根據現代研究，天灸治療的機理為降低血中嗜酸性白血球數量，進而改善過敏體質，對肥大細胞膜有保護作用，能抑制免疫球蛋白lgE的形成。
中醫師侯蘊芬指出，三九貼和夏季三伏貼皆屬於傳統醫學內病外治的保養方法，主要是利用在特定節氣進行穴位的中藥敷貼來治療慢性疾病。
在冬至過後3個9天的這段期間，通常是整年度天氣最冷的時候，此時日出較晚、日落較早，天地間的陽氣相對處於低點。而中醫強調人體和自然環境相互呼應，此時不僅是人體陽氣最弱的時候，容易感受寒邪，平時體質虛弱的人更容易出現過敏、氣喘腹瀉、關節疼痛、遺尿、遺精等症狀；此外，一般民眾在這段期間常感覺身體的能量不足、活動力下降、血液循環不良、皮膚乾燥、毛孔緊縮，身體處於一種低代謝狀態。若利用辛散溫熱的中藥敷貼於穴位，補充與激發人體的陽氣，既可趨除寒邪，又可提高身體的抗病力，就能減緩上述疾病在冬日發作所帶來的困擾。
臨床上常利用的藥物有元胡、細辛、白芥子等，加上生薑汁調製成膏狀，在背部穴位如大椎、定喘、風門、肺俞、脾俞、腎俞等進行敷貼。藉由穴位的溫熱刺激，不僅可以溫散寒邪，透過人體經絡的傳導以調節五臟六腑及氣血運行的狀態，以對抗寒冷氣候對人體的影響。
另一方面，針對虛寒性體質或寒濕久留的人，可以提振或溫通陽氣，加強驅除寒濕邪氣、增強身體抗病能力，因此可用以緩解過敏性鼻炎、氣喘丶慢性支氣管炎、寒性關節疼痛、慢性腹瀉、遺精、遺尿等疾病的發作頻率；此外，容易反覆上呼吸道感染的小朋友也非常適合穴位敷貼。
穴位貼敷治療方法簡便、無副作用，易被小兒接受。但需要注意的是，孕婦、1歲以下小孩、嚴重心肺功能不足者、皮膚經短時間敷貼即會大量起泡者，不適合三九天灸治療。發燒和咽發炎等症狀必須痊癒後應後方可接受；治療期間並不妨礙其他藥物的正常使用。
