在土地改革的同時，普京也將自己的經濟改革之手伸向了俄羅斯最有價值的資產 — — 能源。
在1992年之前，俄羅斯一共有300多家國有石油企業。1991年12月29日，俄羅斯時任總統葉利欽簽署命令，並於1992年6月開始實施全面私有化。
1992.7–1994.6，俄羅斯通過第一階段“證券私有化”的改革，包括能源企業在內的所有官有官營企業都以證劵化形式完成股份制改制。政府向每個公民無償發行一張面值1萬盧布（價值25美元）的“私有化券” — — 該證劵不計名、不掛失、可轉讓、可兌現，可購買住房或企業股票，俄政府共計發放了1.4億張私有化證券。1994.7–1996.12，開始了第二階段的“現金私有化”改革，將“證劵”換“現金”，將這些企業出售給俄羅斯公民和外資。
1997年開始“個案私有化”。對剩下的單一制國有企業和其他企業的國有股，有選擇地出售或重組。
在這一階段過程中，擁有大量現金的銀行，以及可以獲取貸款的精英們，通過企業股份抵押等多種形式，迅速以低廉的價格獲取了大量企業股份。
由於俄羅斯市場化不完善，過於快速的私有化，無法馬上帶來立竿見影的稅收，造成政府財政的大量赤字。為了解決赤字，政府有通過大量而迅疾的抵押股份，快速變現出售資產，造成企業價格極為低廉。石油等能源企業幾乎是以3–11美分/桶的價格就出售了。
“杯酒釋兵權”
原定於2000年6月舉行的俄羅斯總統大選，在葉利欽的安排下，提前到3月26日。這樣反對黨派根本無法做好準備，被執政黨控制的大部分媒體迅速展開了助選。俄羅斯的寡頭們多數都是葉利欽的支持者，在金錢、筆的幫助下，普京獲勝。
獲勝後的普京看到了那些寡頭們的力量，坐穩大位後，它需要幫證將葉利欽的力量拿到自己的手里。
眾寡頭不分等級高低，圍坐在一個巨大的面包圈形狀的桌子旁。然而當總統加入到他們的行列時，一眼就能看出誰說了算。會議開了兩個半小時，普京向他們提出的要求很簡單：不會逆轉私有化進程，但有兩個條件 — — 寡頭必須開始納稅，而且不得幹政。普京說話很小心，避免聽上去像是下最後通牒，但意思很明白。
— — 安格斯·羅克斯伯勒，強權與鐵腕：普京傳（The Strongman: Vladimir Putin and the Struggle for Russia.）
2000年7月28日，在普京普京同俄羅斯20位商界和金融寡頭會面，發出了明確信號。你們可以賺錢，但不能幹涉政治。
普京發出了一個強烈信號，沒有國有化或沒收資產的計劃。他是這樣對他們說的：‘我們對你們做出了姿態。我們大幅減稅，建立一個有利的投資環境並保護私有財產權。不過諸位，既然我們降低了稅率，你們就應該納稅。其次，如果你們選擇了經商，那就一心一意地經商。
— — 格爾曼·奧斯卡羅維奇·格列夫（German Gref；俄文：Герман Оскарович Греф，1964年2月8日。2000年-2004年，擔任俄羅斯聯邦經濟發展和貿易部部長），“Interview with German Gref,7 December 2010.”
