近期最夯元宇宙股!斑馬魚界也會玩VR?

更新於 發佈於 閱讀時間約 5 分鐘

  大家好,我是菜編,升大四的暑假我在中研院黃國華老師實驗室實習,目前仍維持每週推進一些進度的步調,研究著斑馬魚的大腦,詳細請見底下連結。以斑馬魚為實驗動物,在學界行之有年,根據研究目標發展出的實驗方法也日新月異,今天想跟大家分享我覺得實驗室裡最酷的技術:給斑馬魚用的3D虛擬實境


當今最夯元宇宙,連斑馬魚也配一款?

  畢業於清華大學的黃國華老師,是菜編的大學長,取得哈佛大學博士學位後,接前往瑞士進行博士後研究,去年回到臺灣,在中研院分生所擔任助研究員,目前隸屬於中研院神經科學研究計畫(NPAS)中。
  從很久以前開始,斑馬魚就是黃老師鍾愛的模式動物,實驗室目前方向主要側重於社交行為跟相關的神經機轉,另外還有帶自閉症相關基因的斑馬魚研究。不過,在我心裡,實驗室中最獨步全球、最有趣的裝置是給斑馬魚用的3D虛擬實境設備,當魚的頭部被固定在架子,面對投影在螢幕上的影像,竟能表現出跟自然情況下相似的行為。

斑馬魚用的3D虛擬實境設備

斑馬魚用的3D虛擬實境設備

魚界楚門,誰來告訴我什麼是真的?

  這個研究發布於《nature methods》,屬於頂尖期刊《Nature》底下的子期刊,收錄許多新穎,並具有開創性的實驗方法,每個發明都讓人嘖嘖稱奇!新方法的出現總能解決先前未解的謎團,或能更有效率、更加精準的得到成果。

  動物行為研究的難處其一,在於實驗中的不可控性,研究烏賊認知行為將近兩年的我,常常戲稱自己都要「看烏賊的心情吃飯」,因為不只動物的狀態會嚴重影響實驗結果,還有給予刺激時,如播放影片,若動物壓根沒察覺到,那就一點用處都沒有,有些科學家會訓練動物配合實驗進行,然而並非所有物種都能接受訓練,而且受過訓練的個體,可能沒辦法如實表現自然狀態下的行為。

  因此,科學家們無不絞盡腦汁,思考有什麼方法能夠呈現自然狀況,同時也方便控制各種變因,此環境即為一例,經過三種影像測試:靜止背景(Empty tank)、動態變化的背景、播放魚群影片,結果發現自由游動的魚(左圖),在空魚缸中會漫無目的繞圈游動,若有同伴的影像出現,因為具群游習性,牠們會朝向魚群游去,在VR環境下(右圖),牠們也會表現相同的行為。

自由活動跟固定狀態下,同種影片仍有強吸引力

自由活動跟固定狀態下,同種影片仍有強吸引力

在VR系統中,魚群的影片同樣有很強的吸引力,根本是魚版《楚門的世界》。

*後註:因為頭被固定住了,魚只能朝單一方向前進,所以右圖跟左圖並未完全相同,在空缸中魚游去自身正對和背對方向的機率還是有差。

綠光罩頂!閃閃發亮的斑馬魚大腦

  固定住魚頭,除了能確保實驗操作的可控性外,還有一個重點:能方便且即時的記錄神經活動,下圖右表現在自由游動時,同時比較尾巴擺動強度(Tail movement intensity),和不同區域神經元活動的結果,以ΔF/F數據化神經活動程度。
  左上的一團綠色光點,是由雙光子顯微鏡拍攝輸出,這些實驗魚帶有螢光基因,會表現在神經細胞裡,藉雷射光照射讓它們發亮,發亮表示神經細胞才剛活動,根據影像辨識結果,最後發現幾個區域的表現特別明顯,標記於左下圖中,這些腦區可做為下次執行相關實驗的觀察目標。

行為與神經活動的即時比較

行為與神經活動的即時比較

雙光子顯微鏡即時拍攝,行為與神經的關係無所遁形。

一切都剛開始,快來當個大腦革命家!

  因為科技進步,《刀劍神域》、《駭客任務》等影視作品中的想像世界,輪廓愈發清晰,越來越多設備讓我們逐漸分不出虛擬跟現實的差別,近期世界對元宇宙的好奇心升高,包含著臉書執行長祖克伯對此題目的強調與願景,虛擬實境(VR, Virtual reality)技術也包含在此夢想藍圖中。
  雖然這個技術在其他實驗動物曾有應用,但在斑馬魚上倒是頭一遭,相信會帶來許多突破性的發展,在實驗室裡,菜編感覺自己正在參與一場大腦革命,最近中研院的博士班(國際研究生學程,TIGP)還在招生中,對加入開創研究有興趣的學、碩士畢業生們可以聯絡老師,來認識菜編長什麼樣子吧!


資料來源:

  1. Huang, KH., Rupprecht, P., Frank, T. et al. A virtual reality system to analyze neural activity and behavior in adult zebrafish. Nat Methods 17, 343–351 (2020). https://doi.org/10.1038/s41592-020-0759-2


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陳政佑的沙龍
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寶可夢可能是許多人的兒時回憶,但它不僅是一部卡通,裡面其實蘊含相當多的生物知識,讓我們一起從演化生物學、生態學、發育學、比較解剖學……,一起從頭到腳認識寶可夢,成為寶可夢大師吧!
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