在生成研究問題，並且對於先行研究進行過一系列的文獻探討之後，研究者可以提出研究假說。會有假說，主要是研究者在提出研究問題的時候，可能心有定見，問題才能成立。上野千鶴子在《如何做好研究論文》一書中，用一個例子來說明如何提出假說。
例如研究者觀察到學生在高中時期經過激烈的考試競爭後上大學，但在上大學後卻發現學生的學習並不積極的現象。如果研究者認為「這應該是因為過度的考試競爭下導致的彈性疲乏」，這個問題就是心理問題；如果研究者認為「應該是因為沒有導師也沒有固定班級的大學造成學生孤立」，那這就是組織問題；如果是素養教育品質低落或是大量生產式的授課弊端，那就屬於教育領域的問題。另外，如果是因為進入全民上大學時代，學生無法跟上課程腳步的話，那就屬於學力問題。原因可能是以上其中一個或者是多個綜合，每種因素有不同方法，也需要不同的先行研究和資訊。接下來上野教授介紹了理論假說與實用假說：如果研究者將理論假說設定為「是因為過度的考試競爭導致的彈性疲乏，造成上大學後難以適應」，那麼實用假說（working hypothesis）就是將原本的理論假說代換為能夠「驗證」的實證性命題。原本的理論假說能夠還原成「過度激烈的考試競爭」屬於制度性問題，但觀察實際狀況發現，並不是所有學生都出現不適應的狀況，所以區分並比較身處「過度激烈的考試競爭」壓力下的學生和沒有壓力的學生，這種方法應該有效。此時，實用假說就會變成「重考生和推薦入學生相較之下，重考生更難以適應上大學後的生活」。因為研究者推斷，重考生比較會有壓力過大的狀況。如此一來，就能設定具體的對象並進行驗證。假如研究者認為導致學生上大學後表現不佳，是「入學後的孤立所形成適應上的障礙」這種屬於組織方面的問題，那研究者只要證明「有無班級與導師制度會影響適應程度」這個假說即可。班級和導師制度不見得每間大學都有，所以可以比較有和沒有的大學，或者比較同一間大學在導入導師制度前後的變化。
上野教授指出：不同的假說會需要選擇不同的對象、採用不同方法來驗證。不過，無論是哪種假說，都會伴隨「彈性疲乏」是指什麼狀態、如何測定、「適應」指的是什麼？如何測定「適應的程度」等問題，研究者也必須準備回答這些問題的答案。這部分就屬於概念性定義與操作型定義的區別，「彈性疲乏」是一個概念型定義，而要衡量「彈性疲乏」可能可以透過衡量學生的上課出席率、參與程度等數據，後者這些可以客觀量化衡量的數據成為操作型定義。
上面所舉的例子稱之為假說驗證型的研究：事先準備研究問題的預想答案，再提出實證性的證據來證明正確或錯誤：假說正確的話就叫做驗證，錯誤的話就叫做反證。有時候會有部分假說正確，但部分錯誤的情形。也有可能發現超越假說的現象或原因。
但有時候研究者無法建立假說，上野教授建議可以從好奇心出發，譬如對不了解的對象產生「這到底是什麼？」、「發生什麼事？」的好奇心。這種情况下，假說並非出現在研究前，而是透過研究的過程，在研究後才會出現。這種研究研究方式即為「探索性研究（exploratory research）」。探索性研究在發掘事實後所提出的假說，成為命題（proposition)。
我第一次看到理論假說與實用假說這樣的說法，可能是因為過去我所接受的都是歐美學者寫的教科書，但看完上野教授對於理論假說與實用假說的描述與例子，我認為更接近「概念性定義」與「操作性定義」，也就是說，需要將所衡量的變因，從模糊、概念式的說法，轉換成可以具體、客觀衡量的方式。不過上野教授透過大學生彈性疲乏的這一個例子，我覺得可以讓我們更清楚簡單的理解設定假說的過程。
圖片來源：https://www.yourdictionary.com/articles/hypothesis-theory-difference