本文原稿曾於2017.08.03刊登於「PNN公視新聞議題中心」〈檢察獨立、檢察事務與檢察行政──傻傻分不清？〉，《扭曲的正義》對於檢察學理「檢察獨立」的基本理論基礎，也與該書著作的第一部內容有基礎性之關聯。因此重新編輯、補充與整理於此本平台。
從一個負面案例出發
2017年7月31日，法務部政務次長對於長榮航空空服員集體請颱風假的發言經各媒體陸續報導，在當時處境艱困的檢察體系也掀起一陣驚滔駭浪。
媒體首先報導：「法務部政務次長陳明堂昨指出，長榮空服員這次集體請假，是否有人假借名義強迫他人非自願參與，若有，即涉及強制罪，而帶頭者也有可能觸犯刑法第一五三條煽惑他人違背法令罪，會責成轄區檢方儘速調查，釐清是否有人主導、煽惑以合法休假之名，行非法罷工之實，以確保大眾運輸安全與秩序。但陳明堂強調，若是勞工合法假期或罷工，也應予尊重。」 該言論內容涉及檢察獨立，以及法務部越權的質疑，在檢察體系也引起諸多檢察官的不滿，質疑檢察行政違法干預檢察事務的獨立，希望法務部出面澄清是否為媒體誤報或斷章取義。（另參見：姜長志（2017），〈地檢署主任檢察官票選制度之理論基礎－－以「檢察一體」秩序重整的觀點出發 〉，台灣法學，331，頁102）
這些不滿情緒，透過社群網路、檢察官論壇、媒體醱酵。在千夫所指的情況下，報載翌日（8月1日）引起軒然大波的法務部政務次長出面回應：「法務部的立場沒有變，就是『如有其中有人用強迫、不法手段涉及刑事責任，才會責成台灣高檢署依權責要求相關地檢署去調查、處理』。」「原先是應媒體詢問，倘若長榮空服員請假事件當中，有人用強迫等手段來強迫空服員請假或煽惑非法罷工，是否涉及刑責，才提到若有此事的話，由高檢署交轄區地檢署調查。」這樣的說法無疑是越描越黑，不但檢察體系許多基層檢察官大力抨擊，也引起關注勞工權益團體、部分律師撻伐。
於是，又有媒體報導當時的法務部長邱太三於接受媒體訪問時表示：「法務部指示蒐集相關資料給權責單位去了解，若這樣認為就是刑事偵查，未免太過緊張了。」
身為檢察官出身的（前）法務部長，竟然不能理解法律人為什麼對於法務部的此類「指示」感到緊張，顯然有必要重修一堂「檢察學」。
輕忽檢察學 檢察官獨立性晦暗難明
檢察學，是長期以來被忽視的議題；刑事訴訟法學門長期以來討論許多關於審判獨立、公平審判等議題，卻往往忽視檢察學，導致我國檢察官長期以來定位、職責、獨立性晦暗難明。
在我國法院組織法及法官法的明文架構下，檢察事務和檢察行政 (司法行政) 是不一樣的事情。相較於德國法院組織法的架構仍然存在法務部長的外部指示權（此部分在德國刑事法學界長期存在爭議，尤其是在2019年歐盟法院27.05.2019 (C-508/18, C-82/19 PPU)判決後，德國學界與法官協會廢除外部指令權的呼聲更高，siehe z.B. Eisele / Trentmann (2019), NJW 2019, 2365, 2365; Rennicke (2020), NK 32(4), 475, 480 Bäumer (2019), DRiZ 2019, 423, 423; Killmer (2020), DRiZ 2020, 306 f.; Thomas (2020), KriPoZ 2020 (2), 84, 84; Geuther (2021), DRiZ 2021, 4, 4; Beulke / Swoboda (2022), Strafprozessrecht, § 5 Rn. 146 u.a.），我國法院組織法的架構便與德國的立法不同，2012年施行的法官法更明文禁止「外部個案指令」。也就是說，在（比德國法更新穎的）我國法的架構下：