讓聖火照耀大地的傳遞者
神官的初章劇情，揭開整部遊戲世界觀的面貌。開頭講述 13 柱神創造了世界，並創造了居住在世界上的植物、動物，以及人類。掌管魔之力的神祇，想奪取生物生存的這片大地，因此與其他諸神對抗，並讓其他 12 柱神陷入苦戰。掌管神聖力量的神祇，利用從天上帶來的星之火，削弱魔神的力量，並將其封印在死亡之國，讓這場激烈的戰爭劃上句點。
星之火驅散了籠罩大地的陰霾，並作為照耀大地的「聖火」傳承下來。「式年奉火」作為儀式，聖火傳遞者必須帶著種火，去巡迴拜訪各地教會的聖火。作為養女的神官，由衷感謝著大主教 15 年的養育之恩，並為大主教的女兒 ── 同樣也是自己的摯友，能接任聖火傳遞者感到高興。
一天，當神官與協助籌措旅程物資的商會會長閒談時，突然接獲大主教昏厥倒下的通報。在大主教的病情穩定後，故作堅強地大主教的女兒，離開房間，前往能夠瞭望大聖堂的山丘。神官擔憂著摯友的狀況，因此緊跟其後。
在充滿兩人回憶的山丘，摯友終於卸除了偽裝，放聲大哭。目睹了憔悴不堪的父親，讓摯友對式年奉火儀式的旅程產生了迷惘。摯友的模樣，讓神官回想起當年因戰禍而被大主教收養的自己，封閉了自己內心，是摯友的鼓舞，自己才擺脫陰霾。
為了報答一直以來的恩情，神官決定代替摯友，踏上式年奉火的儀式之旅。神官因此前往原初洞窟。一番戰鬥後，獲得守護者的認可，取得儀式用的種火，與作為容器的採火燈。
回到大聖堂的神官，向大主教父女展示手中的採火燈。雖然難掩驚訝之情，大主教卻能感受到神官的覺悟。明白神官的所為，是為了自己父女兩人，大主教於是同意神官進行式年奉火，並告訴神官她同樣是自己引以為傲的女兒。最終在摯友的送別下，神官踏上旅途，前往第一個聖火所在地。
映照內心的聖火
神官抵達聖火所在的城市，順利地執行儀式，讓聖火重新恢復光輝。儀式結束，神官在城市中閒逛，偶然遭遇三名小孩。男孩因為朋友丟失母親的胸針，因此憤怒地責備朋友。喪母之痛，讓男孩封閉內心，認為他人無法了解失去親人的悲傷，並將難過的情緒宣洩在他人身上。「關上心門，可無法發現重要的人對你的溫柔。」作為孤兒的神官有著相似經歷，能理解男孩的悲傷。然而逝者已無法追回，一味緬懷逝世的人，也無法平復心中的傷痛，更無法注意到他人對自己的真心付出。當神官引導男孩前去尋找朋友，男孩發現朋友為了自己找遍所有地方，更為了自己闖入魔獸棲息的危險森林，只為了替自己取回母親的遺物。一切都讓男孩的心境產生變化，發現朋友對自己也同樣重要，心中的傷痛也因此開始癒合。
引導男孩們離開危險的森林後，神官回到城市，並與神父對話。「傳遞者所帶的種火，會映照那名傳遞者的心。」「您的種火則是溫柔又暖和的火焰。」得知神官的一番經歷，神父說了這麼一段話。也正因為神官的溫柔，才能拯救男孩們受傷的心靈，讓他們和好如初。與神父道別，神官再度啟程，前往下一個聖火所在的城市。
願意背負他人苦痛的溫柔
抵達目標城市，神官前往教堂拜訪神父，卻發現神父面有難色。一番波折後，得知神父的女兒遭到匪徒綁架，並威脅神父竊取聖火的種火。面對信仰與親人安危的兩難，神父最終在說出實情後，因為身心俱疲而當場倒下。
決定救出神父女兒的神官，決定前往匪徒指定的海邊洞窟，途中再次與商會會長相遇。「為什麼有人幸福，也有人不幸呢？明明同樣都信仰聖火，為什麼會有那樣的差異 ── 神，真的存在嗎？」商會會長提起人們承受的苦難，並在現今引起某些人對聖火的教導有所爭議。神官卻堅信正因為是這樣的世道，所以才更需要聖火的指引。當有人陷入困惑、無助，不帶私心，引導他人破除迷惘，是神官想做的事。也許會被他人欺騙，然而與其懷疑別人，神官更願意選擇相信。一番發自內心的話語，在商會會長意味深遠的讚賞下，兩人隨即道別。
當神官抵達信中指定的地點，匪徒便打算從自己手中搶奪種火。擊敗匪徒，神官向匪徒詢問搶奪種火的意圖，卻在得到「救世主」需要它的消息後，匪徒便服毒自盡。當神官將神父的女兒帶回教堂，看見女兒平安無事，神父不禁流下眼淚，並再次深刻感受到家人是無可替代的。
「所謂的溫柔，也會讓您背負其他人的痛苦。」神父在協助神官執行儀式後，與神官談起關於種火的傳言 ── 種火會給予傳遞者考驗。然而對於神官而言，倘若背負他人的痛苦，可以讓他們的內心能夠不再悲傷，那麼神官樂於承受，只為人們能夠重綻笑容。
