手工分揀有效率，訣竅在分揀流程規則化
親手從大量的咖啡豆中挑出瑕疵豆，是件相當耗時費工的作業。不過，只要抓到訣竅就能夠有效率進行。挑出生豆中的瑕疵時，建議在無光澤的黑色托盤上攤開豆子。像發酵豆或未熟豆顏色會稍微偏黃，使用深色托盤比較容易辨別出來。至於烘豆後的手工分揀作業，為了容易看出烘焙顏色的差異，同樣把熟豆攤開在鋪了棕色棉布的托盤上，可讓分揀工作更輕鬆。將咖啡豆攤開後，即可開始挑出瑕疵豆，不過毫無章法的作業方式只會浪費更多時間。讓手工分揀作業更有效率的訣竅，就是先決定作業的優先順序，思考該從哪種瑕疵豆開始挑起。首先，檢查的順序是「顏色>光澤>形狀」。先剔除「顏色」明顯不同於生豆的異物與黑豆之後，再來就是沒有「光澤」的死豆、發酵豆以及未熟豆，最後則是「形狀」奇怪的貝殼豆、蟲蛀豆等瑕疵豆。
關於手工分揀出的瑕疵豆比例，水洗法處理的生豆中約有15~30％、日曬生豆則會占40％。若一開始就能購入瑕疵少的生豆，當然最為理想；然而瑕疵難以避免，因此要預先估計扣除瑕疵豆後會減少的數量，才能推算必需的購買量。因為一顆瑕疵豆，導致花費時間與精力沖煮的咖啡毀於一旦，是十分可惜的事；為了避免遺憾，如果難以判斷是正常還是瑕疵豆時，果斷地挑出來會比較保險。
烘焙前要挑豆，烘焙後再挑好才包裝，這會減少豆重，成本自然增加了，所以會有商家不挑豆。
（別問我圖哪來，是咖啡師朋友發我的，也不知道誰畫的，但是這圖畫形象地展示了挑豆的過程）