醫師與診所的查稅，可以說是每年稅務單位關切的重心之一，特別是軌跡難以掌握的收入來源，例如：健保未給付的診療收入、不屬執行業務所得的關聯業外收入...等，更可說是稅賦查核的重中之重。
一般會引發診所查稅的爆點，多半出於：
一、民眾逕行舉報，如：診所拒絕給予診療收據；或診所堅持以現金支付...等行為，致使民眾心生疑慮，主動通知稅務單位，進而產生稅務單位的查核。二、國稅局的選案，如：診所網路流量大、名聲佳，但其執行業務收入明顯偏低；或稅務單位自上游醫療批發商的出貨量，查出診所的存貨量異常；或醫師個人名下的動產與不動產價值，明顯與申報所得失衡...等異常，導致稅務單位進一步的查核。
三、金融機構異常通報，如：鉅額交易、高頻往來...等異常狀況，也都會引發金融機構的通報；若診所未依規申報的話，異常資金，勢必產生查核風險。
然而，就過去相關查核案例的脈絡加以分析，診所與醫師查稅的爆點，大致上，可以歸納出以下八點：
一、源於診所之執行業務所得結算申報
(一)回覆執行業務狀況訪(函)查紀錄表時，出現回報異常
(二)診所依帳載核實數申報時，出現會計憑證異常
(三)診所結算申報之後，出現不實合夥的異常
(四)診所收取現金之後，出現鉅額或高頻的異常
二、源於醫師個人綜所稅之申報
(一)醫師名下登記性資產，比對申報收入產生歸戶異常
(二)醫師個人申報綜所稅，產生免稅額、扣除額的異常
三、源於其他風險
(一)以公司收取診所執業收入，產生營所稅結算申報的異常
(二)其他
以上數點，有些是在診所結算申報時所引發，後續延伸報醫師個人報稅；有些是從醫師個人報稅引燃，逕自炎上診所申報問題，畢竟，診所結算執業所得與醫師申報個人稅賦，是完全綁定，故申報與規劃時，須整體通盤考量，避免錯誤申報產生稅賦疑慮與風險。 參考資料：
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