圓曉禪師於之前的文章，有提及到祖師禪中參究公案的方式，在韓國是系統性參究，由禪師指派學人參究公案，如果參究通過，便指派下一則公案，藉此鍛鍊學人的參究功夫。參究的過程中，禪師也會延伸提問或做測試，來看學人是否已經瞭解佛法意旨（究竟認識自己）了。參究公案的流程，大致如下圖。
公案參究流程（圓曉禪師繪製）
公案淺的答案，已經是可以應用於生活的智慧，其有答案為檢核是否通過的標準。（所以不能對未參過的人公布）；公案深的答案即是佛法末後句，是開悟見性的程度，當然也有可以表達的方式做為檢核的標準。（所以不能隨意亂答謂之「禪」，或拿古人或佛經句子搪塞）；這是參究公案殊勝的地方：由不斷學習且瞭解的禪師保護答案，並指導學人參究，當學人通過也代表體悟到了更多的佛法智慧，是自己開發的智慧，非死記硬背而在生死關頭用不上的知識。
祖師禪參究公案的方式，以禪宗祖師智慧下手，而有檢核標準，其實是很嚴謹且相對客觀。雖然要認識自己真的跟宗教信仰無關，但畢竟歸類在佛教禪宗，難免還是會有疑慮。如同當年圓曉禪師初入門，亦會想說：「禪師真的開悟嗎？我要如何知道禪師開悟？但我自己又還沒開悟！」但確實信心不夠會影響到參究，因為心生懷疑。但懷疑是正常的，這是人之常情，但也只能看機緣、勉強不得。如果信心夠、動力強、疑情大，開悟有期。當時圓曉禪師就想說：「那我就照這個方法試試看，看看這邊的『開悟』到底是怎麼一回事！」，後來才瞭解禪師的苦心與慈悲心。畢竟，圓曉禪師整個學習過程，禪師並沒有逼圓曉禪師要如何，有參究就送答案、沒有送答案太久，禪師會關心，但也沒有逼迫。努力完全看個人，是真正的「師父領進門，修行在個人」。但只要有答案，禪師都會回應、指導，陪伴大家智慧增長。國內聖嚴法師著作《牛的印跡》中，就有提及有關系統性參究公案的情形：
如果我們考察中國禪師的語錄或作品，就會看到這種使用公案的方法是相當有彈性的，往往是禪師認為時機適當才會加以運用。不過，師父直接講解一本公案集（如《碧巖錄》和《無門關》）的內容，或要求弟子把裡面的公案依先後順序一一參完，也並不少見。這種做法，後來在日本的臨濟宗更成了常規。
就公案本身而言，它們有些較淺，有些則相當深奧。此外，還有一些相當難以捉摸的公案，修行者對它們的理解，會隨著自己修為的增加而愈加深入。因此，對這一類公案的反應，可以有很多不同的層次，不是一次兩次就能「通過」的。有時，即使是同一則公案裡的不同語句，其層次也會完全不同。
修為淺的人無法理解深的體驗，而即使他們在參公案時有所體驗，也只是模模糊糊，缺乏明確的掌握。含義直接的公案對這些人來說也許不成問題，但碰到真正深奧的公案，他們就會一頭霧水。有時候，也會自以為已經參透了一則公案，但事實上卻是對該公案的真正精神完全缺乏了解。
上述聖嚴法師提及的內容，是圓曉禪師提及韓國祖師禪系統性參究公案、由淺入深等。
相反的，有深邃體驗的人會馬上抓住其精要所在，自然而然就可以體認到，不同公案所包含的體驗和智慧層次的高低。即使這些公案裡的事件都是過去的，但對這些人來說卻是活生生的。讓公案活過來的正是他們自身的體驗，而且也是因為這種生命智慧，讓他們知道一則公案到底想表達些什麼。這與傳統佛教修「定」的情形很類似：如果一個人已經體驗過最深的定境，他自然而然就會知道一些較淺的定境有什麼樣的特徵，而無須自己親身經歷過。
