牟宗三判朱子是「別子為宗」，理由是朱子對先秦儒學的原初洞見 - 不忍人之心 (即仁) 不相契。大談仁性愛情，心為氣之靈，格物窮理，尤其失之甚遠，與孔孟義理全不相干，故為「歧出」，為「別子」。
然而，我們不妨問，儒者果真要對先秦儒學的原初洞見全盤接收，不容絲毫置疑？儒者可不可以從孔孟乃至歷朝儒者的思想資源中，提煉出屬於自己的大系統？「歧出」又是否一定不好？當我們認真審視這些問題，對朱子的評價及定位應有所推進。
朱子對不忍人之心作為成德根據持保留態度，既啟發自前賢，亦有自己的親身體驗。程伊川言性落實時必受氣稟夾雜牽累，心因此非全善。＜答張敬夫＞：大抵日前所見累書所陳者，只是儱侗地見得個大本達道底影象，便執認以為是了，卻於「致中和」一句全不曾入思議。所以累蒙教告以求仁之為急，而自覺殊無立腳下工夫處。蓋只見得箇直截根源傾湫倒海底氣象，日間但覺為大化所驅，如在洪濤巨浪之中，不容少頃停泊。蓋其所見一向如是，以故應事接物處但覺粗厲勇果增倍於前，而寬裕雍容之氣略無毫髮。雖竊病之，而不知所自來也。
朱子是嘗試過做孟子「自識本心」的工夫，奈何越做越「覺粗厲勇果增倍於前，而寬裕雍容之氣略無毫髮」，「如在洪濤巨浪之中，不容少頃停泊」，他於是對心、性、情重新理解，提出「未發為性，已發為情，心統性情」，再而主張「未發涵養，已發省察，敬貫動靜」。立足於前人見解及自身經歷去修正一理論的基本前提，這是大哲學家常為之事，所謂「吾愛吾師，吾尤愛真理」。朱子有大哲學家的質地，順著孟子思路講的陸象山就差得遠了。
朱子言性，分義理之性和氣質之性。義理之性以仁義禮智為內容，純然至善。氣質之性乃義理之性墮入氣質中，而沾染有種種色彩，可以說它為有善有惡，也可以從放縱之即滋生惡果的角度言其為惡。此一對性的看法，固然悖於孟子、荀子的原意，有歪曲之嫌。可是，用這一對區分，確實可以令性善、性惡的長久對立一掃而空，彼此互相融貫，言性善者同時可以言性惡。此難道不反映出朱子之別出心裁，理論創造及綜合能力極高嗎？
北宋周濂溪、程明道對氣化宇宙論無詳細闡明，僅張橫渠、程伊川好談氣，下迄南宋，陸象山無獨立講氣化宇宙論，朱子則獨立講氣化宇宙論之餘，拈出一超越的天理作為氣之所嚮往。秦漢至隋唐五代的儒者都篤信元氣分陰陽，繼而化生天地萬物。朱子保留其說，另標出一天理，以「太極」指涉之。世間一方面紛亂雜陳，性成命定，但另一方面是井然有序，有該做的事、該盡的責任，此其實比漢唐儒推進了一步，是綜合了漢唐儒的說法而有所超越，即對漢唐儒加以揚棄。
泛認知主義，朱子「格物窮理」確實有此問題，但孔子說：「十室之邑，必有忠信如丘者焉，不如丘之好學也」(《論語・公冶長》)，兩漢儒生亦多皓首窮經，朱子只是綜合前人的見解。
道德動力減殺，質疑本心存在必須面對這個困難。不過，日常生活中，有完足動力成就道德者幾希！孔子「我欲仁，斯仁至矣」、孟子「學問之道無他，求其放心而已矣」都帶有宗教氣 (使人生信心而實踐修行)，朱子無宗教氣，他不是教主，他只教人正視現實人生的艱難，成就道德的不容易，務實得多。
另外，理學家中對《詩》、《書》、《易》、《禮》、《春秋》有深造者，唯朱子一人。他又孔孟並稱，且將《論語》、《孟子》、《大學》、《中庸》，合成《四書》。王安石的「三經新義」仍是詮釋《詩》、《書》、《禮》而已。
如斯一位綜羅百代、繼往開來的大哲，把他視作孔孟之「別子」，實在太過貶抑，他的理論及學問水平，足以和孔子比肩，而孟子猶有不及，錢穆說：「在中國歷史上，前古有孔子，近古有朱子，此兩人皆在中國學術思想史及中國文化史上，發出莫大聲光，留下莫大影響。瞻觀全史，恐無第三人可與倫比。」(《朱子新學案》) 方算公允。
唐君毅 1969 年 10 月 30 日日記有「閱宗三兄書第三冊 (《心體與性體》第三冊專講朱子) 完，此冊問題頗多，不如第一冊」，是有道理的。
