益生菌菌數越多並不代表越有小，大多時候多餘的好菌會透過身體排出，但在極小機率下仍有拉肚子的風險。
另一方面，如果買了益生菌吃了沒有效果，非常有可能是吃的比廠商建議的量還要少，或是產品本身菌數不足，導致劑量不足所以效果看不到。
無論是過多還是過少的菌數，都可能影響其功效。只有在適當的攝取量下，才能充分發揮其應有的效果。
益生菌菌數要多少比較合理
不同的益生菌有其特定的使用方法和劑量，一般而言，益生菌可以分為兩種常見的功能和使用方法，分別為腸道菌和抗過敏菌。
隨著作用機制不同，使用的方法和劑量也有所不同。
腸道菌建議菌數
腸道益生菌以腸道健康為主，常用於消化不良、消脹氣、拉肚子、便祕...等等。
因為要培養好菌菌叢，在一天內「少量多餐」的方式攝取為最佳的方式，能比較有效的吸收。
以一些有人體臨床實驗的文獻表示，一天劑量為10~20億就可以輕鬆達到治療的效果。吃法為一天2~4次。
抗過敏益生菌建議菌數
抗過敏菌多以免疫刺激與調節為主，常用於頻繁感冒、過敏、皮膚炎、容易感染...等類似族群。
為產生免疫刺激作用，以一次高度劑量為最佳方式，吃法為一天1次。臨床慈驗表示每日攝取量為單次100億以上抗過敏菌數，即可達到減緩過敏與發炎的效果。
如果菌數過多對身體會有負面影響嗎?
依文獻顯示，食用過量的益生菌大部分都是十分安全的。但極小機率會發生以下狀況（僅供參考）
菌數過多可能風險一、拉肚子/肚子痛
吃太多有可能會因為攝入太多益生菌而造成腸道蠕動太快而肚子痛或拉肚子。改善方式為停止使用或者是降低劑量即可避免這些問題。
菌數過多可能風險二、腦霧
腦霧是指大腦的運作出現問題，包括記憶力、專注力和理解力大幅下降，同時可能伴隨頭暈、頭痛等症狀。如果您長期食用大量的益生菌或某種產品，身體出現類似狀況，就需要特別留意。
應當檢查產品成分中的菌種是否會產生D乳酸。如果腸道機能不完全或消化能力差，D乳酸不易排出體外而留在身體內，可能會因吃益生菌而導致D乳酸中毒，而其中一個症狀就是腦霧。這是需要特別留意的地方。千萬不要因為吃益生菌而造成乳酸中毒了！
