學過光合作用的人應該都知道,在「碳反應」裡面有一個很重要的酵素叫做「魯必斯科」(RuBisCo)。這個酵素負責把二氧化碳抓下來,與五碳糖結合然後變成兩個三碳糖。植物具有固碳的能力,都是因為有它。
因為這個酵素有個好長的名字,所以被簡稱為「魯必斯科」(RuBisCo)。很多植物都有「魯必斯科」,從簡單如藍綠菌(Cyanobacteria)到複雜如被子植物(Angiosperm),都可以找到它。說它是地球上含量最高的酵素,一點都不誇張。
不過,藍綠菌與被子植物,生活的環境差很多耶!難道「魯必斯科」就能靠著同樣的「一招半式」,就上山下海到處闖江湖嗎?
當然不是。科學家們發現,「魯必斯科」可以分成四大類。第一類(Form I)是最常見的類型,分為IA、IB、IC和ID四個亞型,其中的Form IB 就是我們最熟悉的、出現在高等植物的「魯必斯科」。它由8個大次單元和8個小次單元組成(也就是所謂的L8S8結構),住在位於葉綠體的基質中,具有較高的CO2/O2專一性(但是還是會認錯人)。而第二類(Form II)主要在細菌中發現。至於第三類(Form III)則主要出現在古菌中、第四類(Form IV)也是在細菌中發現。
這「魯必斯科」四大天王,負責在地球上的固碳反應。不過,不論是植物還是細菌,每種生物都只有一個「魯必斯科」...直到最近!
最近有個研究團隊,他們在進行海洋中的自營生物的基因體調查時,無意中發現了一隻藍綠菌竟然有兩個「魯必斯科」!
這隻菌的兩個「魯必斯科」,其中一個是第一類的,另外一個則屬於第二類。由於一般藍綠菌只會用第一類的「魯必斯科」,所以他們就想知道,到底這個藍綠菌用的第二類「魯必斯科」有什麼特別?還有,為什麼這隻藍綠菌要用兩個?
於是他們測試了這個藍綠菌的第二類「魯必斯科」,發現它的最大催化速率落在已知第二類「魯必斯科」的正常範圍內,同時也確認了這個第二類「魯必斯科」的確是具有功能的酵素。
過去的觀察發現,第二類「魯必斯科」通常在低氧環境工作得比較好。大家一定覺得奇怪,為什麼要有個低氧版本的「魯必斯科」呢?照道理說,「魯必斯科」都是不小心才會跟氧氣反應,然後導致光呼吸作用(photorespiration)啊?
原來,第一類「魯必斯科」因為要防止光呼吸作用,所以它們對二氧化碳的專一性較高;但是這個「魯必斯科」卻可能因此犧牲了反應速率!另外,因為它要努力防止用錯氧氣,所以使用第一類「魯必斯科」的藍綠菌都有羧酶體(Carboxysome)。
羧酶體裡面除了「魯必斯科」,還有碳酸酐酶(Carbonic anhydrase)。碳酸酐酶負責把重碳酸根轉換成二氧化碳,讓「魯必斯科」周圍的二氧化碳濃度提高,防止氧化反應的發生。
可是,具有第二類「魯必斯科」的生物,都是活在低氧環境的。所以,對這些生物來說,它們並不需要一個鑑別能力比較高的「魯必斯科」...反正在它們家,氧氣可是難得一見的。
那麼,為什麼這個藍綠菌需要一個這樣的「魯必斯科」?難道這個藍綠菌也住在缺氧的地方?
答、對、了!研究團隊就是在所謂的「海洋缺氧區(ODZs)」找到這種藍綠菌的。這些區域的環境條件(低氧、弱光、高CO2)與一般海洋環境很不同,他們發現,在77公尺深的地方(缺氧的SCM層),第二類的量大約是第一類的4%;但是在有些地方,第二類的量可達第一類的16%。
另外是,研究團隊發現,使用第二類「魯必斯科」的生物沒有羧酶體。
或許,對這些藍綠菌來說,擁有另一種「魯必斯科」最大的好處就是,可以不用依靠羧酶體吧!雖然它們的體內還是有羧酶體(畢竟它們也有第一類「魯必斯科」),不過在使用第二類「魯必斯科」時,應該可以不需要。
擁有兩種「魯必斯科」的藍綠菌,有什麼特別的嗎?研究團隊發現,它們都是「一家人」,都屬於AMZ IB譜系。而它們的第二類「魯必斯科」可能是從γ變形菌獲得的。
透過對海洋中自營生物的調查,竟然意外得知還有這種有兩個「魯必斯科」的藍綠菌。只能說,這個世界永遠都不會停止給我們驚奇!
參考文獻:
Jaffe, A. L., Harrison, K., Wang, R. Z., Taylor-Kearney, L. J., Jain, N., Prywes, N., Shih, P. M., Young, J., Rocap, G., & Dekas, A. E. (2024). Cyanobacteria from marine oxygen-deficient zones encode both form I and form II Rubiscos. Proceedings of the National Academy of Sciences, 121(49), e2418345121. https://doi.org/10.1073/pnas.2418345121