日本的專利訴訟有兩種，專利侵權及專利無效。
專利侵權
架構
法院說明東京（Tokyo）或大阪（Osaka）地方法院智慧財產權案件平均要 12-15 個月，專利侵權案件則更久。智慧財產高等法院（東京高等法院的支院）法官可以進行事實調查，並推翻地方法院的事實認定。高等法院法院的智慧財產權案件平均要 7-9 個月，專利侵權案件則更久。最高法院極少受理，尤其是專利侵權案件更為罕見。最高法院只處理可能影響其他案件的法律問題。
審查程序
第一階段：如果法院認為專利無效或沒有侵權，就會直接駁回請求。第二階段：如果法院認為專利遭到侵權且專利有效，則會計算損害賠償。在進入此階段時，法官會非正式地告知當事人，不會有正式判決。
從提起訴訟到完成第一階段，通常需要大約 18-24 個月。如果案件進入第二階段，則需要額外的 6-12 個月。
法官主要依賴兩方提供的書面資料來做判決，沒有證據開釋流程，但有時會舉辦技術說明會（technical presentation session）
救濟方式
兩種主要方式：
- 禁制令：只要專利有效且有侵權，法院幾乎都會發出禁制令。唯一例外是與標準必要專利（SEPs）相關的案件。
- 損害賠償：只有補償性賠償（compensatory damages），沒有懲罰性賠償（punitive damages）
和解
兩造可以在審判法官主持之下進行和解會議，實質上與進行聽證沒有太大的不同。法官可以向當事人提供他們初步意見，並鼓勵當事人達成和解。在和解會議中，法官經常與雙方當事人單獨進行交談，輪流聽取雙方的意見，以促成雙方當事人達成和解。據統計，大約 30% 的案件是以和解告終。
專利無效
第三方可向日本專利局提出異議（專利公告後六個月內）或無效審判請求（無時間限制）。專利侵權訴訟中，法院也可以裁定專利無效，但僅對當事人有效。
