雖然黑暗時期的教會想辦法保存了過去的知識，但那個時代還有各種問題，首先是西羅馬帝國消失，東羅馬帝國本身也積弱不振，反倒穆斯林很強大，吞吃了地中海南、東岸還有西班牙一代的地盤。
而歐洲的政治勢力還在重新學習如何治理國家，因為有太多民族、語言、風俗存在，基本上歐洲再也沒有像羅馬一樣的超大型帝國了。
但這成為基督教的國度起點，因為基督教是共通元素，這時羅馬教廷成為大家的共主（東羅國反倒成為敵人方的，因為相對於日耳曼人，他是舊羅馬帝國還沒被幹掉的部份）。這時新的問題也產生。羅馬國教時期雖然有教廷，因為皇帝就是神這種觀念的遺緒，基本上皇帝可以插手宗教事務（而且皇帝們也不見得就信奉基督教，其實中間還有好幾次迫害行動）。但到了中世紀，教廷突然成了世界的燈塔，是全歐洲國家共同的信仰對象，教廷權威開始無上膨脹。
是的，教廷開始膨脹，而羅馬，或者說北義大利幾個國家因為多少繼承成了羅馬帝國的遺產，所以「超有錢」，因為他們可以跟穆斯林做生意，是交通樞紐。
於是這些有錢人開始插手教會，而教會也需要有錢人贊助，於是，各種腐化開始發生，而歐洲各國這時才剛要開始向文明靠攏，拼命巴結羅馬教廷，好讓自己脫離鄉巴佬的地位，不但無視教廷腐化，其實根本就是腐化的共犯了。
但萬事互相效力，這時的腐化只是初期，卻像發酵的水果一樣讓人醉酒，歐洲各國這時期紛紛「徹底改宗」，畢竟，用錢就能買到的文明，總比打打殺殺還好。是的，這些日耳曼蠻族現在急著證明自己也是文明人，而文明的最前端，自然就是神學，或者說，至少我要信基督教才夠潮，至於神學，就捐錢蓋修道院吧！
是的，現在到處都有教堂跟修道院了，而修道院一直抄書，豐富了各地的文獻，當然也不會只有抄書，還有人寫書，然後有人開始讀書，比方說沒有繼承權的貴族家么子，這些人不是為了成為神學家進入修道院，單純是因為沒地方去，或者因為威脅到繼承權怕被暗殺而躲進修道院。
於是識字率開始提昇，思想也更豐富。
總之修道院出現一群受過教育，而且沒興趣吃苦的人（修道院其實很辛苦-至少一開始是這樣），這些人進來修道院為的就是唸書，對，唸書，做學問，反正他們什麼書都看。
於是，傳統的理論辯證再一次出現在教會裡面，但這次他們辯證的不再只有神學，更多是與日常相關的東西（畢竟這些人來自外界），但日常的一切當然也是上帝所賞賜，而且這次的神學辯論內容開始考慮區域差異了，畢竟歐洲的風土跟巴勒斯坦差太多，字面解經顯然大有問題。
於是乎，修道院出現「學院」這種東西，開始正式成為研究機構（一開始還不是教育機構），也逐漸把實用性的學科稱為科學，拆開來單獨研究。於是，工具性學科為基礎，神學位在頂點的教育體制出現，大學誕生了。
是的，大學誕生於修道院（大家不妨注意一下現在的學位服裝與帽子，那其實就是從修士、修女的袍子與帽子演變來的），於是除了落魄貴族，富商也開始把孩子送進來（連帶大筆捐款），這些人或許對神學沒太多興趣，但在學校裡一定會受到深厚的神學教育--然後開始胡思亂想。
對，這時過去抄下來各種異端書籍又被挖出來，很多人讀了以後，有人喜歡，有人不喜歡，但不管怎樣，反正又開始吵架了，但這次仲裁的人不是皇帝，而是教皇。
在初期，其實教皇是欣然看待這種百花齊放的狀態，反倒是一些國王不爽，畢竟大學生自古以來就以嘲笑政府聞名（畢竟都是落魄貴族），所以想插手大學教育，反倒教皇頒布飭令，宣佈大學自主（對，我們現在常聽到的大學自主，其實是中世紀黑暗時代的教皇命令），要求國王不准干涉學術自由，但也同時不准學術成果在未經公認之前隨便發布（對，這是最早期的學術倫理，各種學說與研究成果需要過論文認可才可以對外發表）。
基本上，我們現在知道的學術界各種規範，都是那個年代（一千年前）開始建立的。
可惜，不是每個教皇都這樣明理，尤其當教會或者神職人員的頭銜逐漸變成買賣以後，上去的傢伙不但不學無術，人品也很有問題，而這些人當然也會成為學術單位譴責的對象，於是很多修道院加入譴責陣容（大學附屬於修道院），終於有教皇不想忍受這種侮辱了。
