一、吏部(尚書一員；左右侍郎各一員；郎中四員；員外郎四員，主事四員)
1.沿革和任用:
吏部的組織變化不多，於十五世紀上半便已確立其架構，並沿用至明末。
吏部由於掌控全國上下的官員任用與考核，因此其首長吏部尚書亦被視為百官之首，孝宗朝之前其地位尙高於內閣大學士；即便嘉靖朝後吏部幾乎為內閣馬首是瞻，但部分較具抱負或強勢的吏部尚書仍持續與內閣抗衡，期望奪回對於人事權的獨立性。另外，內閣首輔多半會加上吏部尚書之銜，雖然不真正參與吏部的運作(高拱是唯一例外)，亦可見吏部尚書地位之隆。
吏部的四司郎中(正五品)地位隆重，遠超各部，尤其是掌任官和考核的文選和考功之兩清吏司更被視為美差，前途光明。吏部的右侍郎慣例由翰林學士升任，未來多半躋升尚書和大學士，也被視為升官的重要跳板。吏部侍郎似乎對於官員任用的話語權還不如文選司郎中
2.職掌:
明朝的六部皆由一位尚書(正二品)、左右侍郎(正三品)領導，以上稱為堂上官。各部的下轄單位為「司」，稱為「○○清吏司」，皆由各司郎中(正五品)領導，以下為不定員之員外郎(從五品)和主事(正六品)。吏部則由文選、驗封、稽勳和考功四個清吏司組成。
(一).文選清吏司:
最為重要的吏部清吏司，掌握官員升遷、降調和任用，亦包括啟用退休和廢黜官員。明代官員根據性質和職掌不同，銓選方式亦有分別，其中最重要的內閣大學士和吏兵二部尚書，需要另與大九卿(六部尙書、左都御史、大理寺卿和通政使)及科道官(即言官)共同推舉人選，給皇帝上裁。
(二).驗封清吏司:
職掌各爵位的管理、官員本人和家人褒贈，以及蔭官之事。雖然對於明代官員來說光宗耀祖的大事，不過細節過於複雜，對於實際上的政治影響也不是很大，簡單帶過。
(三).稽勳清吏司:
掌勳級和喪養事，明朝文官是有文勳來褒獎考核期滿的官員之制。加上古代對於孝道之重視，吏部稽勳司甚至主張管理官員的奔喪之事，以防有官員隱瞞親喪之事，違背大倫，貪圖官錄。
(四).考功清吏司:
掌考詮，明代考詮雖然如同當代多是虛應故事和裙帶關係充斥，但實際的考詮制度相當複雜，大致分為考察京官的「內計」和地方官的「外計」，前者六年一次，後者三年一次各地方官要至京師朝覲考核。其中每次的京察結果為全國士宦關注，如萬曆二十和三十年代的幾次京察間接造就東林黨的誕生，亦是吏部和內閣持續對抗的著名案例。顧憲成、趙南星和鄒元標這幾位東林領袖皆曾任職於文選或考功清吏司。
有明一代吏部的組織變化不大，但具體各官員的職權，官員的推陞和考核變動甚大，成為諸多的行政慣例，皆有待更深入研究。
二、戶部(同上，全國依省分為十三清吏司)
1.沿革和任用:
戶部組織至晚明變化不大，晚明時由於徵遼餉、練餉等加徵稅額，行政負擔增加，因此增設數員提督餉金之侍郎。另外，亦曾數次增設尚書或侍郎一名總督倉場，專門管理京師和通州等處之糧儲，不管部事，後廢除。
2.職掌:
戶部掌管天下戶籍和田土，負責調動全國資源，包括徭役、兩稅和大運河之漕運。
