獨立機關的層級
現在考試院是不屬於行政院管轄之獨立機關，且權力界限上與行政院為平行組織。廢除考試院之後，按2020年研討會當下總統府副秘書長的說法，將使考試院職權分割為兩個部分，考試權由行政院新增獨立機關執掌，而其他像考績、銓敘等由行政院人事總處掌管。
其中貓膩在於獨立機關的層級與行政、考試(包含銓敘、保障)兩權一體化。
我國有一部中央行政組織基準法，是將憲法行政權組織體系具文化的一部法律，部分學者稱之為類憲法。其中第32條規定：
相當二級機關之獨立機關組織規模建制標準如下：
一、業務單位以四處至六處為原則。
二、各處以三科至六科為原則。
前項獨立機關總數以三個為限。
再看行政院組織法第9條：行政院設下列相當中央二級獨立機關：
一、中央選舉委員會。
二、公平交易委員會。
三、國家通訊傳播委員會。
如果廢除考試院之後，中央行政組織基準法、行政院組織法不修改，考試權的層級下降至三級獨立機關，要設立要廢都是行政院說了算。或者立法院以合法程序繞道立法，就如同黨產條例第2條第1項：行政院設不當黨產處理委員會（以下簡稱本會）為本條例之主管機關，不受中央行政機關組織基準法規定之限制，間接設立新的二級獨立機關，這樣不受自我約束權力行使是很危險，常以個案立法解決政治問題，將使法律體系紊亂與崩壞。
再者，如果這三個二級獨立機關所做出的決定不能使人民感到公平公正，沒有政治力介入。試問，一個三級以下或是新的二級獨立機關又如何不會受到政治影響其專業決定。
第三，現行保訓會屬於考試院管轄，廢考試院之後，如何保證行政院會保障其下之公務人員(事務官、常業文官，指的是經考試取得資格與保障)，並排除推責至後者身上，或是用各種看似合法但實則不當手段限制或侵害其權益？
