『杯子蛋糕-cupcake』概念據說來自於muffin-馬芬,以一個人的份量為單位。做法於1796年首次被提及於Amelia Simms所寫的美國烘培書American Cookery,由於當時沒有名稱,便暫定為『杯子裡烘焙的小蛋糕』。到1828年,由一位烘焙家Eliza Leslie出版的75種糕點食譜(Seventy-five Receipts for Pastry, Cakes and Sweetmeats)內,記載為紐約杯子蛋糕,因此正式定名。
早期杯子蛋糕只是一種家常小點,於1919年開始,第一次由食品廠商Hostess開始大量製作,以兩個蛋糕5分美元賣出。一直延續至2011年,累計賣出600萬個杯子蛋糕,成為最著名的杯子蛋糕食品廠商,其他如知名的Twinkies等巧克力點心,也是該廠商製作出品,可惜最終於2012年宣告破產,賣給了Apollo Global Management。以下為Hostess 1976年杯子蛋糕的廣告: