全書旨在敘述基督教400年來與自然科學衝突對立的經過及成因。作者認為，基督宗教對近代自然科學、社會科學、人文學、聖經研究……等學術領域，阻撓壓制多於鼓勵促進。除了敘述上述的負面事跡，作者也順道檢視伊斯蘭教、印度教、佛教、儒家思想與自然科學的相容度，認為：儒家思想最能與自然科學相容，依次是佛教、印度教、伊斯蘭教，而基督教與自然科學的相容度是最低的。
李雅明不厭其煩在多本著作強調：一旦耶穌的存在或是死後復活的神蹟，被考古學、歷史文獻、自然科學等研究顛覆，基督教這個最重要的立教之基將會全盤崩毀，而對人們的信仰造成嚴重的打擊。
作者對各大宗教與自然科學相容度的排行，他的結論我不認同。因為李雅明根本沒把儒家在漢朝以後發展出來的宇宙論、「三綱五常」、「天人感應」，以及之後出現的理氣之學包括在內，也沒有將獨尊儒家以後的中國社會風氣與學術傳統考慮在內，一旦這些都涵括在內，會有「儒家思想與自然科學知識、科學精神相容最高」這回事嗎？滿清臣民長年輕忽，甚至抗拒來自西方的自然科學及社會科學知識，不就是最典型的例證？之所以沒出現殺害科學家、社會學者之類的事情，並不是因為他們多寬容，而是那些人不是生活在大清國境內，所以他們沒被儒生迫害，也不會被義和團及其他反教人士斬首、活活燒死。
儒家思想、儒學之所以現在看起來與自然科學相容度最高，是因為當初保護儒家不受近代科學侵擾、獨尊中國學術界的帝王專制，已經被人全盤推翻。獨尊儒學、儒術的社會風氣，又因為清末科舉制度被廢除、民初新文化運動者對孔子、儒學、傳統文化的嚴厲批判而蕩然無存。此外，儒家也不像基督教、天主教、東正教有比較嚴密的教會組織，因此較少阻撓近代科學發展的能力。儒家思想、儒學對自然科學的阻撓較少，並不代表相容度高，兩者不能混為一談。
或許有一個原因是，儒家從孔子以來，對於「神」的描述沒有太多超乎常識的地方，也沒有強調神必定全知全能全善，以及全盤掌控天地萬物的說法，因此儒家思想的信仰者比較能調和儒家與自然科學這兩種異質的東西。不然儒家的天人感應之說、理氣之學、等級尊卑等思想，早已受到自然科學與社會科學挑戰。此外，儒家的禪讓之說，以及三皇五帝的事跡，近代的考古學、歷史學與人類學也不支持，不論是出土文物，還是對其他人類社會、政治制度的研究，都對歷代儒家之徒形塑出來的世界觀、歷史觀、自然觀……相當不利。
本書最讓我肯定的地方，在於：作者開列近代許多一流物理學家、生物學家、化學家對「神」及信仰的態度，方便讀者作進一步的考察。
P.S李雅明還有兩本對基督教的批判……
