自第三代將軍足利義滿後,室町幕府政權紛擾不斷。各地經常爆發一揆 (暴動),動搖社會秩序。政治暗殺及大名反抗,亦破壞了各地的政治平衡。儘管室町幕府從未放棄穩定全國局面,始終有心無力。
嘉吉元年 (1441 年),三國 (播磨國、備前國、美作國) 守護大名赤松滿祐暗殺第六代將軍足利義教 (足利義教對勢力強大的守護大名實行壓制,赤松滿祐弟弟赤松義雅的領地被收,其他守護大名亦遭到幕府打擊,赤松滿祐於是暗殺足利義教,迎立新將軍足利義勝)。室町幕府派兵討伐,赤松滿祐逃亡,未幾放火自盡。「嘉吉之亂」後,赤松氏的領地轉交山名氏,山名氏勢力逐漸擴大,與細川氏矛盾益深。
細川氏祖先是足利氏祖先足利義康庶長子足利義清。足利義清最初效力源賴政,賴政死後效力源義仲。水島之戰,義清因不熟悉海戰而戰死。義清之孫義季的兩名兄長在三河國細川鄉生活,改細川氏。室町幕府建立,細川氏獲分配阿波、讚岐兩國領地,漸成為有勢力的守護大名,不久成為管領。至於山名氏,屬清和源氏一族,源賴朝即屬清和源氏。山名持豐,即後來的山名宗全,討伐赤松滿祐有功,全盤接收赤松氏根據地,他和細川勝元對立,終於引發「應仁之亂」。
足利義勝上任不到一年便去世,由二弟義政繼任八代將軍。義政厭倦國內動盪及政局混亂,沉溺於茶、作庭、猿樂等生活,實權旁落至細川勝元、山名宗全和妻子日野富子手上。
日野家世代與足利家保持聯姻,日野富子據說生得妖豔細嫩,有「玉美人」之稱。富子十六歲嫁給義政做正室,曾誕下女兒,可惜女兒夭折。富子之後誕下雙胞胎,卻是女嬰,義政沒有繼承人,遂請出家的弟弟還俗,作為自己的繼承者,改名足利義視,時為 1464 年 (寬正五年)。
怎料翌年,富子竟誕下一子,即足利義尚。義政與富子希望讓兒子繼承將軍之位,拉攏山名宗全作為後盾。足利義視非常不滿,聯結管領細川勝元以反抗。「應仁之亂」卒之爆發,以山名為首的陣營控制關西,以細川為首的控制關東。東西兩軍對戰的結果是,沒有任何一方取得絕對的勝利。
隨著細川勝元、山名持豐相繼病死,雙方達成和解。足利義政把將軍之位讓給兒子義尚,義尚年幼,由富子協助掌政。義視與兄長夫婦和解,其子繼義尚任第十代將軍。
「應仁之亂」後,日本掀起「下剋上」的風潮。所謂「下剋上」,是指低位階的人通過政治或軍事的手段,取代原本的統治者。幕府將軍的權威不斷受到各地崛起的諸侯大名削弱,室町幕府威信大不如前。與此同時,各地的守護大名也受到土豪、平民挑戰,不斷出現一揆。戰國時代正是在「下剋上」的風氣下展開,「應仁之亂」一般被視為戰國時代的開端。