學術論文提交期刊後，期刊編輯會先初步篩選，判斷論文的主題、原創性、質量與期刊的範疇是否相符，若有嚴重問題就會被直接拒稿（desk rejection），雖然對研究人員來說是很大的打擊，然而編輯多半會註明原因，回復也很迅速，作者可以根據建議修改並改投其他期刊。
若通過編輯初審就會進入同行評審（peer review）階段，由兩位以上的審稿人從專業角度，客觀判斷研究論文是否適合發表，並給期刊建議。編輯在審閱審稿人報告後做出決定。論文在初審之後就得到“稿件錄用”（manuscript acceptance）或是“小幅修改”（minor revision）的回復是相當少見的，“修改後重新提交”（revise and resubmit）的結果較為常見，也有經同行審稿後遭到拒稿的情況。退回修改時應仔細閱讀審稿人的建議，逐項進行修改，並告訴主編新的版本更動了什麼部分，說明每項審稿評論均已妥善處理。
每家期刊審稿週期不同。加利福尼亞大學（University of California）的計算生物學學生研究了PubMed搜索引擎中所有標明了投稿日期和同意錄用日期的論文，發現在過去30年間，平均等待時間維持在100天上下。但特定期刊的等待時間發生了劇烈的變化。例如過去十年間《Nature》期刊的等待時間從85天增長到了150天；《PLoS ONE》期刊從37天增至125天。但與此同時，自2000年至2015年從同意錄用到發表的周期卻從50天左右降至了25天，這主要得益於出版技術的進步。
審稿速度緩慢有種種因素。學者指出期刊編輯指導不夠清晰、同行評審速度的降低都是拖緩審稿速度的主因，蒂爾堡大學（Tilburg University）的一項統計顯示：科學公共圖書館（PLoS）系列期刊的同行評審速度在過去十年中慢了一倍。另一位加利福尼亞大學生物學家的觀察顯示：這不僅是由於文稿增多，也是因為每篇論文的數據量相較過去相比增大了許多。
同行評審是相當耗時耗力的工作，快速的審閱多靠審稿人的善意。學術界也擔心願意免費付出時間、精力的審稿人日益減少。出版社為了促使審稿人加快審稿已作出種種努力，像是提供審稿人小額的金錢獎勵（例如美金100元）或者公佈審稿所耗費的時間，以實質獎勵、公共名譽激勵審稿人加快審稿。倫敦出版社Veruscript就在2016年決定要給予審稿人小額現金以認可他們的付出。行為經濟學期刊則開始嘗試公開排序審稿人的速度，以激勵大家更快地完成審閱，但學術界有人認為這只會更加打消審稿人審稿的意願。
事實上，作者本人也是審稿緩慢的原因之一。在知名期刊刊登意味著對論文質量更高的認可，更能加速自己的科研事業，因此常常會從最富盛名的期刊開始選投，經過好幾輪的拒稿才能找到期刊發表。因此一開始就為自己的研究論文選對期刊是相當重要的。
不少年輕研究員苦惱於長時間的等待，一般來說，若投稿後3個月都沒有結果，則可以寫信給責任編輯以客氣的措詞詢問進度。