政治是力量在國家權力上的平衡藝術。失去了政治力量也就失去了對自己權益的保護。
在社會的演化變遷中，新的力量崛起後，如果無法獲得有效的參政權力，就無法保證自身的權利，最終就會導致流血暴力的政治沖突。新的力量如果被新的觀念所掌控，那麼流血暴力，在付出巨大的社會代價後，還可以獲得革命的成功，為政治體制帶來制度性的變革。如果沒有新的觀念，那麼暴力就是用人民的鮮血，澆灌出的少數帝王排排坐的王朝輪替。
— — 旭，賭上國運的千年之變（ISBN：978-1-312-74064-8），2023年
折掉了翅膀的寡頭們，最後只能剩下對普京的“無私奉獻”。
壟斷-能源國有化
在前面我們已經講過，葉利欽只除草，不長苗的改革，在缺乏外部資金支持下的倉促改革，使得俄羅斯很難快速培養起市場經濟，這也給上台後的普京留下了巨大的財政難題。
而普京採取的政策，就是在農業上放手，在能源上收緊。通過各種合法、非法手段將能源企業收歸官有官營。
其中典型的就是對尤科斯石油公司（俄語：ОАО Нефтяна́я Компа́ния Ю́КОС）的掠奪。1990年代，俄羅斯政府實行債轉股方案，將尤科斯賣給了俄羅斯寡頭米哈伊爾·鮑里索維奇·霍多爾科夫斯基（俄語：Михаи́л Бори́сович Ходорко́вский，1963年6月26日。逃亡海外的俄羅斯企業家、政論作者、公眾人物）經營的梅納捷普銀行。在1996年至2003年期間，尤科斯是俄羅斯最大的能源企業，出產俄羅斯石油產量中的20%。在2004年的財富世界500強中，尤科斯位列世界第259名，霍多爾科夫斯基也成為了俄羅斯首富。
霍多爾科夫斯基，於1963年6月26日出生於莫斯科一個工程師家庭，父親是猶太人，母親是俄羅斯族東正教教徒。1986年，霍多爾科夫斯基從門捷列夫化工學院化學系畢業。1988年，他又從普列漢諾夫國家經濟學院獲得金融碩士學位。
霍多爾科夫斯基在學校擔任團委書記。在蘇聯戈爾巴喬夫改革時期，國家對共青團給予了多種政策，由此發展出著名的“共青團經濟”。1987年，霍多爾科夫斯基和其他人一起，在伏龍芝區團委的主持下創立了一家青年科技創新跨學科研究中心，從事電腦，牛仔褲、酒精等進口貿易。
1988年，霍多爾科夫斯基和他的合夥人一起註冊了一家合作銀行，名為“商業科技發展創新銀行”（俄語：Коммерческий инновационный банк научно-технического прогресса）。1990年，銀行的名字被改為“梅納捷普”（俄語：МЕНАТЕП）。這是“科學與技術發展銀行聯合會”（俄語：Межбанковское объединение научно-технического прогресса）或“跨領域科技項目”（俄語：Межотраслевые научно-технические программы）的簡稱。同年，梅納捷普成為蘇聯第一批獲得中央銀行頒發的營業執照的商業銀行之一。
在車臣戰爭造成的政府財政吃緊的情況下，葉利欽開始了“債務換股權”計劃。1995年秋天，梅納捷普以3.09億美元的價格獲得了“尤科斯”石油公司78%的股權。1996年秋天，梅納捷普獲得了尤科斯90%的股份。
在獲取俄羅斯第二大石油公司尤科斯股權的招標過程中，多方指責有關當局對尤科斯資產的審計結果偏低，而招標開始之前，出價更高的其他參與者被宣布不具備參與資格。
1997年，亞洲金融風暴爆發。1998年，危機波及到俄羅斯。梅納捷普銀行因無力償還大量外匯債務而被中央銀行吊銷執照。同時危機造成西方投資者開始對在俄投資存有戒心。具備企業家敏銳嗅覺的霍多爾科夫斯基，第一個認識到了西方投資對俄羅斯經濟的重要性，從1998年9月開始，改革公司管理體制，引入西方審計體系，並大量吸收國外有經驗的企業高管進入尤科斯。
改革成效顯著，第二年，隨著國際油價的飆升，在技術和管理層面占據領先位置的尤科斯迅速增值。到2001年，尤科斯成為俄羅斯繳稅最多的公司。
普京上台後，霍多爾科夫斯基開始和西伯利亞石油公司討論合並案，一旦合並完成，霍多爾科夫斯基將對俄羅斯能源具有舉足輕重的作用。
另外，霍多爾科夫斯基和普京在對外修建運油管線的方案上也存在重大分歧。霍多爾科夫斯基堅持修建直通中國大慶的“安大線”，而普京出於俄羅斯傳統上對中國的不信任，計劃將管道修到日本海附近的納霍德卡，再通過油輪把石油送到日本和韓國。
