依「天然災害發生事業單位勞工出勤管理及工資給付要點」第6點規定，天然災害發生時（後），有下列情形之一者，雇主不得視為曠工、遲到或強迫勞工以事假或其他假別處理，且不得強迫勞工補行工作、扣發全勤獎金、解僱或為其他不利之處分。
結論:不可以扣發勤獎金
