2024-09-14|閱讀時間 ‧ 約 27 分鐘

植物界的煉金術:普通酵素如何黑化成毒素製造機

類固醇糖苷生物鹼(SGA,Steroidal glycoalkaloids)是茄科植物特產,能夠抑制乙醯膽鹼脂酶,干擾神經傳遞。另外,它們還能破壞細胞膜。大名鼎鼎的龍葵鹼(茄鹼,solanine)、番茄鹼都是這個家族的成員。


野生的馬鈴薯及發芽的栽培品系馬鈴薯中,都含有大量的龍葵鹼,食用可導致噁心、嘔吐,嚴重可以致命。許多國家都規定馬鈴薯中SGA含量不得超過200 mg/kg,而對一個60公斤的成人來說,只要攝入超過60 mg的龍葵鹼就會引發中毒(1-2 mg/kg)。


植物為什麼要合成龍葵鹼呢?對植物來說,被吃掉並不是什麼happy ending,所以它們合成龍葵鹼是為了預防被吃。但是,對我們來說,我們當然希望可以放心大吃馬鈴薯而不會中毒,所以科學家們一直在研究SGA的合成機制,希望能夠盡可能地降低茄科植物SGA的含量。


最近的研究發現一個稱為GAME12的酵素,對SGA的合成很重要。GAME12屬於γ-氨基丁酸轉氨酶(GABA-T)家族的一員,能夠催化將氮原子引入固醇骨架的反應。


先前的研究已知GAME12與SGA合成有關。研究團隊搜尋資料庫,在番茄裡又找到了另外三個家族成員。當他們把融合螢光蛋白的GAME12表現在煙草中時,他們發現GAME12主要出現在細胞質中。這與其他家族成員不同,意味著GAME12可能有特殊的功能。


接著他們把GAME12與其他SGA合成基因一起在煙草中表現,結果出現了去氫番茄鹼!這意味著GAME12的確與SGA合成有關。後續的實驗,證實了GAME12的確能將氮原子引入固醇骨架,形成SGA的原料。當他們把GAME12在龍葵(茄科的模式植物)中表現,也產生了SGA,進一步證實了GAME12對SGA的合成很重要。


由於GAME12屬於GABA-T家族,而GABA-T與SGA的合成無關;因此研究團隊感到好奇,到底GAME12是怎麼「黑化」成為毒素製造機呢?


研究團隊比較了番茄(Solanum lycopersicum)、馬鈴薯(Solanum tuberosum)、辣椒(Capsicum annuum,不產生SGA的茄科植物)、燈籠果(Physalis floridana)、煙草(Nicotiana benthamiana)、牽牛花(Ipomoea triloba,旋花科)、碧冬茄(Petunia inflata)、曼陀羅(Atropa belladonna)、龍葵(Solanum nigrum)以及S. dulcamara, S. americanum, S. ptychanthum等植物。他們發現,GABA-T基因在茄科植物的共祖中已經存在。


然後,GABA-T共祖在茄科植物發生第一次全基因組複製時,形成了T1與T3兩個分支。接著,在燈籠果、煙草和茄科共祖中,T3發生局部複製,產生了T2分支,這是GAME12的祖宗。


接著,在茄屬(Solanum)中,T2又發生了複製事件,產生了T4與GAME12兩個亞分支。在整個過程中,GAME12失去了定位到葉綠體或粒線體的定位信號,獲取了合成SGA的能力。


到底從GABA-T到GAME12,需要怎樣的變身呢?研究團隊先進行了演化選擇分析,然後使用GABA-T3做為研究材料。他們將所有在分析中顯示有經歷強烈正向選擇的胺基酸,全部都變成GAME12的胺基酸。結果,這個突變酵素還是不能合成SGA。


到底哪裡出錯了?研究團隊用了AlphaFold來生成GAME12與GABA-T3的蛋白模型,比較它們的結構差異,挑出可能的「重點」。


然後,他們把所有的重點(27個!)都在GABA-T3上變成GAME12,結果這個新基因取得了一點點合成SGA的能力。


研究團隊再接再勵,引入更多的突變(77個!!!),這次終於產生了比得上GAME12的酵素活性了。


從他們的分析與研究,他們發現最重要的是E363,K367與M370。這三個胺基酸位於活化位址附近,對GAME12的活性非常重要。


所以,透過研究GAME12的演化之路,我們了解到一個酵素的演化其實相當複雜。不只是活化位址的胺基酸要對,整體的環境也要對。了解了茄科植物如何合成SGA,將來我們可以透過找尋不表現GAME12的栽培種(不論是天然的或基改的),讓我們在吃馬鈴薯時更不用擔驚受怕。


參考文獻:


Grzech, D., Smit, S.J., Alam, R.M. et al. Incorporation of nitrogen in antinutritional Solanum alkaloid biosynthesis. Nat Chem Biol (2024). https://doi.org/10.1038/s41589-024-01735-w


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