精品咖啡的緣起，與一群有志之士想要改變咖啡產業的困境有關，所以當這個理念越來越有市場之後，永續發展的相關議題隨之一起被納入考量，也是很合情合理的。
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永續發展咖啡需要能讓消費者能安心品嘗，就不會去使用農藥或合成物質。在這樣的環境下栽種出來咖啡被稱為「有機咖啡」(註)。而不使用這些化學物質，等同對於環境採取友善的態度。土壤、水源、生態系統因此得以日趨健全。生物的多樣性獲得保障後，咖啡的生產也會趨於穩定，能夠產生出品質優良的咖啡生豆。
註：正式的有機認證，對其定義更為嚴謹，甚至包含產品的包裝材料，都需要符合相關規範。
厄瓜多知名的加拉巴戈斯群島，就是一個很好的例子，島上永久禁止任何化學肥料。島上生產的咖啡豆，擁有多項有機認證，在台灣頗具知名度。
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環環相扣之下，皆大歡喜。現在我們能看到許多優質的咖啡生豆來源，同時也附有多項相關認證。
歐美各國的非營利組織(NGO)便致力於推廣永續發展咖啡，提供產銷履歷。美國精品咖啡協會(SCAA、Specialty Coffee Association of America，現已與SCAE合併為SCA)於2000年左右開始推廣相關理念。
日本精品咖啡協會(SCAJ)則是於2005年成立永續發展咖啡認證委員會，甚至在2007年將永續發展寫入精品咖啡的定義，將其當作核心理念。
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咖啡中常見的有機認證
USDA有機認證：
美國農業部（USDA）有機認證標誌是美國最常見的有機認證標誌。符合其標準的咖啡，意味著生產過程中不使用合成肥料、化學農藥和轉基因技術。甚至包含產品的包裝材料，都需要符合相關規範。
JAS有機認證：
日本農林水產省（MAFF）的有機認證標誌，JAS有機認證要求必須有第三方公正單位認定，向農林水產省提出申請後，還需經長時間檢驗，第一次收成至第三年間，皆未使用農藥及化學肥料，才能通過認證。
雨林聯盟認證Rainforest Alliance：
雨林聯盟是一個非營利組織，他們的認證標誌表示該產品符合可持續農業和社會標準，他們的標誌通常出現在許多有機咖啡包裝上。
他們的標誌是一個可愛的雨蛙，如果捐款給該組織，可以得到相關的紀念品。
鳥類友善咖啡Bird Friendly
美國國家觀鳥學會（National Audubon Society）領導的一個認證計劃，該計劃確保咖啡種植遵守對鳥類生態環境友好的標準。這個認證標誌專門針對咖啡農場的生態系統保護和鳥類棲息地保存方面進行評估。
許多種類的阿拉比卡咖啡適合遮陰種植，遮陰樹不但能遮蔽陽光，落葉及落果也能為土壤帶來充份的氮肥，正好也是過冬鳥類良好的棲息地。
若在喜歡的咖啡上，發現有相關認證，你也有為咖啡永續經營盡過一份心力呦。