在克里姆林宮和尤科斯雙方談判破裂以後，霍多爾科夫斯基單方面啓動了與中國方面的談判，在中國的大力支持下，進展迅速。如果普京再不出手，那麼“安大線”將成為現實。
另外，霍多爾科夫斯基本人也有政治企圖。在俄羅斯聯邦政府經常拖欠公民養老金與基本生活保障時，尤科斯公司承擔了政府所讓出的維持社會福利與行政秩序的角色，他提供福利體制等，並支持普京的反對派，讓社會上出現了霍多爾科夫斯基有競爭大位的傳言。
2003年2月19日，在全國直播的俄羅斯工業和企業家聯合會議（RSPP）上，霍多爾科夫斯基在會上作為代表發言，他面對普京指出普京的親信伊戈爾·謝欽在北方石油的收購案上貪污舞弊，普京對此反唇相譏。引爆兩人之間的矛盾，這可能是促使普京最終下手的導火索。
伊戈爾·伊萬諾維奇·謝欽（Игорь Иванович Сечин，1960年9月7日），是普京的絕對親信，長期負責能源方面的工作。2008年5月8日 -2012年5月21日，擔任俄羅斯第一副總理。2012年5月23日，出任俄羅斯石油公司總裁。 2012年6月18日，出任俄羅斯總統能源燃料戰略發展和生態安全委員會執行秘書。2022年3月10日，英國政府對其制裁。
伊戈爾·伊萬諾維奇·謝欽是俄國著名的反華派，他強硬主張限制中國的軍力發展。在他擔任黨和政府公職期間，一直拒絕向中國出售任何先進武器。他提出，像中國這樣的國家只能購買俄國淘汰超過三十年以上的武器。
尤科斯案
在“二月沖突”後，俄羅斯政府啓動了多項針對尤科斯公司及其僱員的犯罪調查與稅務審計。
2003年5月，尤科斯石油公司安全部門負責人阿列克謝·皮楚金（Alexey Vladimirovich Pichugin；俄語： Алексе́й Влади́мирович Пичу́гин；1962年7月25日生於蘇聯莫斯科州奧列霍沃-祖沃）以謀殺罪名被捕。普京總統的一名前顧問在一個國際法庭上作證時說，該運動包括在2003年2月成立 “一個特別小組，負責捏造證據”，並 “在’合法’法庭程序的幌子下，向政府發起[針對尤科斯]的攻擊” — — Hulley Enterprises Ltd. (Cyprus) v. The Russian Federation (18 July 2014) (awarding US $50 billion in damages against Russian government)
7月2日，尤科斯股東普拉東·列別傑夫（Platon Leonidovich Lebedev；俄語：Плато́н Леони́дович Ле́бедев；生於1956年11月29日）被檢方從醫院病房中帶走，理由是認為他與1994年國有化肥公司Apatit的非法占有股份案件有關。
10月25日淩晨，霍多爾科夫斯基在新西伯利亞機場被捕，隨即被以欺詐和逃稅罪名起訴，轉至莫斯科水兵寂靜看守所進入拘留程序，尤科斯案正式爆發。
尤科斯案包括了如下罪名：盜竊他人財產、故意破壞造成他人財產損失、欺詐、逃稅、偽造身份、大規糢有組織挪用他人財產。俄羅斯審計部門的出的巨額逃稅數額已經超過了公司總收入。
2005年5月，法庭裁定霍多爾科夫斯基與列別傑夫欺詐、貪污、逃稅等罪名成立，處九年監禁，9月22日的複核中刑期被減至八年。
尤科斯公司2006年宣布破產，其主要資產在程序可疑的情況下被轉讓給國有俄羅斯石油公司（ROSNEFT；俄語：Росне́фть，羅馬化：Rosnéft’），作為俄羅斯一家綜合能源公司，伊戈爾·謝欽長期擔任該公司總裁至今。
2007年2月，當霍多爾科夫斯基因服刑期過半剛剛獲得了申請假釋條件時，俄檢方特別適時地再次啓動針對霍多爾科夫斯基的犯罪調查。2009年3月，第二次起訴開始，檢方稱霍多爾科夫斯基“偷竊了三億五千萬噸石油，這幾乎相當於1999–2003年之間尤科斯的生產總量。
就連俄羅斯媒體也指出，在第一次起訴的基礎上，第二次起訴所使用的罪名是不可能實現的，兩次起訴無法並存，因為你不可能對同一批石油指責盜竊，然後再指責這批石油逃稅。
檢方本身的立場也是自相矛盾的……霍多爾科夫斯基正在因偷稅罪名服刑，如果檢方提出他偷盜了自己公司所生產的所有石油，那麼他第一次被投進監獄是為什麼？因為不存在的徵稅對象？
— — Loiko, Sergei L. Russia seeks 14-year sentence for Khodorkovsky. Los Angeles Times. 23 October 2010 [19 August 2011].
