4.2 結果上的矛盾
宗教所求得的知識不但與科學矛盾，而且與別的宗教矛盾。可見宗教的求知方法不能認識真理。
宗教宣稱的事實，不論自然現象、超自然現象，往往被科學否定。按宗教的說法，地球是年輕的，動植物是不久前創造出來，一創造出來就是現在這個樣子，全人類是兩個人的後裔，全世界一度被洪水淹沒，美洲土著是中東移民的後裔，白人是一個黑人科學家搞出來的云云。這些說法跟生物學、地質學、歷史學、天文學等等衝突。
《聖經》是古代人所寫，多少記載了當代的事實，卻有許多大事十分可疑。例如：以色列人出埃及、耶穌時代全羅馬的人口調查，那麼重大的事，只有《聖經》記載，沒有其他任何證據；耶穌死時地震，也只有《聖經》一面之詞，當時的文獻都沒有記錄。諸如此類，不勝枚舉。總之，從來沒有一個事實，是只有《聖經》「獨家報道」，後來經驗證為真的。如果基本的自然現象、歷史事件都錯，復活之類超自然現象不是更不可信嗎？
4.3 哲學上的矛盾
科學與宗教在哲學上不容，關鍵在於對神的看法。換言之，世上有神嗎？
科學家從經驗得知，自然界不但有規律，而且都有自然的解釋，都可以用結合理論的實證方法來研究。這種態度叫「方法論的自然主義」（methodological naturalism）。
科學本身並不預設自然主義，科學研究也不是一開始就排斥超自然的解釋。科學史上，用超自然的理由來解釋自然現象，十分普遍，方法論的自然主義反而是近代才興起的。例如：牛頓（ Isaac Newton, 1642-1727）認為星體的軌道偶爾要靠上帝來校正，到拉普拉斯（ Pierre Simon Laplace, 1749-1827）才認為「用不着這個假設」。1859年以前，一般人都認為各種動植物是神創造的，到達爾文才發現天擇就足以解釋。科學家越研究，越發覺自然因素的解釋能力強大，科學也因而不斷進步；而超自然因素什麼都不能解釋，不但不能促進科學進步，有時反而是阻力。總之，科學家經過不斷驗證，訴諸自然主義的科學才成為主流，而神的存在、超自然的因素就成了多餘的假設，可以當作不存在。
然而，有些科學家矯枉過正，有些又想拉攏開明的信徒來對付神創論，就畫地自限，宣稱科學不能研究超自然現象。其實只要對現實世界有影響，就可以用科學來研究。例如：靈療、禱告既宣稱有治病神力，就有客觀的依據供科學研究，超感官、瀕死經驗、靈魂出竅等等都一樣。先知以利亞就率先用對照組實驗來檢驗上帝：『以利亞對眾民說：作耶和華先知的只剩下我一個人；巴力的先知卻有四百五十個人。當給我們兩隻牛犢，巴力的先知可以挑選一隻，切成塊子，放在柴上，不要點火；我也預備一隻牛犢放在柴上，也不點火。你們求告你們神的名，我也求告耶和華的名。那降火顯應的神，就是神。眾民回答說：這話甚好。 』（王上18: 22-24）可見神是可以放進試管的。
信徒不能說服科學家有神，又面對種種質疑，就說一句：「你不能證明什麼不存在。」真的嗎？我說有兩顆心臟，你不能帶我去醫院檢查嗎？我說《傲慢與偏見》是我寫的，你不能核對年代嗎？該有證據而沒有，還堅持「沒有證據不等於不存在」，是愚蠢的。
科學能不能證明神不存在，要看是什麼神。有人聲稱某事物存在，而該事物存在有若干後果、影響，那麼找不到那些後果、影響，就足以證明某事物不存在。換言之，如果是自然神論（deism）的神，與世無涉，科學的確不能證明祂不存在。如果是有神論（theism）的神，像基督教那種，科學當然能證明祂不存在。
按：信徒的反駁等於利用自然神論的神來幫耶和華偷渡。
《聖經》錯誤百出，現代沒有神迹，嚴謹的實驗證明沒有聽禱告的神，苦難證明沒有全能、全知、全善的神，諸如此類，不勝枚舉。
既然超自然的實體、力量應該有證據而始終沒有，我們就有理由認為那些實體、力量根本不存在。這就是「哲學的自然主義」（philosophical naturalism）。當然，這是暫時的結論。科學家不是說：「我知道沒有神。」而是說：「直到有證據為止，我不相信有神。」好比尼斯湖的水怪，我們坐潛艇到湖的深處，用攝影、聲納來偵測，搜索多年，一無所獲。難道就兩手一攤，說：「我不確定，說不定有的。」大部分人會直截了當的下結論：「根本沒有水怪。」既然是這樣，為什麼對象是神就不一樣呢？
