雖然植物不像動物可以走動，但牠們對環境變化的感知其實一點也不遲鈍。尤其是「光週期」——也就是連續黑夜的長短——會影響植物何時開花、何時進行代謝，甚至是否存活。
- 葉片出現壞死病斑
- 活性氧（ROS）大量產生
- 光合作用效率明顯下降
- 壓力相關基因表現上升
這種生理反應讓人想問：植物體內，是什麼在感應並調控這種突如其來的「打亂作息」？
過去的研究發現：一株名為 jar1-1 的阿拉伯芥突變株，在光週期壓力下，表現出異常的「耐受性」——葉子不壞死，ROS 不暴增，似乎一切安好。
由於缺少JAR1就沒了合成 JA-Ile（茉莉酸與異白胺酸的結合型）的能力，而 JA-Ile 是茉莉酸訊號中最重要的活性分子。於是科學家們便認為：植物對光週期壓力的反應，很可能仰賴茉莉酸 JA-Ile。
這個推論一發表，影響廣泛。茉莉酸不再只是「受傷或病原菌攻擊」時啟動的防禦激素，也似乎開始涉入晝夜節律與環境壓力調控。
但是，最近的新研究卻發現：當初的推論有錯。不是他們的實驗有問題，而是一開始就選用了錯的突變株。怎麼會發現的呢？
最近，有另一個研究團隊回過頭來檢視這個推論。不同的是，他們除了用jar1-1以外，還使用其他的 JAR1 突變株來測試，例如：jar1-11（T-DNA 插入突變）與fin219-2（同樣屬於 JAR1 基因的另一個突變版本）。
結果發現，這些突變株在面對光週期壓力時，表現跟正常野生型完全一樣敏感，照樣壞死、照樣壓力爆表。也就是說：
只有 jar1-1 一株出現「耐壓力」表現型。
這在科學上是一個大警訊：如果一個突變效應只有在某一個特定株系出現，那很可能是那一株本身還有其他問題，而不是你以為的那個基因真的造成了表現型。
發揮科學精神：到底是不是 jar1-1 本身有問題
研究團隊還是想要確認，是不是自己做錯了？
首先，他們對茉莉酸（JA） 生合成與訊息傳導路徑上的其他突變株進行測試。他們找了包括 dde2、aos、opr3、coi1、myc234、ora59 等突變株，結果通通無法重現 jar1-1 的耐壓力特性。
到這裡，已經可以大聲說：大家都被jar1-1給騙了！
圖片作者：ChatGPT
最可能的原因就是：jar1-1裡面還有另外的突變。於是，他們決定來分析 jar1-1 的遺傳背景。
透過與野生種以及jar1-11雜交，研究團隊發現那株 jar1-1 還有一個隱性的、與 JAR1 無關的第二突變，他們將這個突變基因命名為 SOPS（SUPPRESSOR OF PHOTOPERIOD STRESS）。同時，他們也在這兩個雜交測試中發現， SOPS 與 JAR1 不連鎖。
總而言之，jar1-1 的光週期壓力耐受性根本不是來自於 JAR1 突變，而是來自另一個未被鑑定的基因突變。這個發現也意味著：當初分離出jar1-1這個突變株的研究團隊，並沒有把突變株的遺傳背景「弄乾淨」。
當突變株「騙人」，錯的是誰？
這件事的教訓不只是植物生理學的細節，更關乎科學方法本身。當年 jar1-1 被發表時（1992），當然沒有人知道它還有另一個突變。當時的實驗技術也不容易進行全基因體定序。
但從現代科學的角度來看，這株突變株出現這麼大的表現型，卻沒有經過多代回交去清除背景突變，也沒使用多株等位突變驗證，這就是研究設計上的疏失。
而更重要的是，整個植物科學界從1992年開始，在接下來的幾十年裡，把 jar1-1 當作研究 JA 功能的標準材料，卻沒有質疑過這株「唯一與眾不同」的突變株是否可靠——這也是科學社群集體犯下的錯誤。
這個故事應該讓每個學習科學的人都記得：
「經典突變株」不見得就是絕對可信的工具。它們背後有可能藏著沒人發現的第二、第三突變。所以，如果要確認某個性狀的確是來自於某個特定的基因，最好找兩三個發生在相同基因不同位置的突變株（即所謂allele）來測試。
發現新的突變株以後，必須使用多個獨立來源的突變株進行等位測試與互補實驗，並進行多代回交。這些不是麻煩，而是基本功（可免於晚節不保）。
很重要的一件事是：科學進步的關鍵，不是相信舊結論，而是願意質疑與重測。
至於SOPS 這個光週期壓力反應抑制基因呢？在論文出版的此刻，它尚未鑑定出來，但未來若能定位並理解它的功能，可能會打開植物對光節律壓力反應全新的解釋框架。那將不只是「推翻一個錯誤」，而是「發現一個新世界」。
如果你未來也想要成為好的研究者，請記得這句話：植物不會騙人，但我們對它的理解，可能會。
參考文獻：
Cortleven, A., Nitschke, S., Roeber-Terstegen, V. et al. An extragenic second-site mutation in the jar1-1 mutant suppresses the response to photoperiod stress independent of jasmonic acid. Plant Mol Biol 115, 79 (2025). https://doi.org/10.1007/s11103-025-01602-9