◎ 2011年2月14日，法庭新聞發言人、尤科斯案二審主審法官助理娜塔莉亞·瓦西里耶娃向媒體承認法庭判決書並非出自法庭法官們之手，指出法官們受到巨大的壓力 — — Broken Justice: how Khodorkovsky judge was pressured into verdict
◎ 2011年4月，俄高院駁回尤科斯案的上訴，維持原判。
◎ 2011年12月，由總統德米特里·阿納托利耶維奇·梅德韋傑夫（俄語：Дми́трий Анато́льевич Медве́дев，1965年9月14日 ）組織了新的專家委員會公布其對尤科斯案二審的審核結果，結果稱被告應當立即無罪釋放，但法庭稱該報告沒有法律效力。
◎ 2012年下半年起，俄檢方開始對該專家委員會的所有成員開始犯罪調查。
◎ 2013年5月，專家委員會成員，莫斯科新經濟學院院長謝爾蓋·古里耶夫因被檢方以犯罪起訴威脅，被迫流亡法國。
◎ 2013年12月20日，普京掠奪石油資產，打擊敵人的目標已經實現。在國際社會巨大壓力下，決定停止這場鬧劇 — — 他宣布特赦霍多爾科夫斯基。背後原因也要歸結於德國總理安格拉·默克爾（Angela Merkel）和她的前任傑哈德·施羅德（Gerhard Schröder）的斡旋。
霍多爾科夫斯基在離開監獄後，前往德國柏林，現定居瑞士。
2004年，俄羅斯議會批準新的資源管理方案，剝奪了州一級地方政府對能源資源的控制。2005年秋，官營俄天然氣工業公司收購西伯利亞石油公司。在不到兩年時間，俄羅斯迅速將超過50%的能源生產收歸官營。
“禁錮媒體、建立“垂直權力結構”、在重要部門安插自己的密友、車臣戰爭、對“庫爾斯克號”核潛艇沉沒的麻木反應、馴服寡頭以及打壓霍多爾科夫斯基 — — 對西方那些從一開始就打定主意和普京打交道的人來說不啻一帖清醒劑。向西方領導人伸出手並在國內推行值得歡迎的經濟改革的這個人，同時也露出了他真實的一面，從而證實了他自己說過的一句話：一朝是契卡，永遠是契卡。普京的所作所為使西方一些人，尤其是小布什政府內有些人更加理直氣壯，他們從一開始就主張對普京採取強硬立場。”
— — 安格斯·羅克斯伯勒，強權與鐵腕：普京傳（The Strongman: Vladimir Putin and the Struggle for Russia.）
資源陷阱
2000年至2005年，安德烈·伊拉里奧諾夫（Andrei Illarionov）擔任普京的首席經濟顧問（Chief Economic Advisor to Russia’s President Vladimir Putin），他被視為俄國最有才幹、思想最自由的經濟學者之一。因為公開批評政府接手尤科斯的做法，被迫辭職。現定居於美國。
邁克·J·伊科諾米迪斯，國際知名石油專家，美國休斯敦大學庫倫工程學院教授，石油工程和石油戰略咨詢公司的經營合夥人。他在《石油的優勢:俄羅斯的石油政治之路》（The advantage of oil: the road of oil politics in Russia），把石油工業與俄羅斯國家發展的历史進行了詳細的考證和論述，尤其是對普京能源外交戰略進行了深入的剖析。
橫亙在俄羅斯和西方之間的是一條存在了幾個世紀的文化鴻溝。俄羅斯極權主義的回流反映了人們對企業家聚斂財富行為的厭惡。普京成功的相當一部分原因在於他完全理解並利用了俄羅斯人這種心理。
— — 邁克·J·伊科諾米迪斯，石油的優勢:俄羅斯的石油政治之路
普京通過對土地的私有化和能源的官有官營，從新穩定了經濟，自2000以來的6年中，平均增長率達到6%以上 — — 2000年9%，2001年5%，2002年4.3%，2003年7.3%，2004年7.1%，2005年預計5.5%。
但是很遺憾，普京的做法使得俄羅斯陷入能源型國家無法逃避的“資源陷阱”（也稱“資源詛咒”，Resource curse；又稱“富足的矛盾”，Paradox of plenty）。俄羅斯和委內瑞拉都是這類經濟學現象的典型國家。即國家擁有大量不可再生的天然資源，卻反而形成工業化低下、產業難以轉型、過度依賴單一經濟結構的窘境。此類國家常有以下特徵：
◎ 天然資源豐富
◎ 經濟自由度低
◎ 政府貪腐、寡頭政治
其結果就是，為爭奪開採權導致權力尋租、政治腐敗，資源開發過度。資源開採以外的行業發展程度低
普京掌權以來，由於國際油價大漲，賺取了大量外匯，但是卻將資金大量投入於對經濟發展助益甚微的軍備上。
石油出口收入在2000年至2004年期間，平均每年達到335億美元。在2005年至2008年之間，增加至2236億美元。在2011年至2013年之間，增加至3940億美元。
在2014年12月，俄羅斯吞並克里米亞後，俄羅斯被經濟制裁後，曡加國際油價暴跌，使得俄國經濟遭受重創，盧布幣值由2014年約USD$1兌換RUB$30，貶至2022年約USD$1兌換RUB$60，貶值約一倍。
在一個世紀之後，俄羅斯仍沒有採取創新的思路來實現經濟增長，除非是在完全出現赤字的情況下，而且一旦危機時期結束，俄羅斯便會迅速放棄這些思路。也許，在下一個100年之後，俄羅斯將會發現，自己仍然處在這個永無止盡的循環之中。
— — 弗拉迪斯拉夫·伊諾西姆茲夫
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