因此，對於有高深體驗的人來說，參公案不再是必要的。但對沒有體驗或體驗淺的人而言，參公案相當有幫助。沒有受過參公案訓練的人，可以多讀一些公案集。當碰到一則吸引人的公案時，所產生的疑情將是修行有力的催化劑。疑情就是參公案的根本目的，不管你的參法是系統性的還是非系統性的。能讓公案活起來，成為有生命力的議題的，就是這種疑情。而不管修行者對一則公案的「回答」是什麼，那都必須是從他與禪修和這種大疑情的拚搏裡直接引生出來的。
為達這個目的，有經驗老師的從旁指導是不可或缺的，因為老師可以幫助他們讓公案活起來，並防止他們誤入歧途。在為學生選擇公案時，老師有許多種不同的方法。他可以由淺入深的方式，要學生參一些較淺的公案，然後才要求他們參較深的公案。他也可以先用較深的公案測試學生的功力，見學生應付不來，再要學生參較淺的公案。至少在中國禪宗的傳統裡是如此。
祖師禪是很活潑的，參究公案是一種方便，如果禪師還沒使用公案學人就開悟，實際上也不怎麼要使用公案。聖嚴法師在這邊的段落有提到：「要學生參一些較淺的公案，然後才要求他們參較深的公案。他也可以先用較深的公案測試學生的功力，見學生應付不來，再要學生參較淺的公案。」確實在圓曉禪師參禪時，惠忠禪師與大寂禪師是有這麼做的，可以得知禪宗在元代傳入朝鮮半島後至今，仍保有中國禪宗的傳統。
有時，學生會因為運氣好而做出正確的反應。老師想知道學生是不是真的懂，還可以拿同一個層次的其他公案去測試他。這一類誤中的情形，特別容易發生在那些讀過或聽過不少公案而且又有表演天分的學生身上。公案都有一定的模式以及典型的行為特徵，如果學生讀過的公案夠多並加以模仿，在面對一則公案的測試時，就容易做出一些看起來相當適當的反應。不過，這種把戲雖然騙得過一些人（特別是初學者），卻難逃有經驗老師的法眼。
每一則公案都有其意旨，當然方向可能相似，所以聖嚴法師在此提及為了測試學人瞭解，會拿其他公案測試，這在圓曉禪師的學習經驗中也是如此。公案確實是禪修的有效工具，也有很清楚、具體的檢核方式。在禪修指導的過程中，會遇到學人的狀況非常多元，像聖嚴法師的美國弟子Dan Stevenson 就提到：
我在禪學演講和禪修課堂上遇見這種人的機會不計其數，他們有敲打地板的，有小聲嘀咕或大聲咆哮的，有說矛盾語的，也有像達摩祖師一樣，不發一語、怒目而視的。這些人什麼都可能會做，但就是不會說出心裡的想法。
像這種情形，都可以用公案來測試，事實上學人就算要「敲打地板」或「怒目而視」也不是不行，問題是要回答禪師「為什麼要這麼做？」，理由要契合佛法意旨。小參不是隨便耍個很像很有「禪意」的動作。要知道禪師對學人的回應，公案上那些看不懂的回答，都是有禪師的意旨、佛法的智慧。千萬不能等閒視之，或視為簡單的遊戲，這是非常危險的，是不把自己的法身慧命、解脫輪迴苦海看做一回事！
綜上所述，系統性的參究公案也是禪宗的傳統教學方式，目前韓國祖師禪有保留這種方式，至少圓曉禪師學習的是這種方式，而公案是有效的工具，直接針對佛法智慧下手，也清楚具體的檢核方式。學人參究直接回答問題即可，無需想奇怪的招式。此外系統性參究由淺入深，較不會因為參不出來而放棄，現在更可以用email等科技工具跟禪師互動，突破時空限制，故祖師禪參究公案的方式是適合現代人、都市人的禪修法門。
