小野妹子出身近江國豪族春日氏支系小野氏，傳說春日氏系出孝昭天皇，為孝安天皇的同母兄天足彥國押人命，因此小野氏向來被視為皇別氏族(神武天皇以後，大王家各支系氏族)，不過雖說如此，這也只能說明春日氏是早期大和朝廷立國以來的核心氏族之一，未必真的反應他們與大王家有確切的親緣關係。而小野妹子一族現傳的譜系大多宣稱他為敏達天皇之子春日皇子的後人，此說顯然是出於附偽，意圖強化小野氏系出高門的印象而已。但不管如何，小野氏在倭國位列臣姓(姓是古代日本階級的劃分，代表氏族的社會地位，以及與大和政權的關係。在劃分八色之姓前，主要的姓有臣、連、伴造、國造、縣主。臣姓者，都是出身自大和地區的地方豪族，是大和朝廷這個氏族共同體的主要成員)，地位本來就不低。
小野妹子一生最為活躍的，就是他的外交活動。他曾兩度出使隋帝國，是日本史上最出名的使節。607年，小野妹子以大禮冠位(冠位相當於現代的職級，小野妹子出使時，倭國採行冠位十二階，由高到低分別為大德、小德、大仁、小仁、大禮、小禮、大信、小信、大義、小義、大智、小智。以後歷經多次改革，日本便仿照唐制改為官品制)奉命出使隋帝國。由於聖德太子委交小野妹子呈遞的國書中有「日出處天子致書日沒處天子無恙」的用字，這種具有平等國交意圖的稱謂，隱含著挑戰隋帝國天朝地位的意圖，因此惹惱了隋煬帝，因而導致小野妹子此次出使無功而返。
雖然隋煬帝擺出排斥與倭國進行國交的態度，宣稱「蠻夷書有無禮者，勿復以聞」，但他還是在608年派出裴世清為使，隨小野妹子前去倭國，以刺探虛實。裴世清於是便與小野妹子取海路，經百濟前往倭國，抵達筑紫，大和朝廷馬上就遣官迎，將他們接往難波津，接受大和朝廷的招待，並在停留一個半月後，才前往飛鳥與倭國高層會面。
在裴世清使倭的同時，小野妹子向大和朝廷匯報出使經過，但為了掩飾出使的失敗，小野妹子詐稱在返國途經三韓時意外丟失隋帝國的答覆國書(一派學者認為小野妹子真的丟失國書，不過因為達覆國書一事僅見於日方史料，因此現在不少學者都認為是小野妹子為保全倭國顏面，因此謊稱國書丟失)，因此被處流刑。不過，或許大和朝廷很快地就發現真相，同時鑑於小野妹子是少數有使隋經歷的官員，因而在裴世清返國後不久，便將小野妹子從流放地召回，將其冠位提升為大德，並於609年再次派其率領高向玄理、南淵請安、旻等出使隋帝國，雖然日方史料宣稱此次小野妹子所攜國書內文改以「西皇帝」稱隋帝，以「東天皇」稱倭國大王，不過這顯然是後世日本史料的文飾，畢竟當時的倭王尚無天皇稱號。然而不論如何，第二次使隋的小野妹子所呈國書，隋帝國方面還是將之認定為「遠修朝貢」，倭國
所期望的對等國交顯然不被重視。
經過兩次使隋之後，小野妹子的動向便在史籍中消失，僅知他有二子：小野毛人與小野廣人。傳說小野妹子墓在今日大阪府南河內郡的科長神社南側，不過到底可靠性有多高，真的就難以斷言了；另一有說是宣稱位於其故鄉滋賀縣大津市的唐臼山古墳，不過此說一樣難以斷言，反正兩地為了觀光需要，都自稱這邊就是小野妹子墳墓所在，這也算是各自解讀了吧！
後記：小野妹子雖名為妹子，但他不但不是個妹子，而且還是個鬍子大叔，不過由於他的名字有個「子」字，因而導致現在的日本人往往也常弄不清楚他的性別，有些創作更刻意用這點來惡搞。不過「子」字雖然在平安時代以後作為日本女性常用名字，但在飛鳥時代以前，不少男性也使用「子」字為名字，比如蘇我馬子、中臣鎌子等即是，因此若看到「妹子」兩字，就以為他是真的妹子，那可就是誤入歧途了。
