科因所謂相容（compatibility），用的是《牛津英語大詞典》（OED）的定義：
互相容忍；容許在一起，或在同一科目共存；和諧、符合、一貫、一致。
科學與宗教不相容，是因為求知的方法上、結果上、哲學上的矛盾。
4.1 方法上的矛盾
方法上的矛盾可以從科學家和信徒怎樣看待一個問題看得出來：「我怎樣知道自己錯了？」具體來說，宗教的求知方法跟科學不同，有以下幾點：4.1.1 以信（faith）求知
科因曾跟某路德派女神學家辯論科學與宗教是否相容。總結時，神學家說：「我們得時時記得：信是恩賜。」（We must always remember that faith is a gift.）科因事後才想起，gift是德文的「毒藥」，當時該回答：「信也許是宗教的恩賜，卻是科學的毒藥；因為憑信找不到真理。」
《聖經》說：「信就是所望之事的實底，是未見之事的確據。」（來11:1）這個基督教的定義，其實概括了大部分宗教的真諦。換言之，信就是把所望而未見的認為真。見了，驗證了，叫知識，不叫信仰。反過來說，正因為宗教沒有實底，沒有確據，一味希望，才需要訴諸信仰。所以信成了宗教的美德。多馬探過耶穌的肋旁，「耶穌對他說：你因看見了我才信；那沒有看見就信的有福了。」（約20: 29）科因轉引神學家德爾圖良（Tertullian, c.160-c.240）非常精警的話：
神的兒子死了：這一聽就可信──因為很愚蠢。祂埋葬了，又復活了：這是確實的──因為這是不可能的。
另一個信徒的榜樣聖納爵‧羅耀拉（Saint Ignatius Loyola, 1491-1556）說：
凡事要正確，我們就應當經常這樣想：我眼見一物是白的，假如品級教會說是黑的，就認為是黑的，……
現在的信徒很乖覺，教話說得這麼虔誠地「白目」的很少。然而，盲信的思路是一脈相承的。
惟信是尚，就不惜放棄理性、好奇心。馬丁‧路德（Martin Luther, 1483-1546）認為「理性是信仰的最大敵人」：
世上的種種危險，莫險於豐富敏銳的理性。……理性必須回避、遮蔽、消滅。
教宗方濟各（Pope Francis）說：
好奇心不是好的精神。好奇心叫人四分五裂，叫人離開上帝，叫人喋喋不休。……好奇心是屬世的精神，叫我們紛亂顛倒。
科學的方法截然不同。科學看重懷疑精神，鼓勵好奇心，強調理性，在在都是惟信是尚的反面。
有人反駁：「科學家一樣靠信仰：對其他科學家研究成果的信仰，對經驗主義和理性的信仰，……」首先，這其實等於說：「科學跟宗教一樣爛，科學家憑什麼批評宗教？」這是宗教烏賊愛用的伎倆，無非混淆視聽。
按：這一招不只用在科學，世俗人文主義（Secular humanism）一樣被「抹黑」，參看Coyne（2019/4/22） Secular Humanism is Not a Religion。
我們用科學來了解大自然，並沒有先驗的哲學上的依據，卻也不需要。科學求知不是靠哲學，而是靠經驗：科學的預測得到驗證。大自然的規律不是科學的前提，而是觀察的所得。理性也不是科學的先驗的假設，而是工具；科學家用這個工具，因為用了做出成果，得到更多知識。換言之，科學「基於經驗的信心」，跟信仰「沒有證據的信念」是兩回事，故意混淆，無非為宗教狡辯。總之，科學不是信仰；至於宗教，借希欽斯的話說：「一個說法，不用證據就可以提出，就可以不用證據就丟掉。」
按：《聖經》說：「信就是所望之事的實底，是未見之事的確據。」（來11:1）是名副其實的金句、以信求知的經典詭論。乍看不覺得不通，除了因為修辭上簡潔有力，關鍵在於這個「信」（faith）。一、「信」很容易叫人聯想到「信任」、「信心」等正面含意。二、教會一直宣揚「信」這件事，加以美化，彷彿死心塌地的信是了不起的好事似的。然而，如果仿照那個邏輯，改成這樣：「食慾就是所嗜之味的下咽，是未吃之餐的飽嘗。」不是胡說八道嗎？一看就知道荒謬了。有證據就不必信仰了。此外，基督教為了抵抗理性，真是費盡心思。例如：信徒裡總有一些愚蠢得有限的人，《聖經》的作者為他們精心準備了不少罐頭說法──也可以叫預防針。比方說，平常總會遇到聰明而不信的人，該怎麼自我調適──或者自欺欺人呢？「自稱為聰明，反成了愚拙」（羅1: 22）。 「屬血氣的人不領會神聖靈的事，反倒以為愚拙，並且不能知道，因為這些事惟有屬靈的人才能看透。」（林前2: 14）信靠神等於精神勝利法。難怪有人說「信仰就是跟理智撒謊」。Robinson（1964: 2.82 Faith）分析基督教所謂的信仰，認為「信」（faith）不但不是美德，而且是該受指責的大惡，真是一針見血。
4.1.2 以權威為真理的裁決
宗教的真理大都由教會裁決。天主教會以三位一體為真理，某天主教徒不同意，既奈何不了教廷，又可能受絕罰（逐出教會）。基督教雖然強調個人與神的關係，也沒有教廷，但是各宗派的真理仍然是教會說了算。牧師按立，要宣誓奉行。神學家有異議，要麼不敢聲張，要麼只是微調教義。
按：宗教改革雖然是革命，結果卻不是推翻舊教，而只是另立新教；即割據天下，多添一個各自為政的權威。
教會版的真理也不是出自上帝的啟示，有時候只是各派教會、神學家爭議的折中。例如：君士坦丁大帝召開尼西亞大公會議（Council of Nicaea（325））後，耶穌的神性、三位一體的理論才比較確立下來。
有時候，教會的真理也像書一樣修訂、改版。以摩門教為例，黑人本來可以擔任聖職，但是從1850年起，黑人因據說是受神咒詛的該隱的後裔，禁任聖職。1978年，教會又宣稱，禱告蒙神應允，黑人才解禁。真的是祈禱叫神回心轉意嗎？除了摩門教徒，誰相信呢？
科學無所謂「異端」、「褻瀆」。生物學博士也不用手按《演化論》，宣誓效忠達爾文。誠然，科學也有所謂權威，但是權威之所以為權威，是因為既有的研究成果經過驗證，足為典範。而且任何科學家都可以憑新的研究成果，超越權威、打破權威。所以英國皇家學會（Royal Society）以「莫隨人言」（Nullius in verba）為標語，以示「院士決心抵抗權威之宰制，凡說皆訴諸事實，以實驗定奪。」科學史上有許多革命，演化論、相對論、量子理論都是。科學家不但可以革命，也嚮往革命。
引用文獻
Robinson, Richard. 1964. An Atheist's Values. Oxford University Press. http://www.positiveatheism.org/hist/athval0.htm
