「……行動和人的誕生條件關係最緊密；世界之所以會感覺到內在於誕生裡的新的開始，那是因為新生兒擁有重新開創某種某些事物的能力，也就是行動。就這個主動性的意義而言，所有人類活動裡都有個行動的元素，因而也有新生的元素。再者，由於行動是最典型的政治活動，因此，有別於形上學思想，政治思想的中心範疇是新生而不是死亡。」
我想用漢娜鄂蘭《人的條件》裡的這一段談論行動與人關係的句子為這篇文章起個頭，在這部今敏的傑作裡，今敏便展現了行動與人，還有新生。他收斂了先前的花俏手法，改採每分鐘就有一個笑點的幽默，踏實的說了一個基督元素濃厚的故事，關於三個流浪漢帶著撿到的神祕嬰兒尋找她的父母的故事，這當然是本片開頭出現的三賢故事的一種逆反，在本片裡發生的，不是三賢千里迢迢去馬槽拜訪新生的人子耶穌，而是反過來三個不是「博士」的流浪漢，帶著人子耶穌去尋找他的父母，故《東京教父》也隱含了「尋根」的故事，於人，根源是上帝，於片中的三個人，根源是他們的家。
在開場那一場戲可以看到的是，跨性別者小花對開頭戲臺上三賢尋子故事心動不已，而失去妻女的阿銀則是愛理不理，至於在家中等待兩人回來的逃家少女美由紀則是由上而下對下面的人吐口水，故光從這裡就埋下了決定誰發現棄嬰，誰又帶著棄嬰在最後遇見神蹟的線索，那必然是如棄嬰一樣的孤兒小花，她渴望家庭，渴望歸屬，所以她才能第一個聽見棄嬰的哭聲，聽見棄嬰的召喚，也是她搶先為其命名為「小清」。
「如果連孩子都捨棄，那不是連愛都一起捨棄掉了嗎？」
小清正好是流浪漢阿銀的女兒名稱（同時也是片中出現的黑道老大的女兒名字，巧合的是黑道老大對女婿不滿意，阿銀安慰他說只要女兒幸福就好，到了後面阿銀巧遇女兒時，女兒也告訴他自己即將要嫁給一個年齡跟他相同的男人，這時阿銀前頭用來安慰黑道老大的話恰恰可以拿來安慰自己了），他謊稱女兒已死，但其實她與媽媽都還活著，只是阿銀沒有臉回家。
電影裡頭出現著層出不窮的巧合，由情節到人物，由大處到小處，有的甚至到了不可思議的程度，光是一開始撿到小清後抱著小清的小花就直接避開落下的積雪巧合就開始了，此後三人也時常因為小清而逃過厄運，又在人物設計上出現兩個幾乎像是阿銀年輕時期與老年時期的人物，他們都沉迷於賭博，一個害的妻子只能去做酒店，另一個死在小屋子裡滿手彩票，而阿銀自己也注意到了這件事，這是以前的他絕對不會注意到的事情，因為以前的他生活毫無目標，只是飄泊在時空變遷中一天算一天。在更細節的部分，比如發現棄嬰前報紙上就有的失竊新聞，終身思考上帝的杜斯妥也夫斯基的著作也在片中出場，而１２２５這個代表聖誕節日期的數字也在片中深埋，今敏自覺是個做動畫的人，而動畫是無中生有的，因此他絕不放過可以充盈資訊的每一秒機會，卻又不會讓充盈的資訊造成觀眾觀看的門檻。
今敏厲害的地方在於，這些東西並非只是趣味性質的，也並非只是炫耀他的心思之細膩，而是服務於全片主題的設計，西曆起於耶穌誕生，耶穌誕生本身是一個奇蹟，於是代表耶穌的小清的存在改變了片中人們原本陷於泥濘的人生，轉動了他們的時間，今敏對於幻覺或做夢的展現在本片也非常收斂，可以說他將一切力量保留在最後那場拯救抱著小清的小花的強風上，今敏在這全劇高潮的一刻後，立即展現了耀眼的朝陽，那冉冉升起的朝陽，是對此一突如其來的怪風的一種「奇蹟」的追認，而這最具戲劇性的巧合片段，毫無配樂也毫無音效，在沉默之中，所有人都屏氣凝神的看著這一幕。
