禪宗修行的方法、是利用方便般若 (也就是六根)，「以方便般若、返觀觀照般若、滅除無始無明、證悟實相般若」。
禪宗修行的目的、是證悟實相般若 (也就是佛心、佛性)；因此，證悟佛心、佛性，又稱為「明心見性」。
禪宗修行的階段，從尺標來看，尺標有：四、三、二、一、假〇，等刻度。刻度，代表由身、心的不同階段觀察自身時、所呈現出來的境界，也就是相。
「四」代表六根的相，「三」代表前六識的相，「二」代表第七末那識的相，「一」代表第八阿賴耶識的相，「假〇」代表第九菴摩羅識的相。
由心、到身的發展，好比由種子、發萌幼芽、逐漸茁壯、終而長大成為樹木的過程：第九菴摩羅識生第八阿賴耶識，第八阿賴耶識生第七末那識，第七末那識生前六識，前六識生六根。
為了探尋生命的根源與奧義、突破生死的羈束，修行者運用六根、往內回溯：他利用方便般若 (也就是六根)、向內觀察，經過前六識，撥開惑識活動之阻礙、使相應的「三」停止，再經過第七末那識，撥開惑識活動之阻礙、使相應的「二」停止，再經過第八阿賴耶識，撥開惑識活動之阻礙、使相應的「一」停止；要知道：此等停止，只是暫時的、局部的停止，而不是永久的、全體的停止，若未能突破第九菴摩羅識的羅籠，久而久之，諸識的作用、還會重新活動起來，而相應於諸識的相、也會隨之生起。
唯當方便般若向內觀察的進程、經過第九菴摩羅識，突破惑識活動阻礙的最後關卡、使第九菴摩羅識、和它的相「假〇」滅除，此時的滅除，方是永遠的滅除。這就好比是：第八阿賴耶識的邊緣、裂了一條縫、破了一個口，而方便般若 (也就是六根) 的魚，得以從這個裂縫、或破口之處、游進無涯無垠的實相般若大海；第八阿賴耶識的邊緣既然裂了一條縫、破了一個口，也就永遠也無法將魚框限在惑識尺矩的作用範圍之內，所以第九菴摩羅識是永遠的滅除。
但必須注意：當方便般若突破惑識活動阻礙的最後關卡時，被滅除的，僅限於第九菴摩羅識、和它的相「假〇」而已，其餘的諸識、和諸相，都不會消滅；為什麼呢？這是因為，當修行者運用六根往內回溯觀察時，只是借道、經過諸識，撥開那些會阻礙方便般若向前邁進的惑識活動之部分而已，而非透過止念的方法，將諸識的作用、全數停止滅除，這就好比是爬山時，只是借道、經過山路，撥開那些會妨礙人向上攀爬的蔓草樹藤而已，而不是要將山上的花草樹木、全數砍除。
六根將第九菴摩羅識、和它的相「假〇」殄滅以後，即進入遍滿宇宙虛空的佛心；佛心、再以它的光芒之照澍，使六根、前六識、第七末那識，都轉變為方便般若，又使第八阿賴耶識、轉變為觀照般若。
原本，在惑識尺矩的作用範圍之內，六根權宜稱為慧，「假〇」權宜稱為定；此時，有慧則無定，有定則無慧，定慧不等。
但在遍滿宇宙虛空的佛心之領域，佛心以它的光芒之照澍，使六根轉變為方便般若、是慧，至於，遍滿宇宙虛空的佛心之本身、則是實相般若、是「〇」、是定；此時，定即是慧，慧即是定，定慧等。
定、是實相般若，也就是遍滿宇宙虛空的佛心，慧、是觀照般若、和方便般若，前者、乃是第八阿賴耶識，後者、乃是第七末那識以下、包括六根。三即一，一即三。
所以，《神會顯宗記》說：
「般若、是涅槃之因；涅槃、是般若之果。
般若無見，能見涅槃；涅槃無生，能生般若。涅槃、般若，名異、體同。
涅槃能生般若，即名『真佛法身』；般若能見涅槃，故號『如來知見』。知、即知心空寂，見、即見性無生。
六根不染，即定慧之功；六識不生，即如如之力。真如性淨，慧鑒無窮，如水分千月、能見聞覺知，見聞覺知、而常空寂。」
尺標有：四、三、二、一、假〇，等刻度，而證悟的境界、可以表示為：〇。若將尺標的刻度、和證悟的境界並排在一起，就呈現了：四、三、二、一、假〇、〇，這樣一個、好像是依序排列、漸上縮減的階梯關係。
但要明白：這只是為了表示的方便、才將它們並排在一起，而不是真的有這樣的階梯關係；事實上，遍滿宇宙虛空的實相般若「〇」、不但不會被侷限在惑識尺矩的作用範圍之內，反而是把惑識尺矩、吸納在它無邊無際且廣大寬闊的空間領域之中，這就好比是：由無涯無垠的大海、返觀在海面上載浮載沉的漚沫一般。
在《楞伽經》中，流注有三種識，所謂：分別事識、現識、諸真識；配當三種相，所謂：轉相、業相、自真相。
《楞伽經》並沒有在第八阿賴耶識之外、另立第九菴摩羅識，而是把第九菴摩羅識稱為「甚深第八阿賴耶識行相微細的究竟邊際」，又把它相應的相、稱為「業相」。第九菴摩羅識、從無始以來、就以它自身虛妄的習氣種子 — 亦即，無始無明住地 — 之不思議熏習、及不思議變易，構成了第八阿賴耶識，又名現識、藏識，的原因。
現在，如果把第九菴摩羅識、從前述第八阿賴耶識的「究竟邊際」中另立出來，那麼，流注就應該有四種識，所謂：分別事識、現識、白淨識、諸真識；配當四種相，所謂：轉相、藏相、業相、自真相。
菴摩羅、乃白淨的意思，所以上文將第九菴摩羅識、稱為白淨識；再者，不論現識、藏識，都是阿賴耶識的異名，所以上文將第八阿賴耶識、視為藏識，而將其相應的相、稱為藏相。
諸真識、並不是第九菴摩羅識，因為，所謂的「真」，應該是諸識 (也就是八個識) 本身的「轉妄成真」，而不是把八個識以外的第九識、叫做「真」，再把除此以外的前八個識、都叫做「妄」。
轉相、藏相、業相、自真相，用前述的尺標刻度、和證悟境界來表示，即為：二、一、假〇、〇。
我們已經知道：援用般若、向內觀照時，被滅除的，僅限於第九菴摩羅識、和它的業相「假〇」而已，其餘的諸識、和諸相，都不會消滅。
因此，修行人若能將包裹、蓋覆在彼轉識成智而成的諸真識之上，種種虛妄習氣種子的不思議熏習、及不思議變易滅盡，那麼，就可以透過實相般若光明的照澍，使一切諸根、塵、識的虛妄、同時被消除，從而，還原一切、成為絕對無漏之真實，這就叫做「甚深第八阿賴耶識行相微細究竟邊際之業相」— 亦即，第九菴摩羅識、和它的相「假〇」— 滅。
此滅，並不是依序排列、漸上縮減的階梯修證，而是動態深入的返觀過程。因此，「以方便般若、返觀觀照般若、滅除無始無明、證悟實相般若」，這動態格式，若援用《楞伽經》的用語，可以表示為：
以現識、主導由分別事識所生出的六根、向白淨識之業相進攻，殄滅業相，證悟自真相，而自真相、再以它的光明之照澍，轉變諸識、為諸真識。
