是說一直以來，有一種說法認為，中國傳統上對於宗教信仰比較寬容，除了歷史上少數幾個毀佛迫害異教的皇帝外，只要宗教團體不違法作亂，通常朝廷都放任民間信仰自由發展。不像阿拉伯或歐洲國家，有很長的政教合一歷史，政治與宗教結合，設立國教，迫害屠殺「異教徒」。也因此爆發過許多次的宗教戰爭，甚至是橫跨數世紀的數次十字軍東征，造成了伊斯蘭世界與基督教世界無法化解的歷史仇恨。只是如果仔細去思考，為什麼阿拉伯或歐洲國家會有如此根深蒂固的政教合一傳統，其實原因也很簡單，過去專制王朝的權力來自於血緣與武力，而不是民意，因此常常藉由「君權神授」的方式，來強調自己政權的合法性，以穩固統治的基礎。與宗教的結合，就是要確立皇帝的權力是由上天所授予的，不容許任何人質疑。而中國的皇帝一樣有這樣的需求，只是中國的皇帝一直有個更好用的工具，而不太需要依賴宗教力量。這個比宗教更好用的工具就是儒家思想，可以說「獨尊儒術」就是中國版的政教合一。
儒家思想的許多觀念，有助於統治者穩定政權，並要求臣子與百姓效忠君王，極為適合傳統封建體制，也因此受到專制帝王們的喜愛，進而形成了千年以來獨尊儒術的特殊現象。若將儒家思想視為是一種宗教，稱之為儒教，亦無不可，因為儒教在很多方面，與各種宗教有異曲同工之妙。比如宗教都有崇拜的對象，如耶和華與阿拉，或是萬物星辰、自然現象等，而儒教則崇拜孔子、孟子等人，也在各地興建孔廟。宗教都會有典籍經文，以供信徒們學習教義，如基督教的聖經，伊斯蘭教的古蘭經，佛教的各種佛經，而儒教一樣擁有四書五經。宗教也都會有一套繁複的儀式來進行膜拜，藉此鞏固信仰，而儒教對於「禮」，則近乎痴迷，制定過各種禮儀規定，並早已經內化成中華傳統文化的一部份。就是儒教這種近乎宗教信仰的諸多特性，讓儒教不止成為專制帝王的最佳統治夥伴，也在一般的庶民階層獲得廣大支持，膜拜孔子並將其抬升至神格的地位。
與伊斯蘭國家的統治者自稱「哈里發」，同時兼任宗教領袖的方式不同，歐洲國家的皇帝利用宗教的方式，是由主教加冕，或由教宗承認其權力的合法性，以達到彰顯君權神授的目的。但在中國則剛好相反，是由新任統治者以冊封孔家後裔的方式，來確立其正統性。三者的方法雖然略有不同，但是本質是一樣的。孔家可以在各王朝都擁有崇高地位，備受禮遇，就是因為奉行這套儀式，接收儒教的廣大信徒，可以最快鞏固政權。甚至到國民黨戰敗，潰逃來台灣時，也沒忘了孔家後裔，還接來台灣擔任官職，以強調國民黨才是接續清朝的中原政權。歷史上有許多的皇帝為了政治需要而改變信仰，而這與入侵中國，並建立外來王朝的皇帝們，因「孺慕中華文化」，學習漢文，熟讀四書五經，成為儒生的原因其實沒有什麼不同，其實也是其統治與政治上的需要，原因就是因為這樣作可以快速攏絡民心，並得到知識份子的支持。
在過去基督教、天主教或伊斯蘭的世界裡，知識通常被僧侶、教士所壟斷，修道院也是知識的保存場所，僧侶與教士就是掌握知識的知識份子，要立即取得這個群體的支持，最快速的方式就是信仰他們的宗教。而在中國，由於長期獨尊儒術的結果，儒生幾乎就是知識份子的代名詞，他們就是整個國家的知識階級。比西方國家更為嚴重的是中國長期以四書五經取士，因此他們還身兼行政官僚，並擁有地方士紳的身份，是任何統治者都不能忽視的力量。要控制這個同時身兼知識份子與既得利益者的特權階層，有兩個不同方法，第一是給予實質的利益，更重要的是認同其信仰，承認這個階層享有特權，以獲得他們的支持。而如果統治者不想這麼做，那第二個方法就是強力鎮壓，在西方就是發動宗教戰爭，屠殺反抗的僧侶與教士，在中國就是焚書坑儒，或是如朱元璋一樣大舉屠殺知識份子。但前者的方法，明顯較簡單又快速有效，也都大多數的統治者所採用。
而政教合一除了可以攏絡知識份子外，還可以進一步讓統治者在精神層面控制一般百姓，如多數宗教都強調背叛是會下地獄的罪行，中國的儒教則以道德禮法為掩護，以類似的方式，灌輸要對君主忠誠的觀念。往好處來看，多數宗教與儒教都發展出各自的理論，來勸人為善，讓人在法律的標準之上，進一步約束自身的行為，有助於維持社會秩序與階級穩定，進而有助於統治者治理國家。但壞處是有太多的人會利用宗教來作惡，政教合一讓這些人擁有更大的權力。過去的教廷腐敗不堪，營私弄權，各國的高階神職人員常常介入政爭，更不堪的神棍則裝神弄鬼，敗壞朝政。中國的儒教則成為黨爭的溫床，霸佔既得利益的儒生還往往成為阻礙改革的元兇。有心人高舉道德禮法的大旗，來進行私德審判，以遂行自己的政治利益。整個社會在儒教規範的重重枷索下，封閉保守，而有「吃人的禮教」一說，歷史上相關的慘劇俯拾即是。
就是因為儒家思想在中國已經變成如同宗教般的存在，並與政治結合，讓儒家思想早已如同宗教一般，成為不能挑戰的禁忌。特別是千年來獨尊儒術的結果，讓儒家思想已經內化成中華文化最重要的一部份，也因此中華文化出現一種非常奇特的特徵，就是不容疑質與反省挑戰。這大概也是為什麼中華文化的思想精華時期是遠在千年前的春秋戰國時代，其後儒教當道，一切歸於死寂。而更糟的是當西方國家的知識份子開始進行宗教改革，強調理性思辯時，儒教由於本身就是介於宗教與學術之間的曖昧身份，而能躲過一次又一次的改革。最後當西方國家深深體悟到政教合一之惡，而鼓吹政教分離時，伊斯蘭世界與中國都沒能跟上這波改革的朝流，伊斯蘭世界的某些保守國家至今仍然以古蘭經的教義為治國的基礎，而中華文化圈則仍然信奉「半部論語治天下」這一套。
說穿了，這就是政教合一的歷史遺跡。而中國早已經是個徹頭徹尾的共產國家，最後反而是台灣，完美地承襲這一套制度，而讓台灣每一步的改革，都無比艱辛。