當神官前往旅館寄宿時，本應在家鄉照顧父親的摯友卻出現在眼前。摯友在屋內告訴神官父親已經亡故，並在神官正安撫心慌意亂的自己時，用安眠藥使神官陷入昏迷。神官在意識模糊間，得知摯友為了讓父親死而復生，因此與救世主的手下勾結，搶走自己身上的種火。
在恢復意識之後，神官反覆思索摯友與另一人的對話內容，得知兩人即將前往的目的地。儘管遭到摯友陷害，神官仍舊擔憂著摯友的處境，因此決定依循著線索，踏上旅途，取回被奪走的種火，以及摯友迷失的心。
死者存在之證明
神官在趕到了救世主所在的村子以後，一邊收集情報，一邊四處觀察村子的模樣。一名婦女以兒子病倒作為藉口，誘騙神官進入密室，並將她囚禁在牢獄中。一切緣由起自村子以前的流行病，造成許多人死亡。然而信仰聖火無法得到救贖，村里的人們於是開始尋求聖火指引以外的心靈寄託。救世主看穿村民們內心的脆弱，趁隙介入，迷惑村民，並指使他們協助囚禁神官。
淪為階下囚後，商會會長出現在神官面前，揭下偽裝的身分，告訴神官自己就是一切的元兇 ── 救世主。「我只要得到力量就好。每個人都是這樣，這個村莊的人也是。他們是想讓這個村莊脫離疾病的侵擾，只要幫他們達成這個願望 ── 他們馬上就相信我是救世主了。」商會會長的一切行動，都是為了喚醒被封印的神祇。作為神祇的使徒，讓商會會長得以使用神祇的部分力量。商會會長倚藉人心的脆弱，滿足村民的欲求，誘導他們協助自己取得更強大的力量。
為了解開神祇的封印，商會會長必須借助摯友的力量，透過摯友祈求死者能夠復生的禁忌慾望，讓聖火的種火映照出摯友的內心，藉此連接到死亡的國度，解開神祇被封印的力量。作為摯友失敗的替代手段，商會會長將神官拘禁在牢房後，便前往準備進行儀式。
儀式開始前，摯友悄悄來到牢獄中，解開神官的門鎖。儘管神官不停地勸導，然而渴望父親重生，並與神官一家人團聚的執念，已讓摯友封閉內心，無法聽見自己的任何話語。
緊隨摯友離去的腳步，神官前往儀式的現場，卻看見被禁忌慾望沾染，逐漸混濁陰暗的聖火，正不斷吸蝕著周遭村民的生命。為了阻止摯友祈求讓死者復生的想法，神官向摯友說起過去，父親曾對兩人說過的話語。「擁有生命之物，必定會穿越死亡之門。可是，正因為生命有限，所以才能感受到喜悅。」「悲傷會隨著時間流逝，而逝去之人將在心中繼續活著。」死亡並不是生命的終點，而是當活著留下的種種，無法再被人銘記時，生命才真正的終結。
神官的一番話，終於讓摯友清醒過來，聖火也逐漸恢復原貌。在最初使用慢性毒毒殺摯友的父親，卻被神官接任聖火傳遞者，因此被迫更改計畫；面對儀式再次受到干擾，神官一再地阻撓，終於讓商會會長無法再容忍，於是向神官展開了攻擊。
在擊敗商會會長後，儀式終於宣告失敗，村民們也一個個清醒過來。為了完成式年奉火的儀式，神官與摯友帶著種火，踏上返回家鄉的旅途。回到大教堂，將種火注入大聖火中，神官終於結束了這趟旅程。
然而自從商會會長的事件之後，摯友始終無法原諒自己，吃不下任何東西，整日將自己關在房間。神官於是下定決心，一如當年摯友將自己帶出房間，拯救無助的自己一樣，神官將摯友帶到充滿回憶的山丘。在瞭望大聖堂的山丘上，回想起過往的種種喜悅，摯友終於不再悲傷，展露出笑容。最終在兩人相約要一直在一起後，神官線的故事就此結束。
後記
正如筆者【你我只是歧路的旅人 ── NS遊戲 歧路旅人主線劇情通關心得】文章中提到的，每個角色的故事都有一個主題。相較於盜賊提及的信任、舞孃的復仇、劍士的守護......等與生活稍嫌脫節的主題，神官的故事 ── 別離，是個較為貼近生活的主題。
死亡是人與人之間別離的一種形式，然而在人的成長過程中，也同樣不斷地與他人別離，而不僅侷於死亡。畢業後與朋友們各奔東西；分手後與舊愛漂泊異地，可能許久才能再次取得聯繫，甚至從此了無音訊。與重要的人離別是件痛苦的事，但一味耽溺在過往的回憶，渴望回到當時的美好；或將當下的處境與過往比較，不僅傷害他人的真誠心意，對彼此更是件遺憾的事情。
與重要的人離別，不意味著這段感情的終結，而是當終有一日，自己早已遺忘彼此經歷的種種美好回憶。將過往的美好回憶留存心底，化作成長、前進的動力，不斷地相遇，然後相識。了解生命、時間的有限性，珍惜當下每一個值得真心付出的人，珍惜與如今重要的人相處的每一瞬間。這是筆者認為神官線的主題，所要傳達給玩家的精神。
