隨著癌症治療快速進步，「標靶治療」與「免疫療法」已成為臨床上相當重要的兩大治療手段。兩者有時會被相提並論，但事實上原理、適用對象與治療目標截然不同。
倘若濃縮成一句話來說，標靶治療是「鎖定敵人」的精準攻擊，免疫療法則是「強化自己」的國土保衛戰。
如果用實際物品來比喻，標靶藥物像是帶有導航裝置的導向飛彈，專門攻擊具有特定分子特徵的癌細胞；免疫療法則像號角，喚醒身體的守衛部隊（免疫系統），藉此消滅癌細胞。進一步分析，兩者的差異呈現在4個層面：
首先，治療思維不同。
標靶治療以藥物直接對付癌細胞，醫師會先透過基因檢測或分子檢驗，找出癌細胞特有的基因突變或異常蛋白質，接著使用藥物精準鎖定這些目標，抑制癌細胞生長，促使腫瘤縮小。
免疫治療則是「啟動人體免疫系統」，它不直接殺死癌細胞，而是解除免疫系統的煞車，或者增強免疫反應，促成免疫細胞重新辨認出癌細胞並發動攻勢，將病灶瓦解清除。
第二，發揮作用的對象不一樣。
標靶治療的主要作用對象是癌細胞本身，例如細胞內的異常酵素、訊號傳導路徑或癌細胞表面受體，只要癌細胞具備該標靶，藥物就有機會發揮效用。
免疫療法的作用對象則是人體自己的免疫細胞，例如T細胞，透過調節免疫反應，間接達到對抗腫瘤的目的，因此期效果與病人的免疫狀態密切相關。
第三，不同的基因或分子檢測。
標靶治療幾乎必然需要事前做檢測，確認腫瘤細胞具有特定的分子標靶，否則效果有限。
免疫療法則不一定需要特定基因突變，但有些檢驗指標（例如癌細胞表面有沒有足量的PD-L1蛋白質表現，以及細胞DNA變異程度指標MSI、TMB等），可以用來評估治療的成功機會。
第四，臨床上各有不同侷限。
病人使用標靶藥物治療一段時間後，常會發現藥效逐漸變差。起因在於，癌細胞非常狡猾，隨著時間推移，它們可能會產生新的基因突變來閃避藥物攻擊，也就是所謂的「抗藥性」。
另一方面，免疫治療藥物只對兩到三成病人發生效果，比例稱不上高，並且可能誘發免疫相關副作用（例如肺炎、腸道發炎、甲狀腺功能失調等），因為免疫系統過度活化也可能「殺紅了眼」，以致誤傷正常器官。
標靶治療與免疫療法各有優勢，也各有侷限，並無優劣之分。臨床上，醫師會依據癌症種類、分子特性、疾病期別和病人的整體健康狀況，量身選擇最合適的治療方式。
