2018年8月，日本爆出東京醫科大學的入學考試調分機制不利女考生，成為國內、外頭條新聞。在相當於教育部的日本文部科學省進一步調查後發現，日本國內 81所設有醫學系的大學當中，共有 10所學校透過黑箱調分機制，不利女生或重考生等特定群體考生，造成日本國內很大的轟動，目前相關訴訟仍在進行中。
沒想到醫學系入學考試歧視女考生事件還沒畫下句點，入學考試分數男、女考生有別的問題再度成為輿論焦點。
日本全國僅存的「男女別定員制」
東京都是日本 47個都道府縣當中，目前唯一在公立高中普通科入學考試設有「男女別定員制」的地方。「男女別定員制」的意思是，每一屆招收的學生男、女學生人數是固定的，先確定男、女學生分別要招收多少人數之後，再按成績高低決定錄取順序。在過去，升學補習班和家長之間都一直謠傳，在東京如果要讓孩子考上公立高中，女生的分數一定要比男生高才考得上。《每日新聞》26號的獨家調查報導指出，2015–2020年度的東京都立高中入學考試，有 8成的公立學校都是同一所學校的女學生錄取分數高於男學生。滿分 1,000分的入學考試（300分為該考生國中成績，另外 700分才是國英數社自的筆試成績）當中，有女學生最低錄取分數比男學生最低錄取分數高 243分的學校，也有女考生分數明明高於男生，卻受限於「男女別定員制」而落榜。
媒體接力揭發東京都「男女別定員制」實態
今年（2021）先後就有 3家媒體企圖挖掘東京都立高中「男女別定員制」的實際情況。
最早在 3月底報導的《NHK》只有取得模擬考出版社製作的都立高中最低錄取分數落點分析，緊接著在 5月初接獲讀者來信，報導此事的《東京新聞》試著和相當於地方政府教育局的東京都教育委員會取得相關資料，卻遭東京都教育委員會回絕。直到這次《每日新聞》的報導，才終於從東京都教育委員會手上拿到將各校校名匿名處理的各校近年最低錄取分數資料。
新增「是正措施」改善同校男女學生最低入學分數差距
東京都教育委員會表示，他們從 1998年的高中入學考試起，就會要求男、女學生最低錄取分數差異過大的學校調整錄取門檻。具體的做法是，招收人數的 9成採男、女學生成績分開計算，另外 1成改採男、女混合單照成績高低錄取，現在每年都會有 30–40間高中在確定錄取名單的最後一關時會需要做此調整，日文稱之為「是正措施」。
《每日新聞》調查報導揭發最大級距超過兩百分
《每日新聞》根據東京都教育委員會提供的 2015–2020年曾經做過「是正措施」行政指導的問卷當中，分析了 199所需要在最後階段調整男、女學生錄取人數的學校的男、女最低錄取分數差距。
最低門檻從426分縮短到「只差」243分
《每日新聞》報導指出，扣除幾間資料不完整的學校，剩餘 184所學校當中，在「是正措施」前，有 170所（佔 9成）學校的最低錄取分數都是女生門檻高於男生，分數落差最大的學校，女生最低錄取分數竟高於男生 426分（滿分 1,000分）。在「是正措施」後，仍有 153所（佔 8成）學校的最低錄取分數女高於男，雖然整體來看男、女學生的最低錄取分數門檻差距已經縮短，但分數落差最大的學校，女生最低錄取分數還是高於男生 243分。
拒絕提供不須「是正措施」學校的最低錄取分數
《每日新聞》表示，它們有進一步要求東京都教育委員會提供不需要「是正措施」的公立高中男、女最低錄取分數資料，但東京都教育委員會以這樣會助長民眾過於在乎學校分數排名，拒絕提供相關資料。
東京都教育委員會：不是最好的辦法，但沒有問題
東京都教育委員會坦承，現行的「是正措施」並非最好的做法，但考生們都是在「知道入學考試分數是男、女分開計算」的前提下，同一學校男、女生的最低錄取分數不同，並沒有問題。文部科學省也表示，雖然一般認為沒有合理的理由，不能因為性別而有差異，但東京都採用「男女別定員制」是「合理的」。
