在前一篇文章，我們談到診所更換負責人的法律問題分析，這篇文章我們將繼續整理診所負責人，可能面臨到的法律風險，在這裏，不論是實質負責人抑或是掛名負責人（於法不合，應盡量避免），面臨到的法律風險都是相同的。
一、一般診所不具獨立法人格，負責人須對診所運營負全責
私立中小型診所，因為屬於獨資或合夥型態，不像公司或財團法人具有獨立法人格，可以分散風險、切割責任歸屬，因此，診所以其申請人為負責醫師，診所事務如對外簽署契約、行政機關的檢查或因違規所產生的罰鍰，都須由負責醫師全權負責，並非僅以診所收入為上限，可能會影響到醫師本身的自有資產。
二、醫療法上明文規定負責醫師義務
列舉幾項醫療法上明文負責醫師之義務與責任：
- 第18條第1項：「醫療機構應置負責醫師一人，對其機構醫療業務，負督導責任。私立醫療機構，並以其申請人為負責醫師。」即開宗明義，在地方主管機關列為診所申請人者，即當然為負責醫師，並無例外，在此不論是實際上的負責人，或只是掛名掛牌的負責人，責任歸屬並無二致。
- 第19條第1項：「負責醫師因故不能執行業務，應指定合於負責醫師資格之醫師代理。代理期間超過四十五日者，應由被代理醫師報請原發開業執照機關備查。」
- 第103條第2項：「醫療廣告違反第八十五條、第八十六條規定或擅自變更核准內容者，除依前項規定處罰外，其有下列情形之一者，得處一個月以上一年以下停業處分或廢止其開業執照，並由中央主管機關吊銷其負責醫師之醫師證書一年：一、內容虛偽、誇張、歪曲事實或有傷風化。二、以非法墮胎為宣傳。三、一年內已受處罰三次。」醫療廣告如有違規或誇大等情形，除了罰鍰外，也有可能導致負責醫師之醫師證書遭吊銷的風險，不可不慎。
- 第115條第1項：「本法所定之罰鍰，於私立醫療機構，處罰其負責醫師。」再次揭示，私立診所以負責醫師為處罰主體。
三、申報所得與健保，需同樣注意
其他行政相關法規，如所得稅法第11條第1項所稱之執行業務者，故診所之所得應歸課獨資或合夥醫師之執行業務所得，每年報稅季時，都要特別注意執行業務所得如何計算與申報的問題，避免被國稅局盯上。
健保上也要如實申報，因為虛報除了有行政責任，依全民健康保險法第81條規定，視情節輕重處虛報金額2至20倍之罰鍰處分外，也有可能因此吃上民刑事官司。
民事責任應負擔損害賠償，即總額因此不當支出或虛報之費用，要求醫療單位自行返還；在刑事上通常涉及詐欺及偽造文書罪責，健保署本於職責也會移送地檢署追訴刑責。一般而言，倘若虛報之醫療單位，願意坦承錯誤且充分返還其不當申領之費用者，也有機率獲得緩起訴、或是緩刑的自新機會。
四、如受僱醫師發生醫療糾紛，負責醫師也須負民事責任
負責醫師如果因時間或其他安排，需要有其他醫師協助看診，通常會聘請受僱醫師來幫忙，但如果受僱醫師看診時，不小心造成病患受傷，甚至演變成醫療糾紛（參醫預法今年元旦上路，不論醫病都一定要知道），此時病患不僅可以向實際看診的受僱醫師求償，亦可基於醫療契約關係及僱用人責任，向診所負責醫師請求賠償。此時，如何透過醫療責任保險來分散風險，就顯得非常重要。
五、診所也需要專業法律顧問
經營診所就是在經營一家企業，大多數的醫師專注在自己的專業領域，造福病患，對於法規與契約等議題較不熟悉又無暇研究，此時更需要專業律師擔任診所法律顧問，協助醫師處理法律問題，避免陷入法律糾紛。
