回到勞動事件法第38條。
前面討論勞動事件法上文書提出義務的文章有提到，依據勞動事件法第35條、第36條第5項規定，雇主在訴訟上有提出勞工出勤紀錄的義務，如果怠於提出，法院可以認定勞工關於該文書之主張或依該文書應證之事實為真實。譬如勞工A起訴請求加班費，主張他去年下半年總共加班了240小時。此時，雇主B在訴訟上有提出勞工出勤紀錄的義務，不然法院可以認定A所主張之去年下半年他總共加班了240小時為真實。假定B真的提出了A的出勤紀錄，出勤紀錄上也顯示，依去年下半年的出退勤時間來看，A的確比正常工作時間多待在公司240小時，所以A的出勤紀錄證明了A去年下半年加班了240小時嗎？可能還有點爭議。
所謂的加班，應該要是雇主請勞工留下來繼續工作。出勤紀錄可以證明A比正常下班時間晚退勤，但雇主B有沒有請A留下繼續工作，出勤記錄沒有提供這項資訊。有些雇主很擔心員工下班後不趕快回家，賴在公司不走，結果被勞工局或法院認定是在加班（我有一位同事準備留美的時候，的確會在假日跑到公司唸書，雇主的擔憂也不完全是無的放矢）。但像馬克律師以前做受雇的時候，下班只想趕快回家，如果不是雇主要求加班，本來就不可能比表定下班時間晚退勤；如果又能證明雇主經常口頭要求勞工加班，晚退勤的那幾天又在下班前交辦了一些急件，法院要認定晚退勤就是在加班，也是很合理的推論。也就是說此時仍存在「加班與否問題」。
為了避免勞工自己晚退勤被認定是加班（不可否認，也有一些無良雇主是為了規避加班費），「加班申請制」就應運而生（有些公司訴諸更極端的手段，像是下班時間將近會彈出提醒視窗，或下班時間到了會直接鎖住電腦，或者是下班時間一到直接全公司關燈，不一而足。只能說，加班費對許多公司而言的確是難以估算的負擔，也的確很被當一回事）。「加班申請制」，一言以蔽之，就是勞工有加班的需求，要「書面」向雇主申請，並經雇主同意才可以加班。未經雇主同意而晚退勤，那可能是待在公司吃零食聊天，或待在公司看youtube，總之不是在加班就對了。
勞動事件法第38條勞工推定於出勤時間內，均係經雇主同意而執行職務，某種程度上也解決了「加班與否問題」，雖然不是雇主們期待的解決方式。但下一個問題是，勞動事件法立法前就存在的加班申請制，是否足以反證推翻加班之推定呢？
就結論而言，可以。如果公司有實施加班申請制，且加班申請制實際有在運作，而非僅係聊備一格，則勞工提不出申請加班的憑證，確實足以反證推翻加班之推定。