戰前男女分校遺毒的「男女別定員制」
說起東京都的「男女別定員制」，可以回溯到戰後的學制改革。
第二次世界大戰以前，日本（包含台灣）的高等教育體系都是男、女有別 — — 女學生和男學生可以就讀的中學和高中是不同的。第二次世界大戰之後，為了要引進「男女共學制」，讓原本只能讓男生就讀的舊制（男子）中學校改成男女合校，當時的教育廳才在昭和 25學年度（1950學年度）引進了「男女別定員制」，但這項措施不限東京都，而是交由地方政府自行判斷。
保障女學生受教權的名額保障措施
當時教育廳推出「男女別定員制」有它的時代背景 — — 在過去，女生就讀的舊制高等女學校，理科的授課總時數較短，外文也沒有列為必修，導致唸普通中學的男學生和念女校的女學生之間，學力落差很大。再加上，戰前建造的普通中學時只有規劃男廁和男生專用的更衣間，女校也只有女廁和女生專用的更衣間。所以當時推出「男女別定員制」，一方面是應急的做法，不用馬上改造學校的硬體設施，另一方面被當作是女學生錄取名額保障措施。
舊制女校比舊制男校更快達到性別比均衡
隨著時間過去，男、女學生的學力差距已經不再像戰前那樣落差之大，「男女別定員制」已經不再是保障女學生受教權的做法。為了要消滅男、女學生錄取人數落差，東京都教育委員會先是要求新成立的學校，男、女學生人數必須要各半，前身是戰前的高等女學校的男女合校，也幾乎都在 1970年代初期達到男、女學生各半目標。
然而，戰前只有男生才能讀的舊制（男子）中學校，雖然也改成男女合校，直到 1980年代都還設有男、女學生比 2比1的規定，直到 1990年代才逐步解除。
2003新制：按照應屆公立國中國三生性別比分配名額
現行東京都的規範是，從 2003年起，都立高中普通科的男、女招生總人數，是按照應屆公立國三畢業生的男、女比例來分配。由於東京都內的私校比例相較於其他縣市多，私校當中有較多是私立女校，女學生選項較多，就會使得就讀公立學校的男學生比女學生來得多。以 2020學年度為例，東京都內的公立國中男學生總人數就比女學生多了快 3,000人。
過去就有注意到問題，但卻遲遲不改進
事實上，從 1990年代起東京都教育委員會內部的檢討委員會就有注意到這個問題。甚至在 2018年報出東京醫科大學入學考試調分機制歧視女考生的事件後，東京都教育委員會在隔年（2019）的檢討委員會上就有委員反應，就算現行的「男女別定員制」有在做調整，但還是有不少公立高中在「是正措施」之後男、女學生最低錄取分數還是差了 100分以上。該名委員在當時的會議上便指出，如果有應考生提告東京都現行的考試錄取制度是歧視特定性別的考生，東京都很有可能會敗訴。
公立高中校長反彈成主因
面對「男女別定員制」的問題，東京都教育委員會在 2020年就曾針對東京都內的公立高中校長及公立國中校長進行問卷調查。統計結果發現，有 82.7%的都立高中校長認為「男女別定員制」是有必要的，但國中校長的部分「必要」和「如果硬要選的話會選需要」的比例只有 58%。
認為應該要保留「男女別定員制」的校長們認為，現在的趨勢就是女學生的分數比較高，如果取消「男女別定員制」改成只按照分數排名的話，可能會排擠到男學生的就學機會。也有校長認為，如果取消了「男女別定員制」，學校一些需要分男、女的活動會有安排上的困難。
面對這些無謂的憂慮，大阪府教育委員會表示，大阪在 2013學年度的入學考試，才從「男女別定員制」改成只看總成績不分性別的「合同定員制」，像是廁所等硬體設備問題，或是上課分組的問題，都是花點心思就可以解決的事，意指這些因素都不構成無法取消「男女別定員制」的理由。