特別注意的是，今敏給片中的人物安排了介於卡通風格還有寫實風格的表情變化，這是其對「人臉」處理的特別用心之處所在，醉醺醺而歪著臉的阿銀，氣呼呼而扭著臉的小花，還有喜歡大口吸鼻子的美由紀，他們都具有一張屬於「人」的靈活的臉，那不是一張永恆的如藝術品般無暇的臉，也不是一張獵奇怪醜的臉，而是一張會害怕會嫉妒會生氣會害臊的充滿變化的人臉，是活在時間裡的人，是終有一死者，而非一個象徵、一個雕塑、一個畫像等唯美精緻的人臉，今敏還將其先前兩部作品（也就是屬於他而不只是他參與製作的別人的作品）《藍色恐懼》與《千年女優》的海報置入這部作品之中，貼在商店玻璃的海報，放在桌上的雜誌，使得《東京教父》有種更接近觀眾的感覺，而這是呼應其主題的，這是個面向所有人的故事，給我們看的是所有人都會面臨的處境，即如何為自己犯下的罪行贖罪並繼續向前行，比如曾在跨性酒吧氣憤揍人的小花，或是年少賭博敗家的阿銀，抑或因愛貓被父親丟掉而刺傷父親的美由紀，藉由帶小清找父母的旅程，這三人逐漸面對自己曾經犯下的過錯，如同耶穌來世間並不能替人洗清罪過，而只能向人揭示洗清罪過的道路。
片中提及流浪漢時刻意的使用了「homeless」這個字，除了用來代表裡頭主角們的生活狀態外，也可以用來解釋一種他們共有的精神狀態，甚至可以用在片中有家的如泰男與幸子身上，他們是一對雖然有家，卻渴望「重新開始」的夫妻，然而如何開始，又要向哪前進，他們卻毫無頭緒，只能流浪般一天算一天，在痛苦裡放任生命消逝，他們迷失了，如同被逐出伊甸園的亞當與夏娃，昔日的美好與和諧只能留在照片上。
重複的意象在片中不斷出現，比如三人為一組的家庭單位，這是今敏對聖數三的刻意強調（又，作為正式長片作品，本片作品也是今敏的第「三」部作品）而這也是為什麼片中的小清對跨性者小花意義非凡，因為她曾經逼近有個完整的家，但卻因為生理限制而無法擁有一個小孩，所以當小清出現在她面前，她深信這是上帝的禮物，而且是一個遲到的曾可以補足「三」人家庭的禮物。
有意思的是，今敏雖然主要採用基督元素，到了最後卻捨棄了基督教的彼岸思維，藉美由紀之口說出了生命的重要性，並否決了帶著清子試圖自殺的將更好人生寄託在轉世的幸子的想法，如果作為全新開始的開端有辦法實現，也只會是在此岸的行動，而不會是在彼岸又或者是此岸的「重頭再來」，重新開始並不意味著回到最初，因為最初已然消滅，而除了以行動來使得「全新未來」實現外都是妄念。
於是當三人交還小清給她真正的父母時，她的父母要他們三位替自己的孩子命名，成為她的「命名之父」，成為宗教意義上的「教父」這也是本片片名「東京教父」由來。無血緣關係的人們，因為巧合聚集在一起，藉由這場分分合合的試煉而面對自己曾逃避的「家」，他們是天使（如同小花曾對阿銀說他們是小清的僕人，而若小清所代表的是耶穌，那他們代表的既是三賢人也是天使，因為天使正是上帝的僕人，同時天使也是為耶穌命名者，耶穌之名，意味雅威(耶和華)拯救。）
奇蹟在哪？今敏告訴我們，奇蹟起於人的行動，這個行動不是日常的行動，而是與以往不同的，具開創性的行動，唯有人們擁抱具開創性的行動，奇蹟才有可能發生，因為當人們如此做時，世界也將展現不同的面貌於人面前，而片中第一個行動並非是作為三賢者的三個流浪漢抱著小孩去找父母，而是從苦命酒家女幸子口中以無畫面的方式說出的，她在失去小孩後失魂落魄的在醫院徘徊時，看到醫院育兒房裡對自己微笑的小清，覺得她就是自己的孩子的轉世，便偷走了她而導致整個事件的開始，而她最終也因為美由紀的話語而想通了一切。
這是發生在銀幕之外的第一個事件，一個母親的墮落與救贖（這對應了在亞當夏娃吃禁果事件中，亞當的無作為與夏娃的被誘惑，而被偷走的孩子則如同被偷吃的果實。），沒有她的墮落（在本片裡，這個墮落是為了死去的孩子搶奪他人的孩子，甚至差點害死她），也就沒有隨後一連串三位主角的成長故事，如同人類的歷史是從亞當與夏娃被逐出伊甸園後才開始，而隨之而來的一切苦難與不公都是懲罰的過程，直到人子降臨，方開啟自救之路。
