一、禮部(員額同吏部，但部分清吏司主事有增置)
1.沿革和任用:
禮部亦分為四清吏司，前期以後組織並無太大變化。
任用上禮部的堂上官(尚書和左右侍郎)幾乎由翰林院出身所壟斷，日後很有可能進入內閣，是許多日後大學士的升遷跳板。至於四清吏司接掌典禮、教育和外交之事，也不能說此類事項不重要，但外交、考試皆會由內閣大學士主持，禮部反而無太多自主權。
禮部在有明一代雖說地位隆重，任職者由於禮儀的專業和學術性，多由飽學之士擔任，但在朝政大事上並無太大影響力。唯一的例外可能是嘉靖時的大禮議期間，因為皇帝和內閣之間的角力，禮部尚書的話語權堪比吏部，雙方皆在爭取禮部的控制權。
2.職掌:
(一)儀制清吏司:
掌管宗室事務、學校和貢舉。可說是禮部中最重要的部分，但明代的府學和縣學從中葉起便已失去教育作用，只是考取功名之跳板；科舉部分，最重要的會試皆會由內閣大學士擔任主考，也是頗受掣肘。
(二)祠祭清吏司:
掌管祭祀之事。
(三)主客清吏司:
管理朝貢和外交接待之事，下轄四夷舘，其中由各類負責翻譯和接待的議字生和通事，專設一主事負責管理。
(四)精膳清吏司:
掌管國宴和朝廷各式宴會之行政管理，實際的宴會食材由光祿寺處理，精膳司僅處理稽核、出納之事。
二、兵部(尚書一員，侍郎四員，郎中四員，員外郎和主事增設員額較多)
1.沿革和任用:
隨著中晚明明朝邊防情勢的日益嚴峻，兵部的重要性逐步提升，隆慶年間大學士高拱提出增設兩侍郎，以作為封疆大吏的備選人才，如有兵事即可出為巡撫總督，無事則在部內協助尚書處理部務。此制隨高拱失勢而於萬曆初年廢除，但經歷萬曆後期幾次大規模戰爭，朝廷仍舊回復四侍郎的編制，並沿用至崇禎朝。
由於兵部運作需要對於邊防有大量的知識和事務經驗方能勝任，歷任尚書和侍郎皆應有在明代九邊擔任巡撫和總督的歷練經歷，軍事專業需求極高。各司郎中和主司官雖無特殊經歷要求，但晚明大量提拔這些有兵部經歷官員擔任巡撫總督等官，正是看重其長年任職兵部的豐富經驗，如方以智的父親方孔炤於崇禎初年任職方司郎中，之後便升任湖廣巡撫，共同應對流寇戰爭。
2.職掌:
(一)武選清吏司:
類似吏部的文選司，掌管全國武官之升遷和任用，與職方司並列兵部最為重要的兩司。由於明代軍官多為世襲，武選司亦處理他們的襲替之事。
(二)職方清吏司:
掌管城防、部隊訓練和調動徵發，是戰爭時的核心單位，責任極其重大。比較特別的是，各地城隍廟亦歸職方司管理，原因在於城隍為各地城牆和城池的守護神，明太祖對城隍極為重視，甚至要求新任地方官員需至城隍廟宣示就職。
(三)車駕清吏司:
與錦衣衛共同負責皇帝出巡時的護衛、威儀和車馬的安排，平時較為清閒。
(四)武庫清吏司:
掌管軍械、兵籍和各地武學，其中的兵籍需與都察院派至各地的清軍御史合作推行。明代一直存在武學和武舉，但象徵大於實際意義，較具戰力的將領仍由邊塞豐富的實戰部隊中提拔。
