時達130人。
